L’objectiu d’aquest projecte és determinar i localitzar les selenoproteïnes del genoma de Taeniopygia guttata i també la maquinària necessària per a la seva síntesi i funcionament. L’espècie de referència escollida amb el qual s’ha basat l’estudi, és Gallus gallus , ja que el seu genoma està ben anotat i és fliogèneticament proper amb T. guttata .
Les selenoproteïnes són pèptids en els quals trobem residus de Selenocisteïna (Sec). Aquests aminoàcids codifiquen pel codó UGA, que és un codó de terminació de la traducció. Per tal de que continuï la síntesis de la proteïna, és necessària la presència de l’element SECIS, situat a l’extrem 3’UTR del mRNA. La dualitat del codó UGA, fa que es requereixin eines computacionals per tal de categoritzar aquest tipus de proteïnes.
Per tal de dur a terme el nostre projecte, hem creat un programa capaç d’automatitzar el procés d’anàlisis utilitzant diversos programes informàtics (tBlastn, Exonerate, T-coffee..) i també s’han consultat algunes bases de dades com SelenoDB, per tal d'extreure les seqüències de les proteïnes estudiades.
Hem aconseguit predir 15 selenoproteïnes, 8 homòlogues de cisteïna i 9 proteïnes de la maquinària.
