SPS2

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Tenint en compte això, només seguim realitzant la resta de passos amb tres hits: gi|299737255|gb|GL376634.1| per la query de A. gambiae (E-value=2e-76) gi|299737255|gb|GL376634.1| per la query de D. melanogaster (E-value=5e-69) i gi|299737255|gb|GL376634.1| per la query de H. sapiens (E-value=2e-78).

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i amb Genewise tenen scores lleugerament diferents. En l’alineament del hit que prové d’A. gambiae el resultat obtingut és millor per Genewise, de manera que utilitzarem la proteïna que s’obté amb aquest programa, mentre que per les altres dos proteïnes utilitzarem aquelles que provenen de l’Exonerate.

En els tres casos la similitud és molt elevada i es produeix un alineament de la selenocisteïna (X) de la query amb una cisteïna de la proteïna obtinguda del genoma de P. ultimum. Per tant, aquests resultats indiquen que l’espècie P. ultimum conté una regió amb alta homologia amb Sps2 i presenta un homòleg en cisteïna en aquesta regió.

S’ha realitzat un BLASTp per la proteïna predita i s’ha obtingut que s’alinea amb la selenide water dikinase, és a dir, amb la família Sps.

No s’ha detectat cap element SECIS en la regió 3’ de la proteïna predita.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS2

Pythium ultimum