P. marinus

gb|AAXJ01000419.1|

gb|AAXJ01000096.1|

gb|AAXJ01000419.1|

Els alineaments que resulten del tBLASTn de TR de A.anophagefferens i humà (queries) i el genoma d'aquest protista són molt significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit que vàrem analitzar és el corresponent al scaffold gb|AAXJ01000419.1| que té un E-value de 4e-84, tot i que no trobem la selenocisteïna de la query alineada.

Per a veure si aquest no-alineament es devia a que la proteïna que tenia el nostre protista no era una selenoproteïna, varem extreure la proteïna amb la query de A.anophagefferens i varem fer un BLASTp amb una base de dades no redundant (nr database). Vam poder comprovar que efectivament es tractava d'una thioredoxin reductasa, ja que aquesta ja s'havia caracteritzat anteriorment (tot i que la proteïna caracteritzada NO contenia una selenocisteïna en la seva seqüència, i tampoc era un homòleg en cisteïna). Llavors, vàrem extraure la proteïna que estava al NCBI i la vàrem utilitzar com a query per a tornar a fer exonerate. El que vàrem trobar, era que de nou, no obteníem cap selenocisteïna. Vàrem procedir llavors a mirar si aquest fet es podia trobat causat per un error del programa, i que el codó TGA (corresponent a Sec) fos llegit com un codó STOP, i no com el nostre aminoàcid. Per a això vàrem introduir la nostra seqüència al programa ExPASY, i un cop vàrem trobar el nostre frame, vàrem descobrir que, efectivament, trobàvem un codó TGA, seguit d'una Glicina i un altre codó STOP; quedant demostrat així, que la nostra proteïna sí que és una selenoproteïna.

Per a poder extraure la proteïna amb la seqüència que contingués la U i la G varem modificar els valors de END position del gff, sumant-li 6 posicions a l'extrem 3'.

Per a acabar, vàrem buscar elements SECIS a la regió 3' del gen en qüestió, i tan sols vàrem ser capaços de trobar una estructura.

El segon hit estudiat va ser el corresponent al scaffold gb|AAXJ01000096.1|, on, un altre cop, teniem un E-value significatiu (2e-58) però no s'alineava la Sec de la query. Després d'extreure la proteïna, vàrem fer un BLASTp contra una base de dades no redundant; i de nou, vàrem poder veure que teníem una thioredoxin reductasa, però, en aquest cas, la proteïna ja caracteritzada es tractava d'un homòleg en cisteïna. Un altre cop, vàrem extreure la TR ja caracteritzada d'aquest protista del NCBI i la vàrem usar com a query per a fer un nou exonerate. Així, vàrem poder obtenir la seqüència completa de la nostra proteïna, confirmant que es tractava d'un homòleg en cisteïna.

Vàrem decidir estudiar el tercer hit, corresponent al scaffold gb|AAXJ01019173.1|, ja que, tot i que l'alineament era relativament curt, aquest tenia un score molt significatiu (E-value de 2e-18). Un altre cop, però, no se'ns trobava la regió que contenia la Sec alienada, i vàrem seguir el mateix procediment que es va fer servir amb el primer i segon hit, per a intentar veure si es tractava d'una TR o d'una altra proteïna que tingués un o més dominis conservats (com és el cas de la Glutation Reductasa).

Un cop fet el BLASTp de la proteïna que havíem extret amb la query de protista contra una base de dades no redundant, vàrem poder observar que alineava amb un 100% de similitud amb una TR (tot i que aquest alineament tornava a ser curt).

Tot i fer servir la query de NCBI per a tornar a intentar extreure la proteïna, ens ha resultat impossible; ja que l'alineament acaba a la posició 5 de la cadena negativa i tal i com es pot veure al TCOFFEE de la nostra proteïna amb una TR de protista, encara ens queda més de la meitat de la proteïna per extreure.