SPS1

Hyaloperonospora arabidopsidis


Queries BLAST
estés		 BLAST -m9 Hits
(filtre e-)		 Hits
(filtre u)		 Exonerate GeneWise GFF cDNA Proteïna TCoffee BLASTp Secis
A.gambiae veure veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
D.melanogaster veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
H.sapiens veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un, tots aquests compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem els tres hits: D. melanogaster gi|199611001|gb|ABWE01000811.1| (E-value=3e-61); A. gambiae gi|199611001|gb|ABWE01000811.1| (E-value=3e-88); H. sapiens gi|199611001|gb|ABWE01000811.1| (E.value=6e-90).

Les proteïnes obtingudes per Genewise i Exonerate són lleugerament diferents. Ens hem quedat amb la predicció de Genewise perquè alinea més fragment de la nostra query i sobretot perquè aquest fragment de més inclou l'Arginina (Treonina en humà). Al fer anar el T-coffee observem que l’homologia és bastant elevada i que l'Arginina o la Treonina de la query es troba alineada amb una cisteïna en la proteïna del genoma H. Arabidopsidis. Aquests resultat indica que la proteïna que hem trobat és un sps1 que presenta homòleg en cisteïna.

Posteriorment fem BLASTp de la proteïna obtinguda del genoma contra la base de dades no redundant de BLAST i un SECISearch. En el resultat d'aquest BLAST es pot observar que les primeres proteïnes són sps i no hem trobat elements SECIS.

Torna a dalt
Torna a resultats