SPS1

L’alineament de les queries d'A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un, tots aquests compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem tots els hits: D. melanogaster supercontig_1.1 (E-value=7e-71); A. gambiae supercontig_1.1 (E-value=4e-68); H. sapiens supercontig_1.1 (E.value=1e-70).

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i amb Genewise a partir de la query d'A.gambiae són similars, per això ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate. En aquest cas l'arginina de la nostra query es troba alineada amb un homòleg en cisteïna.

En el cas dels resultats obtinguts a partir de la query de D. melanogaster també són molt similars, per això ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate. En aquest cas l'arginina de la nostra query es troba alineada amb un homòleg en cisteïna.

Pel que fa als resultats obtinguts a partir de la query de H. sapiens, veiem que de nou són molt similars. En aquest cas la treonina de la nostra query es troba alineada amb un homòleg en cisteïna.

En tots tres casos la homologia entre les queries i els genomes ha estat elevada. L'score és de 98 (A. gambiae) i 96 (D. melanogaster i H. sapiens).

Es realitza un BLASTp de les proteïnes obtingudes a partir de cada query contra la base de dades no redundant de BLAST. En el resultat es pot observar que en tots tres casos el millor alineament és amb la sps de C. owczarzaki. Això indica que la cerca de la nostra selenoproteïna en aquest genoma ha estat correcta i hem obtingut aquella proteïna que estàvem buscant.

Per últim, no s’ha detectat cap element SECIS en la regió 3’ de la proteïna predita.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS1

Capsaspora owczarzaki