SPS1

Saprolegnia parasitica


Queries BLAST
estés		 BLAST -m9 Hits
(filtre e-)		 Hits
(filtre u)		 Exonerate GeneWise GFF cDNA Proteïna TCoffee BLASTp Secis
A.gambiae veure veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure txt/imatge
D.melanogaster veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure txt/imatge
H.sapiens veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure txt/imatge

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un que compleixin els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem tots els hits: D.melanogaster gi|288565291|gb|GG743906.1|(E-value=6e-55); A.gambiae gi|288565291|gb|GG743906.1|(E-value=1e-51); H.sapiens gi|288565291|gb|GG743906.1| (E.value=4e-67).

Les proteïnes obtingudes per Genewise i Exonerate són molt diferents. Ens hem quedat amb la predicció d'Exonerate perquè tot i que alinea menys fragment inclou l'arginina o treonina de la query. Al fer anar el T_coffee, observem que l'arginina i treonina estan alineades amb una selenocisteïna (UGA).

Posteriorment fem BLASTp de la proteïna obtinguda del genoma contra la base de dades no redundant de BLAST i un SECISearch. En el resultat d'aquest BLAST es pot observar que la primeres proteïna és Sps i hem trobat un element SECIS en 3' amb un valor energètic de 27.47.

Torna a dalt
Torna a resultats