SelenoproteinsThioredoxinReductase

Recerca en genomes de protistes

Conclusions

Després d'haver analitzat els genomes dels protistes anotats durant el 2010 i 2009, podem concloure que la família de les Thioredoxin reductases està força extesa entre els diferents organismes, ja sigui com a selenoproteïna o com a homòleg en cisteïna.

Pel que fa als genomes del 2009, han estat identificades 7 proteïnes de la família de les TR. En els genomes de P. Marinus, E. huxleyi i A. annophagefferens s'han trobat selenoproteïnes, mentre que en P. marinus, P. chabaudi, P. berghei i E. Tenella s'han identificat quatre proteïnes homòlogues en cisteïna.

En referència als protistes de l'any 2010, s'han identificat 6 proteïnes pertanyents a aquesta família. En els genomes de T. pseudonana, P. sojae i M. brevicollis s'han detectat selenoproteïnes, mentre que en els casos de T. parva, T. annulata i B. bovis s'han trobat les variants de TR homòlogues en cisteïna.

D'aquesta manera, podem concloure que la presència de selenocisteïna o cisteïna homòloga a les seqüències proteiques de les Thioredoxin reductases presents als genomes dels protistes, té una representació aproximadament del 50% per a cadascuna de les variants. Aquest fet implica que no existeix un genotip predominant per aquesta família de proteïnes en la filogènia dels protistes.

Durant l'anàlisi de tots els genomes amb la query de TR d'A. annofagefferens, a la majoria d'espècies ens hem trobat amb hits amb E-values realment molt bons però que en cap cas el tBLASTn alineava la selenocisteïna amb cap aminoàcid. Extraient la proteïna d'aquests alineaments i fent un BLASTp contra una base de dades no redundant de l'NCBI hem vist que es tractaven de proteïnes d'altres famílies, les quals tenen regions molt conservades amb les proteïnes de la família TR. En aquest sentit, ens hem trobat, bàsicament, altres tres famílies de proteïnes: Glutathione reductase, Dihydrolipoamide dehydrogenasa i Trypanothione reductase, a més d'alguna altra proteïna d'altres famílies com NADH oxidase (no s'ha obtingut un bon alineament amb al query).

Així doncs, podem intuir que la selenocisteïna o la seva cisteïna homòloga es troba en un domini de les proteïnes de TR que no tenen les proteïnes de la resta de famílies trobades.

El següents T_Coffees són el resultat de l'alineament de les diferents proteïnes trobades amb la query d'A. anophagefferens on es pot intuir el domini final:

Finalment, es van realitzar T_Coffees tant de totes les selenoproteïnes trobades, com dels homòlegs en cisteïna a mé d'un T_Coffee amb totes les proteïnes TR identificades als genomes dels protistes seqüenciats durant el 2009 i el 2010:

Tornar a dalt