Naegleria gruberi
(e-value) |
|||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
humana |
|||||||||||
humana |
3e-105 |
||||||||||
humana |
9e-99 |
||||||||||
P.sojae |
e-106 |
||||||||||
2e-85 |
Al realitzar el tBLASTn per a les diferents querys de TR contra el genoma de N.gruberi, hem obtingut un hit amb E-value molt significatiu per l'alineament amb la query TR1 humana i dos hits amb E-values molt significatius per la resta de querys. No obstant, en aplicar els filtres hem perdut els hits per la query de P.sojae però els hem recuperat amb l'opció -F F al tBLASTn. Satisfactòriament, tots els hits obtinguts alineen la selenocisteïna de les respectives querys amb codons TGA.
A continuació hem acotat la regió on s'alinea el genoma amb la nostra query i utilitzant el programa Exonerate hem pogut observar els diferents alineaments. Per una banda, els hits corresponents a un petit domini en el tBLASTn, ara ens reporten un bon alineament on la selenocisteïna segueix alineada amb un codó TGA. En canvi, els hits que presentaven una seqüència més llarga en el tBLASTn, han perdut l'alineament amb la selenocisteïna. No obstant, en quatre dels cinc casos l'Exonerate ens segmenta el gen en dues o tres parts segurament per un error del programa, excepte pel cas de la query T3. Tot i així, tal com hem comentat en altres casos, això no ens suposa cap problema ja que al fer el fastatranslate obtenim una sola proteïna (en realitat 6 degut als diferents marcs de lectura), ja que quan s'extreuen els exons s'extreuen els dels dos o tres gens, com si formessin part del mateix (que és el que passa en realitat).
També hem dut a terme el GeneWise en tots els casos, per si recuperàvem l'alineament amb les selenocisteïnes que hem perdut en l'Exonerate, però no ha sigut així. Els resultats obtinguts amb el GeneWise eren molt pitjors, per aquesta raó, a partir d'aquí continuarem amb els que ens proporciona l'Exonerate.
Al realitzar el TCoffee, podem observar que el grau de similaritat entre les proteïnes procedents de l'Exonerate amb la query corresponent és molt elevat i que es segueix alineant la selenocisteïna en els mateixos casos que en l'Exonerate. Visualment, el millor alineament és el de la query TR de P. Sojae, encara que en tots els altres és notablement bo. En el cas de la query TR3 humana, s'observa que aquesta presenta un domini a l'inici de la seqüència que no s'alinea gens amb la proteïna predita amb l'Exonerate. Segurament, el que ha passat és que la Thioredoxin reductase 3 humana, s’ha especialitzat en alguna funció determinada que ve donada per aquest domini i que no trobem en la proteïna predita de N.gruberi.
Per saber si les proteïnes obtingudes a partir de l'alineament amb les querys respectives corresponen a la mateixa proteïna, hem mirat en quina regió genòmica es localitzen i hem fet un alineament múltiple (veure) per tal de determinar si presenten homologia entre elles. Com es pot observar, es troben dins la mateixa regió i a més, hem pogut observar un grau d'identitat pràcticament perfecte entre les diferents proteïnes. Per aquest motiu, podem concloure que les cinc proteïnes, corresponen en realitat a la mateixa.
Arribats a aquest punt, per tal de determinar que la selenoproteïna trobada correspon a una proteïna de la família TR, hem fet un BLASTp amb una base de dades no redundant (NCBI). Efectivament, hem pogut comprovar que correspon a una selenoproteïna de la família de les Thioredoxin Reductases ja que tots els alineaments són amb proteïnes d’aquesta família.
Finalment, hem buscat elements SECIS a la regió 3' del gen que codifica per la selenoproteïna trobada amb el programa SECIS.bash que inclou el programa SECISearch.pl, però no n’hem trobat cap. Aquest fet, no s’adequa al que esperàvem, per això hem volgut corroborar aquest resultat i per dur-ho a terme, hem buscat una altra vegada els elements SECIS a la plana web que conté el softwart SECISearch. En aquest cas, hem trobat dos possibles elements SECIS mitjançant el patró “Loose (canonical and no canonical)”, tot i que un d'aquests es troba a uns 5740 nucleòtids de la regió 5’ del gen que codifica per a la selenoproteïna i l'altre es troba a uns 19964 nucleòtids de l'extrem 3' d'aquest gen. Com que aquests dos fets són molt inusuals, ja que normalment els elements SECIS es troben a pocs nucleòtids de l'extrem 3' dels gens que codifiquen per a selenoproteïnes, podem pensar que aquests elements trobats poden ser falsos positius i que el software SECISearch no està trobant l'element SECIS real.