Abstract
Selenium (Se) is an essential trace element that is attained through consumption of a wide variety of dietary components. Se is incorporated into selenoproteins in the form of the amino acid selenocysteine (Sec). This amino acid, also known as the 21st, is encoded by the UGA codon, which usually works as a Stop codon.
Defined by the incorporation of Sec and broadly classified as antioxidants, selenoproteins exhibit tissue and cell-specific expression patterns, act on a variety of substrates, and have multiple functions. Among these are control of the cellular redox state and protection from oxidative damage and stress. Selenoproteins also have roles in thyroid hormone metabolism, intracellular Ca mobilization, protein folding, Se transport, and they can even catalyze intermediates in the synthesis of Sec.
The aim of this project was to characterize the selenoproteome of Ictalurus punctatus (Channel catfish). The reference specie chosen to base our study was Danio rerio (zebrafish), except for some proteins in which we could not use this specie for the analysis so that we elected Homo sapiens (human) as the reference specie.
We have predicted Ictalurus punctatus proteins both manually and automatically, using a program that we created. In order to obtain the final alignment we have used the programs tBLASTn, Exonerate and T-coffee. In addition, we have performed a search for SECIS elements with the programs SECIS Search 3 and Seblastian.
El seleni (Se) és un oligoelement essencial que s'aconsegueix mitjançant el consum d'una àmplia varietat de components de la dieta. Aquest, s'incorpora a les selenoproteïnes en forma de l'aminoàcid selenocisteïna (SEC). Aquest aminoàcid, conegut també com l'aminoàcid número 21, és codificat pel codó UGA, que normalment funciona com un codó de finalització.
Les selenoproteïnes estàn extensament classificades com a antioxidants i actuen sobre una gran varietat de substrats i tenen múltiples funcions. Entre elles controlen l’estat redox cel·lular, protegeixen contra el dany oxidatiu i l’estrès, el metabolisme tiroïdal, la mobilització del Ca2+ intracel·lular, el plegament de les proteïnes, el transport de seleni, i fins i tot actuen com a intermediàries en la síntesi de Sec.
L’objectiu d’aquest projecte ha estat caracteritzar le selenoproteïnes de l’Ictalurus punctatus. L’espècie de referència escollida per basar el nostre estudi ha estat Danio rerio (peix zebra), excepte per aquelles proteïnes en les quals no vam poder utilitzar aquesta espècie per a fer l’anàlisi i, per tant, vam escollir l’Homo sapiens com a espècie de referència.
En aquest treball, hem predit proteïnes peix gat americà tant manual com automàticament, utilitzant un programa que vam crear. Per tal d'obtenir l'alineament final hem utilitzat els programes tBLASTn, exonerate i T-coffee. A més, hem realitzat una recerca d'elements SECIS amb els programes de recerca SECIS 3 i Seblastian.
