Discussió
L'interès per les selenoproteïnes i la seva correcta anotació en els diferents organismes és un fet recent, doncs nous estudis han demostrat que poden tenir un paper important en el control dels nivells de seleni en l'organisme així com altres funcions. Per això és necessari revisar els genomes de totes les espècies, sobretot per la peculiaritat que comporta la incorporació d'una selenocisteïna (Sec), codificada per un codó STOP. Aquesta característica, ha provocat que s'obviessin moltes d'aquestes proteïnes en les cerques massives de gens coneguts en les diferents espècies.
Per analitzar el genoma de Plasmòdium berghei a la recerca de la presència de selenoproteïnes, primer es va analitzar la presència de la maquinaria de síntesi necessaria per a crear aquest tipus de proteïnes, ja que solament si aquesta és present, les selenoproteïnes poden existir en aquest organisme.
Els resultats van mostrar la presència totes les proteïnes de la maquinària de síntesi que són: Secp43, SecS, eEFsec, tRNAsec, Sbp2 i PSTK. Tot i això, referent a SPS2, només es va trobar una proteïna homòloga a SPS1 i SPS2, que creiem que pot tenir la funció de SPS2 en la maquinària de síntesi.
Pel que fa a la cerca de selenoproteïnes conegudes, només es van trobar les selenoproteïnes de prostistes Sel1 i Sel2, prèviament descrites en altres espècies del gènere Plasmodium. I, en quant a les a les altres selenoproteïnes de protistes, no vam trobar cap altra homologia significativa en el nostre genoma.
De la resta de selenoproteïnes descrites, en P. berghei hem trobat diversos homòlegs amb cisteïna. Aquests són: GPx, TR, SPS. En tots els casos en Homo sapiens hi ha més d'una proteïna constituïnt les diverses famílies, però en P. berghei només s'ha trobat un homòleg per a cada una, cosa que podria indicar que les duplicacions que haurien originat les noves proteïnes, i conseqüentment l'aparició de noves funcions en aquestes, va tenir lloc més tard que l'aparició de l'espècie P. beghei.
L'últim apartat, la cerca de noves selenoproteïnes es va procedir de manera lleugerament diferent, primer es van determinar possibles elements SECIS com ja hem explicat al llarg del treball. En analitzar més de prop els contigs on es trobaven aquests SECIS potencials, vam trobar dues noves possibles selenoproteïnes. Una d'elles, una subunitat d'una proteïna de processament mitocondrial, seria una proteïna ja descrita en Plasmodium berghei però no caracteritzada com a selenoproteïna. L'altra, seria una proteïna no caracteritzada ni en la nostra ni en altres espècies de Plasmodium.
Tot i això, es important remarcar que s'han trobat múltiples problemes tant per detectar selenoproteïnes d'altres espècies en el nostre genoma com per a detectar possibles noves selenoproteïnes. Algunes de les proteïnes detectades no han pogut ser totalment anotades o caracteritzades. Totes aquestes dificultats han vingut donades com a conseqüència a l'estat en que es troba el genoma de Plasmodium berghei, doncs encara no ha estat ensamblat. Per tant, hem partit de milers de contigs a analitzar. Això ha fet que, en alguns casos, les seqüències proteiques es trobessin interrompudes i que, a més, en el cas de les selenoproteïnes, fos difícil detectar l'element SECIS lligat a aquestes. Creiem que l'anàlisi d'aquest genoma podria tornar a completar-se amb resultats més satisfactoris un cop hagi estat completament ensamblat.