Thecamonas trahens
(e-value) |
|||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
humana |
|||||||||||
humana |
|||||||||||
humana |
|||||||||||
P.sojae |
|||||||||||
Al realitzar el tBLASTn per a les diferents querys de TR contra el genoma de T.trahens hem obtinguts valors molt significatius per les cinc querys que hem seleccionat prèviament (TR1, TR2 i TR3 humana i TR dels protistes Aureococcus anophagefferens i Phytopthora sojae). Tot i això, quan hem afegit els diferents filtres al tBLASTn hem perdut un dels hits, el corresponent a la query del protista P. sojae. Llavors, per recuperar aquest hit hem decidit aplicar la opció -F F al tBLASTn i hem obtingut un bon hit (veure la taula). A més, i després de comprovar-ho, hem observat que tots els hits ens alineen la selenocisteïna de les querys amb codons TGA i per tant és probable que siguin bons candidats a ser la selenocisteïna que estem buscant.
A continuació hem acotat la regió on s'alinea el genoma amb la nostra query i utilitzant el programa Exonerate hem pogut observar els diferents alineaments i que les selenocisteïnes de les querys que utilitzem se segueixen alineant amb un codó TGA. També hem utilitzat el programa GeneWise tot i que no ens reporta un resultat tan bo ja que no ens alinea la selenocisteïna.
Després, utilitzant el programa fastasubseqfromgff.pl hem obtingut el cDNA i amb el fastatranslate els possibles transcrits de la proteïna. En aquest punt, hem alineat les proteïnes resultants del programa Exonerate amb les querys mitjançant el programa TCoffee i hem obtingut uns valors de similaritat elevats. Només en el cas de la Thioredoxin reductase 3 observem una diferència remarcable en la part inicial de l'alineament, això pot ser perquè la proteïna TR3 humana presenta un domini amb alguna funció especialitzada que no trobem en el protista T. Trahens.
Aleshores, per tal de determinar si les proteïnes obtingudes a partir de l'alineament amb les querys corresponen a la mateixa proteïna, hem mirat en quina regió genòmica es localitzen i hem fet un alineament múltiple (veure) per tal de determinar quin grau d’homologia presenten entre elles. Com es pot observar, es troben dins la mateixa regió i a més, hem pogut observar un grau d'identitat pràcticament perfecte entre les diferents proteïnes. Per aquest motiu, podem concloure que les cinc proteïnes predites, corresponen en realitat a la mateixa selenoproteïna.
En el nostre afany per confirmar que ens trobem davant d'una selenoproteïna de la família de les TR, hem realitzat un BLASTp amb una base de dades no redundant (NCBI). Aquesta aplicació ens ha pogut confirmar que la selenoproteïna obtinguda correspon a una proteïna de la família de les Thioredoxin reductases (veure BLASTp).
Per últim, hem buscat elements SECIS a la regió 3' del gen que codifica per la selenoproteïna trobada i mitjançant el programa SECIS.bash, que inclou el programa SECISearch.pl, no n’hem trobat cap. Com que això era una mica incoherent i no s’adequa amb el que esperàvem, hem volgut corroborar aquest resultat i per dur-ho a terme, hem buscat una altra vegada els elements SECIS però mitjançant la plana web que conté el softwart SECISearch. Així doncs, en aquest cas, hem trobat un possible element SECIS a partir del patró “Loose (canonical)” a uns 110 nucleòtids de l'extrem 3' del gen (veure SECIS).