SPS1

Pythium ultimum


Queries BLAST
estés		 BLAST -m9 Hits
(filtre e-)		 Hits
(filtre u)		 Exonerate GeneWise GFF cDNA Proteïna TCoffee BLASTp Secis
A.gambiae veure veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
D.melanogaster veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
H.sapiens veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un que compleixin els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos farem servir tots els hits: D. Melanogaster gi|299737255|gb|GL376634.1| (E-value= 8e-98); A. gambiae gi|299737255|gb|GL376634.1||(E-value= 5e-98); H. sapiens gi|299737255|gb|GL376634.1| (E.value = 4e-92).

Per a fer la predicció de gens utilitzem els programes Exonerate i Genewise. Per a cada un d’aquests programes obtenim una proteïna i realitzem T_coffee amb la query corresponent. Les proteïnes obtingudes per Genewise i Exonerate són lleugerament diferents. Ens hem quedat amb la predicció de Genewise perquè alinea més fragment de la nostra query. Al fer anar el T_coffee, observem que la similitud és bastant elevada i l'arginina i treonina queden dintre de l'alineament però en la nostra proteïna està substituida per una cisteïna.

Posteriorment fem BLASTp de la proteïna obtinguda del genoma contra la base de dades no redundant de BLAST i un SECISearch. En el resultat d'aquest BLAST es pot observar que les primeres proteïnes són Sps i no hem trobat elements SECIS.

Torna a dalt
Torna a resultats