Eucariotic elongation factor selenocistein (eEFsec)
Aquest enzim és un factor d'elongació eucariòtic elongation factor selenocisteïna-tRNA específic. Aquesta proteïna és indispensable per poder introduir la selenocisteïna.
Per dur a terme la seva identificació es va buscar la seva seqüència en la base de dades del NCBI prenent com a ortòloga la mateixa proteïna en humà, posteriorment es va fer un tblastn de la seqüència obtinguda contra el genoma de P. berghei. El resultat del blast va donar varis resultats i un hit amb un e-value de 10e-36.
Es va localitzar i extreure el contig on es trobava la regió identificada i es va procedir fent un genewise de la proteïna contra aquesta regió per localitzar de manera exacta la situació de la nostra proteïna en el fragment, obtenint una proteïna incompleta. Vam fer un BLAST contra la base de dades del NCBI i el resultat era el factor d'elongació ja anotat en P. berghei.
Vam decidir anotar la proteïna a dins del nostre genoma, de manera que vam realitzar un exonerate i un genewise utilitzant com a query la proteïna de P. berghei, i amb això hem obtingut el gff i la seqüència de la proteïna.
Descarregar l'anotació del gen en format GFF.
Descarregar el cDNA del gen.
Descarregar la seqüència de la proteïna.
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent a eEFsec.