SPS1

L’alineament de les queries d'A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un, tots aquests compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem els tres hits: D. melanogaster gi|151559141|dbj|AP006498.2| (E-value=2e-26); A. gambiae gi|151559141|dbj|AP006498.2| E-value=5e-42); H. sapiens gi|151559141|dbj|AP006498.2| (E.value=3e-44).

En els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i amb Genewise a partir de la query d'A.gambiae, veiem que els dos resultats són molt similars, per això ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate. En aquest cas l'arginina de la nostra query es troba alineada amb un homòleg en cisteïna. Tot i això, es important destacar que encara que no tinguem selenocisteïna en la nostra query, sí que trobem aquest aminoàcid en la regió genòmica amb la que ha estat alineada la query. La selenocisteïna del genoma es troba alineada amb un gap de la query.

En el cas dels resultats obtinguts a partir de la query de D. melanogaster, també veiem que els dos resultats són molt similars, per això ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate. En aquest cas l'arginina de la nostra query es troba alineada amb un homòleg en cisteïna. En aquest cas també cal destacar que encara que no tinguem selenocisteïna en la nostra query, si que trobem aquest aminoàcid en la regió genòmica amb la que ha estat alineada la query. Trobem la selenocisteïna del genoma es troba alineada amb un gap de la query.

Pel que fa als resultats obtinguts a partir de la query de H. sapiens, veiem que de nou els dos resultats són molt similars, per això ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate. La treonina de la nostra query es troba alineada amb un homòleg en cisteïna.

En tots tres casos la homologia entre les queries i els genomes a estat elevada. El score és de 91 (A. gambiae i H. sapiens) i 92 (D. melanogaster).

Es realitza un BLASTp de les proteïnes obtingudes a partir de cada query contra la base de dades no redundant de BLAST. El millors alineaments de les proteïnes obtingudes a partir de les queries d'A. gambiae i y D. melanogaster mostra una elevada homologia amb un enzim anomenat selenide water dikinase. Aquest enzim utilitza com a substrat selenide, H₂O i ATP per produir fosfat, AMP i selenofosfat. Aquest enzim també rep el nom de selenofosfat sintasa, de manera que la proteïna predita es correspon amb la família sps.

En el cas de la proteïna obtinguda a partir de la query de H.sapiens, el millor resultat mostra un alineament amb la sps de C. owczarzaki. Això indica que tota la cerca de selenoproteïna en aquest genoma ha estat correcta i hem obtingut aquella proteïna que estàvem buscant.

Per últim, s'ha fet la cerca dels elements SECIS. Hem obtingut elements SECIS en la regió 3' de la selenoproteïna amb un valor energètic de 7.33.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS1

Cyanidioschyzon merolae