Anàlisi
Un cop analitzades totes les proteïnes vam poder treure informació rellevant que ens va permetre dur a terme l’anàlisi de cada selenoproteïna i de les proteïnes de maquinària. Per això es van tenir en compte els aspectes següents:
- Localització del gen que codifica per la proteïna i sentit de la cadena en l’scaffold estudiat.
- Número d’exons.
- Localització de l'element Sec.
- Elements SECIS (utilitzant el programa Seblastian)
La informació sobre l’scaffold, la localització del gen, el número d’exons i la localització de Sec es va poder extreure de l'arxiu exonerate.
Selenoproteïnes
Sel15
La proteïna Sel15 es troba localitzada en l’scaffold número CM004430.1 entre les posicions 6322383-6324701, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 5 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 2.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència de la proteïna corresponent a Danio rerio extreta d’UniProt ja que estava mal anotada a la base de dades SelenoDB.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOE
La proteïna SELENOE es troba localitzada en l’scaffold número CM004435.1 entre les posicions 3592794-3594767, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 4 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 2.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
GPx1a
La proteïna GPx1a es troba localitzada en l’scaffold número CM004424.1 entre les posicions 15523230-15525291, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 2 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
GP1b
La proteïna GPx1b es troba localitzada en l’scaffold número CM004434.1 entre les posicions 2087349-2088520, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 2 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
GPx2
La proteïna GPx2 es troba localitzada en l’scaffold número CM004422.1 entre les posicions 9321382-9322729, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 2 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
GPx3a
La proteïna GPx3a es troba localitzada en l’scaffold número CM004427.1 entre les posicions 4137062-4139362, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 4 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
GPx3b
La proteïna GPx3b es troba localitzada en l’scaffold número CM004426.1 entre les posicions 6031569-6035515, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 4 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
GPx4a
La proteïna GPx4a es troba localitzada en l’scaffold número CM004423.1 entre les posicions 16471234-16472556, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 6 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
GPx4b
La proteïna GPx4b es troba localitzada en l’scaffold número CM004433.1 entre les posicions 17782761-17785784, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 4 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
GPx7
La proteïna GPx7 -homòloga en cisteïna- es troba localitzada en l’scaffold número CM004428.1 entre les posicions 352339-355018, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 2 exons, i no presenta cap selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
GPx8
La proteïna GPx8 -homòloga en cisteïna- es troba localitzada en l’scaffold número CM004418.1 entre les posicions 354195-355021, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 3 exons, i no presenta cap selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
DI1
La proteïna DI1 es troba localitzada en l’scaffold número CM004438.1 entre les posicions 17084053-17084805, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 1 exó, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència de la proteïna corresponent a Danio rerio extreta d’UniProt ja que estava mal anotada a la base de dades SelenoDB.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
DI2
La proteïna DI2 es troba localitzada en l’scaffold número CM004422.1 entre les posicions 2573205-2577300, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 2 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 2.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
MsrA
La proteïna MsrA -homòloga en cisteïna- es troba localitzada en l’scaffold número CM004422.1 entre les posicions 24078982-24104125, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 5 exons, i no presenta cap selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
SELENOH
La proteïna SELENOH es troba localitzada en l’scaffold número CM004421.1 entre les posicions 24749236-24958844, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 6 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 5.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOI
La proteïna SELENOI es troba localitzada en l’scaffold número CM004428.1 entre les posicions 5104714-5115316, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 10 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 10.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Homo sapiens. No es va poder realitzar el blast contra la seqüència de la proteïna de Danio rerio ja que estava mal anotada a SelenoDB i no es va trobar en UniProt.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOK
La proteïna SELENOK es troba localitzada en l’scaffold número CM004418.1 entre les posicions 11225902-11226557, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 3 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 3.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOM
La proteïna SELENOM es troba localitzada en l’scaffold número CM004435.1 entre les posicions 14754818-14759539, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 5 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 2.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència de la proteïna corresponent a Danio rerio extreta d’UniProt ja que estava mal anotada a la base de dades SelenoDB.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENON
La proteïna SELENON es troba localitzada en l’scaffold número CM004422.1 entre les posicions 27137328-27144662, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 11 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 8.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOO1
La proteïna SELENOO1 es troba localitzada en l’scaffold número CM004417.1 entre les posicions 10003218-10012035, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 9 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 9.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOP1
La proteïna SELENOP1 es troba localitzada en l’scaffold número CM004418.1 entre les posicions 199971-202053, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 6 exons, i presenta 13 selenocisteïnes: una en l'exó 1 i 12 en l'exó 6.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es van trobar dos elements SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOP2
La proteïna SELENOP2 es troba localitzada en l’scaffold número CM004433.1 entre les posicions 1801519-1826333, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 6 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
MSRB1a
La proteïna MSRB1a es troba localitzada en l’scaffold número CM004415.1 entre les posicions 12312207-12318736, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 3 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 3.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
MSRB1b
La proteïna MSRB1b es troba localitzada en l’scaffold número CM004426.1 entre les posicions 16842010-16842754, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 2 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 2.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
MSRB2
La proteïna MsrB2 -homòloga en cisteïna- es troba localitzada en l’scaffold número CM004436.1 entre les posicions 2396547-2402858, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 5 exons, i no presenta cap selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
MSRB3
La proteïna MsrB2 -homòloga en cisteïna- es troba localitzada en l’scaffold número CM004432.1 entre les posicions 15163087-15171982, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 6 exons, i no presenta cap selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
SELENOT1/T1b
Les proteïnes SELENOT1/T1b es troben localitzades en els scaffolds CM004417.1 i CM004420.1 entre les posicions 400934-402818 i 9009563-9012694 respectivament. La proteïna T1 es troba en la cadena positiva (forward strand), mentre que la T1b està localitzada en la cadena negativa (reverse strand). Ambdues proteïnes contenen 5 exons, i presenten la selenocisteïna en els exons 2.
Aquestes proteïnes es van predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquestes mateixes proteïnes de Danio rerio.
Es van trobar elements SECIS de grau A en l’extrem 3’UTR per ambdues proteïnes.
SELENOT2
La proteïna SELENOT2 es troba localitzada en l’scaffold número CM004421.1 entre les posicions 1240955-1244289, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 6 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 3.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOU1a/1b
La proteïna SELENOU1a es troba localitzada en l’scaffold número CM004416.1 entre les posicions 21031795-21036204, en la cadena positiva (forward strand); i en l’scaffold número CM004426.1 entre les posicions 2623238-2620305, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 4 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 2 i 3.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
SELENOU2
La proteïna SELENOU2 -homòloga en cisteïna- es troba localitzada en l’scaffold número CM004418.1 entre les posicions 16773824-16778815, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 5 exons, i no presenta cap selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna d' Homo sapiens. No es va poder realitzar el blast contra la seqüència de la proteïna de Danio rerio ja que estava mal anotada a SelenoDB i no es va trobar en UniProt.
No es va trobar cap element SECIS.
SELENOU3
La proteïna SELENOU3 -homòloga en cisteïna- es troba localitzada en l’scaffold número CM004434.1 entre les posicions 10920158-10920696, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 2 exons, i no presenta cap selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna d'Homo sapiens. No es va poder realitzar el blast contra la seqüència de la proteïna de Danio rerio ja que estava mal anotada a SelenoDB i no es va trobar en UniProt.
No es va trobar cap element SECIS.
SELENOW2a
La proteïna SELENOW2 es troba localitzada en l’scaffold número CM004441.1 entre les posicions 4594241-4596670, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 3 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.SELENOW2b
La proteïna SELENOW3 es troba localitzada en l’scaffold número CM004415.1 entre les posicions 8035755-8041987, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 4 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 2.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.TXNRD1
La proteïna TXNRD1 es troba localitzada en l’scaffold número CM004424.1 entre les posicions 16783736-16790814, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 13 exons, i presenta la Selenocisteïna en l’exó 13.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma del Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Homo sapiens ja que aquesta proteïna no es troba present en Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.TXNRD2
La proteïna TXNRD2 es troba localitzada en l’scaffold número CM004435.1 entre les posicions 2244360-2261180, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 14 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 14.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna d'Homo sapiens. No es va poder realitzar el blast contra la seqüència de la proteïna de Danio rerio ja que estava mal anotada a SelenoDB i no es va trobar en UniProt.
Es va trobar un element SECIS de grau A en l’extrem 3’ UTR.
Proteïnes de maquinària
SEPHS1/SPS1
La proteïna SPS1 es troba localitzada en l’scaffold número CM004417.1 entre les posicions 27583089-27587048, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 8 exons, i no presenta selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
SEPHS2/SPS2
La proteïna SPS2 es troba localitzada en l’scaffold número CM004428.1 entre les posicions 14121513-14127167, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 8 exons, i presenta la selenocisteïna en l’exó 1.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
Es va trobar un element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
PSTK
La proteïna PSTK es troba localitzada en l’scaffold número CM004426.1 entre les posicions 1266020-1266091, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 1 exó i no presenta selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna d'Homo sapiens ja que aquesta proteïna no es troba present en Danio rerio.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
SBP2
La proteïna SBP2 es troba localitzada en l’scaffold número CM004435.1 entre les posicions 11064736-11068623, en la cadena positiva (forward strand); i en l’scaffold número CM004417.1 entre les posicions 33273305-33274389, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 7 i 6 exons, i no presenta selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna d' Homo sapiens. No es va poder realitzar el blast contra la seqüència de la proteïna de Danio rerio ja que estava mal anotada a SelenoDB i no es va trobar en UniProt.
No es va trobar cap element SECIS en l’extrem 3’UTR.
SecS
La proteïna SecS es troba localitzada en l’scaffold número CM004420.1 entre les posicions 13652259-13667573, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 11 exons, i no presenta Selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar un element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
SECp43
La proteïna SECp43 es troba localitzada en l’scaffold número CM004433.1 entre les posicions 7438978-7443560, en la cadena positiva (forward strand). El gen conté 5 exons, i no presenta selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es van trobar elements SECIS en l’extrem 3’UTR.
eEFsec
La proteïna eEFsec es troba localitzada en l’scaffold número CM004424.1 entre les posicions 14572592-14579396, en la cadena negativa (reverse strand). El gen conté 7 exons, i no presenta selenocisteïna.
Aquesta proteïna es va predir a partir del blast del genoma d'Ictalurus punctatus contra la seqüència d’aquesta mateixa proteïna de Danio rerio.
No es va trobar un element SECIS en l’extrem 3’ UTR.
