SPS1

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un, i tots aquests compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem els hits següents: D. melanogaster gi|300122208|emb|FN668651.1| (E-value=7e-78); A. gambiae gi|300122208|emb|FN668651.1| (E-value=1e-77); H. sapiens gi|300122208|emb|FN668651.1| (E-value=2e-72).

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i amb Genewise a partir de la query d'A.gambiae són molt similars, per això ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate. En aquest cas, l'arginina de la nostra query es troba alineada amb un gap. Tot i això, és important destacar que encara que no tinguem selenocisteïna a la nostra query, sí que trobem aquest aminoàcid en la regió genòmica amb la que ha estat alineada la query. Aquesta selenocisteïna està alineada amb un gap.

En el cas dels resultats obtinguts a partir de la query de D. melanogaster, també veiem que els dos resultats són molt similars, i de nou ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate. En aquest cas l'arginina de la nostra query es troba alineada amb un gap. També cal destacar que encara que no tinguem selenocisteïna en la nostra query, sí que trobem aquest aminoàcid en la regió genòmica amb la que ha estat alineada la query. La selenocisteïna es troba alineada amb un gap.

Pel que fa als resultats obtinguts a partir de la query d'H. sapiens veiem que de nou els dos resultats són molt similars, i per això ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate. En aquest cas la treonina de la nostra query es troba alineada amb gap.

En tots tres casos l'homologia entre les queries i els genomes ha estat molt elevada: l'score és de 98 (A. gambiae i D. melanogaster) i 96 (H. sapiens) tot i que no hi ha alineament en la posició d'interès de la query.

Es realitza un BLASTp de les proteïnes obtingudes a partir de cada query contra la base de dades no redundant de BLAST. En el resultat d'aquest BLAST es pot observar que en tots tres casos el millor alineament és amb una proteïna sense anomenar del genoma de B. Hominis. En concret és una proteïna que es troba a la regió de SelD (homòloga de Sps en procariotes). Per tant, això ens indica que la proteïna obtinguda del genoma B.hominis es correspon a la família Sps.

Per últim, s'ha fet la cerca dels elements SECIS. Hem obtingut elements SECIS en la regió 3' de la selenoproteïna amb un valor energètic de 18.64.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS1

Blastocystis hominis