Conclusions

En aquest estudi no hem aconseguit trobar cap selenoproteïna ni homòleg de cïsteina corresponent a SelL i Fep15 en els genomes dels protists, però sí que hem identificat la presència de Sel15 en dos dels genomes de protists analitzats: D.discoideum i D.fasciculatum.

Pel que fa la família Sel15, en primer lloc vam trobar el gen que codifica per aquesta proteïna en D.discoideum. A continuació, vam dur a terme un pBLAST contra la base de dades NCBI que ens va permetre confirmar la nostra hipòtesi, ja que aquesta proteïna va ser descrita l'any 2009.
Pel que fa D.fasciculatum, també vam trobar el gen que codifica per Sel15 en el seu genoma. Al fer un pBLAST contra la base de dades NCBI van aparèixer dos hits corresponents a dues proteïnes ja descrites en el genoma de D. fasciculatum: una que correspon a la primera part de la seqüència aminoacídica predita i una altra corresponent a la segona part. Després d'analitzar i comparar les seqüències de totes tres proteïnes, hem arribat a concloure que molt possiblement totes tres corresponen a una mateixa selenoproteïna, la Sel15, la seqüència de la qual no havia estat identificada totalment.

En els resultats de la SelL no hem trobat cap homologia en els genomes dels protists analitzats, tot i que en la seva cerca vam trobar un possible homòleg de SelU amb cisteïna en D.fasciculatum. Aquesta selenoproteïna pertany a la mateixa família que SelL i, per tant, comparteix el mateix domini Prx-like2 amb el motiu CxxC.

Tampoc hem trobat cap homòleg de Fep15 en cap dels genomes de protists, donat que aquesta selenoproteïna és exclusiva de peixos. Després d'investigar sobre la història evolutiva d'aquesta selenoproteïna, partim de la idea de què possiblement la Fep15 prové d'una duplicació de la SelM en peixos i, que posteriorment, va mutar perdent una cisteïna situada 3 aminoàcids upstream de la selenocisteïna.

En referència a altres aspectes del treball que també considerem importants, volem destacar que durant tot el treball hem cregut convenient executar els dos programes dels que disposem per extreure la regió genòmica que potencialment conté el gen que estem buscant, és a dir, l'Exonerate i el Genewise. Això ens ha permès obtenir els resultats per treure les conclusions, especialment rellevants en l'anàlisi de la Sel15.

També considerem necessari remarcar els avantatges que ens ha aportat automatitzar les tasques repetitives com el tBLASTn, l'Exonerate, el Genewise, i el T-Coffee. Hem invertit moltes hores d'esforç per tal de què aquests scripts funcionessin de manera òptima, però a mesura que avançàvem ens hem adonat de la importància d'haver-ho fet. Això ens ha permès estalviar-nos temps en passos mecànics i repetitius i poder-lo invertir en l'anàlisi dels resultats, així com en ampliar les queries utilitzades donat l'escassetat de hits que ha suposat la nostra cerca.