Discussió SelL

La SelL és una selonoproteïna amb un domini catalític anomenat Prx-like2, que conté un motiu UxxU característic de la superfamília thioredoxin-like. Es creu que SelL, com moltes altres selenoproteïnes amb aquest domini, està implicada en el manteniment de l'equilibri redox. És per això, que per estudiar la presència de SelL en els diferents genomes de protists, vam tenir en compte la presència d'aquest motiu.

Al realitzar tblastn utilitzant les següents queries, s'obtenen pocs hits rellevants, la majoria d'ells amb un E-value inferior a 10-4. Només dos organismes han donat hits significatius: Dictyostelium Discoideum i Dictyostelium fasciculatum, del fílum ameba i subfilum mycetozoa.

En D.discoideum s'ha trobat un hit significatiu a l'alinear-lo amb la query de l'organisme Molgula tectiformis amb un E-value de 3x10-4. Tot i així, en el blast s'ha vist que el domini UxxU de la query no s'alinea amb cap codó stop ni amb cap cisteïna. De totes maneres, s'ha dut a terme l'Exonerate i el Genewise i s'ha predit una proteïna. A l'alinear-la executant el programa T-Coffee s'ha vist, com ja esperàvem, que el score és baix (62) i, per tant, es descarta la possibilitat de què SelL estigui present en D.discodieum.

En D.fasciculatum ha sortit un hit significatiu amb un E-value de 4x10-4 utilitzant la query Ciona intestinalis. En el blast, el domini UxxU de la query s'ha alineat amb un motiu CxxC de D.fasciculatum i, per tant, podríem pensar que aquest hit correspon amb un homòleg de Cisteïna de la SelL. S'ha dut a terme l'execució de l'Exonerate i el Genewise, només amb el qual s'ha pogut predir la proteïna. Aquesta conté un domini CxxC, però al fer el T-Coffee, aquest motiu no s'alinea amb el domini UxxU de la query. A més a més, l'score és baix (62). A partir d'aquestes dades, hipotetitzem que la selenoproteïna L no es troba present en D.fasciculatum.

Tenint coneixement que la SelL té un domini UxxU, i que aquest domini no és exclusiu d'aquesta selenoproteïna sinó que és compartit amb altres selenoproteïnes com SelU, SelM, i SelH, entre d'altres, vam pensar que el motiu CxxC trobat en D.fasciculatum podia ser un homòleg en cisteïna d'alguna d'aquestes selenoproteïnes. Per tal de confirmar o desmentir la nostra hipòtesi, vam decidir executar un tblastn comparant diferents queries de SelU, SelM i SelH amb el genoma de D.fasciculatum. Els resultats del tblastn obtinguts tant en SelM com en SelH no van ser significatius. Pel contrari, utlitzant la SelU de C. Elegans com a query, es va obtenir un hit significatiu amb tblastn amb un E-value de 1x10-08, millor que l'obtingut amb la query de SelL. Així doncs, va ser predita la proteïna utilitzant l'Exonerate i el Genewise i, a l'executar el T-Coffee, es va obtenir un score molt més alt i significatiu (95) que l'obtingut amb el T-Coffee de la SelL. A més, el domini CxxC de la proteïna predita s'alineava amb el mateix domini de la query. Per tant, vam hipotetitzar que D. fasciculatum conté la SelU.

Per tal de corroborar la nostra hipòtesis, vam realitzar un blastp amb la proteïna predita per l'Exonerate amb C.elegans com a query, a la base de dades NCBI. La proteïna no s'alinea amb cap SelU coneguda, però tampoc amb cap SelL. Tot i això, el millor alineament és amb una proteïna de P.pallidum amb un score de 120. Aquesta proteïna està descrita a la base de dades com una proteïna pertanyent a la Prx-like 2 family. Com SelU i SelL pertanyen a aquesta família, podríem dir que D.fasciculatum, al contenir el motiu CxxC, també té una proteïna pertanyent a Prx-like 2 family. Com que no hem pogut trobar de quina selenoproteïna es tractava dins d'aquest grup, podem concloure que el més probable és que es tracti d'un homòleg en cisteïna de SelU donat que el hit ha sigut el més significatiu i l'score del tcoffee també.