Command line: [exonerate -m p2g --showtargetgff -q ncbi.efsec.fa -t contig.efsec.fa]
Hostname: [localhost]

C4 Alignment:
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         Query: gi|68075353|ref|XP_679594.1| selenocysteine-specific elongation factor selB [Plasmodium berghei strain ANKA]
        Target: gi|56500375|emb|CAAI01002332.1| Plasmodium berghei whole genome shotgun assembly, contig PB_RP2667, whole genome shotgun sequence:[revcomp]
         Model: protein2genome
     Raw score: 3653
   Query range: 0 -> 699
  Target range: 6984 -> 4887

    1 : MetIleAsnValAsnIleGlyValLeuGlyHisValAspSerGlyLysThrSerLeuCysAr :   21
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        MetIleAsnValAsnIleGlyValLeuGlyHisValAspSerGlyLysThrSerLeuCysAr
 6984 : ATGATTAATGTTAATATAGGGGTATTAGGACATGTAGATTCTGGGAAAACAAGTTTATGCAG : 6924

   22 : gCysLeuSerGluValLeuSerThrCysAlaLeuAspLysHisArgGlnSerGlnGluLysG :   42
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        gCysLeuSerGluValLeuSerThrCysAlaLeuAspLysHisArgGlnSerGlnGluLysG
 6923 : GTGTTTAAGTGAAGTTTTGAGCACCTGTGCTTTGGATAAGCATAGGCAAAGTCAAGAAAAGG : 6861

   43 : lyIleThrIleAspLeuGlyPheSerSerPheTyrIleLysLysLysLysSerGlnThrAla :   62
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        lyIleThrIleAspLeuGlyPheSerSerPheTyrIleLysLysLysLysSerGlnThrAla
 6860 : GAATAACCATTGATCTTGGATTTTCATCATTTTATATAAAAAAAAAAAAAAGCCAAACTGCA : 6801

   63 : ThrSerGluAsnGlnHisGlyGluThrGlnAsnAsnLysIleIleProLysHisGlyProAs :   83
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        ThrSerGluAsnGlnHisGlyGluThrGlnAsnAsnLysIleIleProLysHisGlyProAs
 6800 : ACTAGCGAAAATCAACATGGAGAAACTCAAAATAATAAAATAATACCAAAACATGGACCAAA : 6738

   84 : nThrAsnGluAsnLysAsnLysAsnGluTyrIleProAspGlnAsnAsnValLysLysGluA :  104
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        nThrAsnGluAsnLysAsnLysAsnGluTyrIleProAspGlnAsnAsnValLysLysGluA
 6737 : TACAAATGAAAATAAAAATAAAAATGAATACATTCCTGACCAAAATAACGTAAAAAAAGAGG : 6675

  105 : spIleAsnAsnAspCysGluThrGlyAsnIleGlnAsnIleAsnIleSerGluLysAsnHis :  124
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        spIleAsnAsnAspCysGluThrGlyAsnIleGlnAsnIleAsnIleSerGluLysAsnHis
 6674 : ATATTAATAATGATTGTGAAACAGGAAATATTCAAAATATAAATATATCAGAAAAAAACCAC : 6615

  125 : GluAsnGluLeuIleGlnIleCysLeuValAspCysProGlyHisHisSerLeuIleLysCy :  145
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        GluAsnGluLeuIleGlnIleCysLeuValAspCysProGlyHisHisSerLeuIleLysCy
 6614 : GAAAATGAGTTAATACAAATATGTTTAGTAGATTGTCCTGGGCATCATTCTCTAATAAAATG : 6552

  146 : sIleValMetGlyAlaLysIleMetAspMetIlePheLeuValIleAspIleAsnLysGlyI :  166
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        sIleValMetGlyAlaLysIleMetAspMetIlePheLeuValIleAspIleAsnLysGlyI
 6551 : CATAGTAATGGGGGCAAAAATTATGGATATGATTTTTTTAGTTATAGATATAAATAAAGGGA : 6489

  167 : leGlnLysGlnThrIleGluCysLeuValLeuCysGlnPheValLysSerAspIleIleIle :  186
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        leGlnLysGlnThrIleGluCysLeuValLeuCysGlnPheValLysSerAspIleIleIle
 6488 : TACAAAAACAAACAATAGAGTGTCTAGTTTTATGCCAATTTGTAAAAAGTGATATTATTATT : 6429

  187 : IleLeuAsnLysIleAspLeuIleProLeuHisGluArgAspLysLysIleAsnSerMetLy :  207
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        IleLeuAsnLysIleAspLeuIleProLeuHisGluArgAspLysLysIleAsnSerMetLy
 6428 : ATTCTAAATAAAATTGATTTAATACCTTTACATGAAAGGGATAAAAAAATTAATTCTATGAA : 6366

  208 : sLysLysIleLysAspAlaIleAsnArgThrSerLeuLysLysLeuSerTyrTyrIleValS :  228
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        sLysLysIleLysAspAlaIleAsnArgThrSerLeuLysLysLeuSerTyrTyrIleValS
 6365 : AAAAAAAATTAAAGACGCAATAAATAGAACATCTCTAAAAAAGTTGTCATATTACATAGTCA : 6303

  229 : erLeuSerAlaAsnArgLysAsnArgAspAspAsnGluIleAspAspValGluIleGlyLys :  248
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        erLeuSerAlaAsnArgLysAsnArgAspAspAsnGluIleAspAspValGluIleGlyLys
 6302 : GCTTATCTGCTAACAGGAAAAATCGAGATGATAACGAAATAGATGATGTTGAAATTGGGAAA : 6243

  249 : LysIleIleSerMetCysArgAsnSerProAsnGluLeuAsnProHisPheAsnIleLeuLy :  269
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        LysIleIleSerMetCysArgAsnSerProAsnGluLeuAsnProHisPheAsnIleLeuLy
 6242 : AAAATTATTTCTATGTGTAGAAACAGTCCAAATGAACTTAATCCTCATTTCAACATTTTAAA : 6180

  270 : sLysGluLysAsnThrArgGluAsnIleAsnGluLeuValGluLeuLeuLysSerValIleL :  290
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        sLysGluLysAsnThrArgGluAsnIleAsnGluLeuValGluLeuLeuLysSerValIleL
 6179 : AAAAGAAAAAAATACAAGGGAAAATATAAATGAACTTGTAGAACTATTAAAGAGTGTTATAA : 6117

  291 : ysIleProValArgGluThrAsnProThrPheGluAspPheTyrPheLeuTyrAspHisSer :  310
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        ysIleProValArgGluThrAsnProThrPheGluAspPheTyrPheLeuTyrAspHisSer
 6116 : AAATTCCAGTAAGAGAAACAAATCCAACTTTTGAAGATTTTTATTTTTTATATGACCATTCA : 6057

  311 : PheGluIleLysGlyLysGlyMetValTyrThrGlyThrValIleLysGlyLysIleThrIl :  331
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        PheGluIleLysGlyLysGlyMetValTyrThrGlyThrValIleLysGlyLysIleThrIl
 6056 : TTTGAAATAAAGGGGAAAGGTATGGTATATACAGGAACTGTTATAAAAGGTAAAATAACAAT : 5994

  332 : eAsnSerAspIleSerIleLeuProLeuAsnIleArgGlyLysIleLysAspIleGlnSerP :  352
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        eAsnSerAspIleSerIleLeuProLeuAsnIleArgGlyLysIleLysAspIleGlnSerP
 5993 : AAATTCGGATATTTCAATATTGCCTTTAAATATAAGAGGAAAAATTAAAGATATACAAAGTT : 5931

  353 : heLysLysLysGlnLysGluGlyThrSerGlyAsnArgLeuSerPheLeuIleSerHisAsp :  372
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        heLysLysLysGlnLysGluGlyThrSerGlyAsnArgLeuSerPheLeuIleSerHisAsp
 5930 : TTAAAAAAAAACAAAAAGAAGGTACATCAGGTAATAGATTATCATTTTTAATATCACATGAC : 5871

  373 : AsnIleLysAsnLeuLysLysValGluArgGlyIleIleValHisGluLysSerAsnIleCy :  393
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        AsnIleLysAsnLeuLysLysValGluArgGlyIleIleValHisGluLysSerAsnIleCy
 5870 : AATATTAAAAATTTGAAAAAAGTAGAAAGAGGTATAATTGTTCATGAAAAATCGAATATATG : 5808

  394 : sAsnPheAlaValPheIleCysLysIleLysLeuIleGluPheTyrLysLysSerIleLysA :  414
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        sAsnPheAlaValPheIleCysLysIleLysLeuIleGluPheTyrLysLysSerIleLysA
 5807 : CAATTTTGCTGTATTTATTTGTAAAATAAAATTAATAGAATTTTATAAAAAAAGTATAAAAA : 5745

  415 : snLysGluLeuLeuThrCysIleIleGlyPheAlaSerSerHisSerTyrGlyPhePhePhe :  434
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        snLysGluLeuLeuThrCysIleIleGlyPheAlaSerSerHisSerTyrGlyPhePhePhe
 5744 : ATAAAGAATTGTTAACATGCATAATTGGTTTTGCTTCATCTCATTCTTATGGTTTTTTTTTT : 5685

  435 : LysLysLeuLysThrAspProLysLysGluGlnThrIleAsnValGlnAsnAsnGluHisAs :  455
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        LysLysLeuLysThrAspProLysLysGluGlnThrIleAsnValGlnAsnAsnGluHisAs
 5684 : AAAAAGTTAAAAACAGACCCCAAAAAGGAACAAACTATTAATGTGCAGAATAATGAACATAA : 5622

  456 : nAsnGlyGlnArgGlyGlyGluThrTyrSerThrCysLeuSerAsnAsnIleGlyPheAspA :  476
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        nAsnGlyGlnArgGlyGlyGluThrTyrSerThrCysLeuSerAsnAsnIleGlyPheAspA
 5621 : TAATGGGCAGCGTGGTGGGGAAACATATTCCACTTGCCTTTCAAATAATATTGGATTTGATA : 5559

  477 : rgAsnGlyAsnTyrLeuIleIleAspGluValGluTyrIleAsnHisIleAspAspGlyThr :  496
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        rgAsnGlyAsnTyrLeuIleIleAspGluValGluTyrIleAsnHisIleAspAspGlyThr
 5558 : GAAATGGAAATTACTTAATTATTGACGAGGTGGAATATATTAACCATATAGATGATGGAACT : 5499

  497 : ValSerGluAsnAspLeuPheGluSerGluLysGluTyrGlnAsnAsnGluArgAsnGluGl :  517
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        ValSerGluAsnAspLeuPheGluSerGluLysGluTyrGlnAsnAsnGluArgAsnGluGl
 5498 : GTTTCAGAAAACGATTTATTCGAAAGTGAAAAAGAATATCAAAACAATGAAAGAAACGAAGA : 5436

  518 : uIleTyrPheLeuValIleLeuLysLysLysMetTyrGlyPheAsnGlyGluLysCysIleP :  538
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        uIleTyrPheLeuValIleLeuLysLysLysMetTyrGlyPheAsnGlyGluLysCysIleP
 5435 : AATATATTTCTTAGTTATCTTGAAAAAAAAAATGTACGGATTTAATGGAGAAAAATGCATAT : 5373

  539 : heLeuLysAsnAspGluAsnIleAsnCysArgIleCysLeuHisGlyAsnIleValAspIle :  558
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        heLeuLysAsnAspGluAsnIleAsnCysArgIleCysLeuHisGlyAsnIleValAspIle
 5372 : TTTTAAAAAATGATGAAAATATCAACTGCAGAATATGCTTACATGGTAATATAGTAGACATA : 5313

  559 : IleLysAspSerAlaValAsnSerLysIleAsnAsnSerThrPheValMetAsnLysLysPr :  579
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        IleLysAspSerAlaValAsnSerLysIleAsnAsnSerThrPheValMetAsnLysLysPr
 5312 : ATTAAAGATAGTGCAGTAAATTCCAAAATTAATAATTCCACATTTGTTATGAACAAAAAACC : 5250

  580 : oCysLeuAsnAspHisGluAspTyrLysAsnLeuLysIleMetLysGluLysGluLysIleG :  600
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        oCysLeuAsnAspHisGluAspTyrLysAsnLeuLysIleMetLysGluLysGluLysIleG
 5249 : ATGTTTAAATGACCATGAAGATTATAAAAATTTAAAAATAATGAAAGAAAAGGAAAAAATTG : 5187

  601 : lyLeuIleGluLysValIleAspAsnThrThrLeuLeuCysLysAsnValPheAlaSerSer :  620
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        lyLeuIleGluLysValIleAspAsnThrThrLeuLeuCysLysAsnValPheAlaSerSer
 5186 : GATTAATTGAAAAAGTAATTGATAATACTACTTTATTATGCAAAAATGTTTTTGCCTCTTCA : 5127

  621 : AsnGlnValThrAlaTyrLeuThrGlnLysIleTyrLeuIleProLeuGluHisGlnLysAs :  641
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        AsnGlnValThrAlaTyrLeuThrGlnLysIleTyrLeuIleProLeuGluHisGlnLysAs
 5126 : AATCAAGTCACAGCTTATTTGACCCAAAAAATTTATCTCATACCCTTAGAACATCAAAAAAA : 5064

  642 : nLysAsnValCysLysThrAlaThrIleGlyTyrIleAlaLysSerPheAlaLysAsnGlyL :  662
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        nLysAsnValCysLysThrAlaThrIleGlyTyrIleAlaLysSerPheAlaLysAsnGlyL
 5063 : TAAAAATGTGTGCAAAACAGCAACCATTGGCTATATAGCCAAATCTTTTGCAAAAAATGGAA : 5001

  663 : ysPheIleValHisPheAspAspAspIleSerHisIleLysAspAsnIleLysLeuTyrIle :  682
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        ysPheIleValHisPheAspAspAspIleSerHisIleLysAspAsnIleLysLeuTyrIle
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  683 : IleMetIleLysTyrTyrLysAspIlePheThrLysLysLysIlePheMet :  699
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        IleMetIleLysTyrTyrLysAspIlePheThrLysLysLysIlePheMet
 4940 : ATTATGATTAAGTATTACAAAGACATTTTCACAAAAAAAAAAATTTTCATG : 4888

vulgar: gi|68075353|ref|XP_679594.1| 0 699 . gi|56500375|emb|CAAI01002332.1| 6984 4887 - 3653 M 699 2097
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gi|56500375|emb|CAAI01002332.1|	exonerate:protein2genome	cds	4888	6984	.	-	.	
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-- completed exonerate analysis