Se desconoce la función específica de esta selenoproteína. Los niveles de Sel15 responden diferencialmente frente un suplemento de selenio. Estudios en ratones sugieren que esta selenoproteína podría tener una función redox y estar involucrada en el control de calidad del plegamiento de las proteínas. Su gen se localiza en el cromosoma 1p31, un locus genético mutado o delecionado de forma común en cánceres humanos.
A partir de la secuencia de aminoácidos de la proteína Sel15 de Homo sapiens, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 4 posibles Scaffolds: KV389687.1, KV390319.1, KV389807.1 y KV390062.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV389687.1, que comprende con un E-value de 7e-19, además tiene un porcentaje de matches idénticos de un 90,48%. Se encuentra entre las posiciones 3351235 y 3351047 adoptando un sentido negativo.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 4 exones y 3 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteína no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se han hallado dos elementos SECIS mediante el programa SECISearch3 de grado A y B en sentido negativo y positivo, respectivamente.
Factor de elongación de la traducción con actividad GTPasa necesario para la incorporación de selenocisteínas (Sec) en las proteínas, ya que transmite el tRNA cargado con este aminoácido al sitio A del ribosoma uniéndose a la estructura SECIS del mRNA.
A partir de la secuencia de la proteína eEFsec de Callithrix jacchus, hemos realizado un BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 20 posibles Scaffolds. De éstos hemos seleccionado el Scaffold KV389883.1, que es el que presenta un E-value más bajo (1e-137) y un porcentaje de matches de un 97,73 %.
Mediante el Exonerate y el Genewise se predicen 2 exones y 1 intrón. Con el T-Coffee se aprecia un buen alineamiento entre secuencia query introducida de Callithrix jacchus y la predicha de Cebus capucinus imitator con una SCORE de 999. Aun así ha quedado un espacio residual al principio que podría ser debido a que la región de la proteína predicha es menor a la que hemos introducido.
Ni con el Seblastian ni con el SECISearch3 hemos encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie
La família de las glutatión peroxidasa se caracterizan por ser una familia de enzimas cuyo papel biológico fundamental es su actividad peroxidasa y así proteger al organismo de daños oxidativos. La función bioquímica de la glutatión peroxidasa es reducir los lípidos hidroperóxidos a sus alcoholes correspondientes y reducir radicales libres de peróxido de hidrógeno a agua. En los vertebrados existen muchas isoenzimas de esta familia de genes, las cuales varían en la localización celular y la especificidad de substrato.
En este caso hemos partido de secuencias querys de las isozimas GPx1, 4 y 6 de humano, siendo las tres selenoproteínas. También hemos predicho otras glutatión peroxidasas a partir de la GPx2, 3, 5, 7, 8 y otras variantes de Callithrix jacchus; siendo selenoproteinas las variantes GPx2 y GPx3. Además hemos predicho otras isoenzimas a partir de otras selenoproteínas de Callithrix jacchus, pero cuya función específica aún no ha sido hallada.
Esta isoenzima es la más abundante, se expresa y localiza en el citoplasma, y su sustrato preferente es el peróxido de hidrógeno. Es una selenoproteína y por lo tanto contiene una selenocisteína (Sec) en su sitio activo. Este gen contiene una repetición de trinucleótidos GCG in-frame en la región codificante, y se ha encontrado en el ser humano tres alelos con 4,5 o 6 repeticiones. El alelo con 4 repeticiones GCG ha sido asociado significativamente con el riesgo a padecer cáncer de mama en mujeres premenopáusicas. Se han identificado variantes transcripcionales de splicing y múltiples pseudogenes de el gen que codifica para GPx1.
A partir de la secuencia esta proteína de Homo sapiens, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 13 Scaffolds, de los cuales se ha seleccionado el Scaffold KV389617.1, que es el que presenta el valor más bajo de E-value (5e-85) y un porcentaje de matches de 95,33 %. Este Scaffold comprende entre las posiciones 1479662 y 1479982. Mediante el Exonerate y el Genewise se predice 1 exón y con el T-Coffee se obtiene un alineamiento parcial de modo con un Score de 893, por lo que se deduce que no hay demasiada coincidencia entre la proteína introducida de Homo sapiens y la predicha de Cebus capucinus imitator, por lo que posiblemente esta proteína no se encuentra demasiado conservada entre ambas especies.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteina no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se ha hallado un elementos SECIS mediante el programa SECISearch3 de grado B en sentido negativo.
También denominada glutatión peroxidasa gastrointestinal (GI-GPx), esta isoenzima se expresa de forma predominante en el tracto gastrointestinal - también en el hígado en el caso de la especie humana-, y se localiza en el citoplasma, cuyo sustrato preferente es el peróxido de hidrógeno. La sobreexpresión del gen que codifica para esta selenoproteína está asociada a un incremento en la diferenciación y proliferación de las células del colon desarrollando un cáncer colorrectal. Se han hallado variantes transcripcionales derivadas de splicing alternativo para este gen.
A partir de la secuencia de la selenoproteína GPx2 de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 14 Scaffolds, de los cuales se ha seleccionado el Scaffold que presenta un E-value más bajo, en este caso el Scaffold KV389500.1 con un E-value de 5e-84 y un % de matches de 91.89. Se encuentra entre las posiciones 738484 y 738927.
Mediante el Exonerate y el Genewise se predice 1 exón y con el T-Coffee se obtiene un alineamiento bastante bueno con un Score de 999, a pesar de que al principio ha quedado un espacio residual que posiblemente es debido a que la región de la proteína predicha es menor a la que hemos introducido.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteina no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se ha hallado dos elementos SECIS mediante el programa SECISearch3 de grado A en sentido positivo y de grado B en sentido negativo.
También denominada glutatión peroxidasa plasmática (pGPx) ya que una vez se ha secretado esta isoenzima se encuentra en el plasma de forma abundante. Se ha observado una downregulation de la expresión de este gen a través de la hipermetilación del promotor en un espectro amplio de procesos tumorales malignos humanos, incluyendo el cáncer de tiroides, el carcinoma hepatocelular y la leucemia crónica mieloide. Se han hallado variantes transcripcionales derivadas de splicing alternativo para este gen.
A partir de la secuencia esta proteína de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator obteniéndose 12 Scaffolds. De estos, se ha elegido el Scaffold KV389966.1, que es el que presenta un E-value más bajo (1e-34) y un % de matches del 100 %. Comprende la región hallada entre las posiciones 735768 y 735950. Se predicen 4 exones y 1 intrón mediante el Genewise y Exonerate.
Con el T-Coffe hemos obtenido un muy buen alineamiento observándose que solo hay una posición de los aminoácidos que difiere entre la proteína introducida de Callithrix jacchus y la predicha de Cebus capucinus imitator con un SCORE de 1000. Con esto podemos concluir que esta proteína está altamente conservada entre ambas especies de mamíferos. De hecho, el caso de esta glutatión peroxidasa es con la que más coincidencias se ha hallado entre la proteína predicha de Cebus capucinus y la introducida de Marmoset, lo que nos sugiere que la glutatión peroxidasa plasmática es el tipo de GPx que se encuentra más conservada entre Cebus capucinus imitator y Callithrix jacchus.
Mediante el Seblastian se ha encontrado un elemento SECIS de grado A y cadena positiva. Y mediante el SECISearch3 se han obtenido dos elementos más de grado B de cadena positiva y negativa. Así pues, esta selenoproteína se encontraba anotada para Cebus capucinus imitator.
Esta selenoproteína tiene una alta preferencia para los hidroperóxidos lipídicos y protege las células frente la peroxidación de los lípidos de las membranas y de la muerte celular. También son necesarias para un desarrollo normal del esperma; y por ello también ha sido identificada como la proteína “pluriempleada” debido a su habilidad para realizar funciones duales como una peroxidasa, así como actuar como una proteína estructural en los espermatozoides maduros. Se han asociado mutaciones de este gen con la displasia espondiloepimetafisaria tipo Sedaghatian (SMDS). Se han hallado variantes transcripcionales derivadas de splicing alternativo para este gen.
A partir de la secuencia esta proteína de Homo sapiens, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator obteniéndose 12 Scaffolds. De estos, se ha seleccionado el Scaffold KV389646.1 , que es el que presenta un E-value más bajo (1e-88) y un % de matches del 83.63 %. Comprende la región hallada entre las posiciones 2937476 y 2936967. Mediante Exonerate y Genewise se predice 1 exón. Se obtiene un alineamiento con un Score de 996 con el T-Coffee y se puede observar como varían algunos aminoácidos en ciertas posiciones.
Con el T-Coffe hemos obtenido un muy buen alineamiento observándose que solo hay una posición de los aminoácidos que difiere entre la proteína introducida de Callithrix jacchus y la predicha de Cebus capucinus imitator con un SCORE de 1000. Con esto podemos concluir que esta proteína está altamente conservada entre ambas especies de mamíferos.
Mediante el Seblastian se ha encontrado un elemento SECIS de grado A y cadena negativa. Y mediante el SECISearch3 se ha obtenido otro elemento de grado B en sentido negativo.
El gen que codifica para esta glutatión peroxidasa 5 se expresa de forma específica en el epidídimo del tracto reproductivo de los mamíferos macho, y está regulado por vía de las hormonas andrógenas. A diferencia de otras glutatión peroxidasas caracterizadas, este mRNA no contiene un codón de selenocisteína (UGA). Y por lo tanto, la proteína codificada es independiente del selenio, y se ha propuesto que puede jugar un papel en la protección de las membranas de los espermatozoides respecto los efectos dañinos de la peroxidación de los lípidos y/o previniendo una reacción acrosómica prematura. Se han hallado variantes transcripcionales derivadas de splicing alternativo para este gen.
A partir de hacer el BLAST de la secuencia de la isoenzima GPx5 de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator hemos obtenido 12 Scaffolds. Y hemos seleccionado el Scaffold
KV390107.1 ya que presenta un menor E-value respecto los demás (6e-35). Este Scaffold se encuentra entre las posiciones 553168 y 553386 y presenta un % de matches de 86,30 %.
Se predicen 4 exones y 3 intrones tanto con el Exonerate como con el Genewise. Obtenemos el alineamiento entre la query de Callithrix jacchus y la proteína predicha de con el T-Coffe con un Score de 999.
Mediante el Seblastian no se ha hallado ningún elemento SECIS con lo cual esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie. Y con el SECISearch3 se ha obtenido otro elemento de grado A en sentido negativo.
Se ha observado la expresión del gen que codifica para esta selenoproteína en los embriones y en el epitelio olfatorio adulto; sin embargo, se desconoce la función exacta del gen. Los ortólogos del gen en ratones y ratas (y en otras especies) contienen una residuo de cisteína (Cys) en lugar de un residuo Sec, y su hueco en el mRNA correspondiente en los elementos SECIS. Aún así, esto no se encuentra ni en el gen humano ni en el de marmoset (la otra especie estudiada en nuestro caso).
En el caso de esta selenoproteína, hemos blasteado la secuencia perteneciente a Homo sapiens contra el genoma de Cebus capucinus imitator obteniendo 11 Scaffolds. Como siempre hemos seleccionado el que presenta un valor de E más bajo respecto los demás, y en este caso se trataba de un E-value de 1e-30 correspondiente al Scaffold KV390107.1. Este tiene de posición inicial la 523657, y la final es 523451 siguiendo un sentido negativo. El porcentaje de matches es de 82.61 %. Gracias al Exonerate y al Genewise predecimos 4 exones y 3 intrones. Respecto el alineamiento entre la secuencia query de humano y la predicha en Cebus capucinus obtenido por T-Coffee presenta un Score de 997. Ambas secuencias presentan bastante similitudes en las posiciones de los distintos aminoácidos aunque nos vuelve a pasar que queda un espacio residual al principio ya que el Scaffold introducido se nos ha quedado más corto que la proteína predicha.
No hemos hallado ningún elemento SECIS mediante Seblastian, con lo cual vuelve a pasar que esta isoenzima aún no ha sido anotada para Cebus capucinus. Aún así, sí que hemos obtenido un elemento SECIS de cadena negativa y grado A con el SECISearch3.
La glutatión peroxidasa 7 interviene en la detoxificación del peróxido de hidrógeno, y es una de las enzimas antioxidantes más importantes en los humanos. A diferencia de los mRNAs de otras glutatión peroxidasas caracterizadas, este mRNA no contiene un codón de selenocisteína (UGA). De modo que esta isoenzima es independiente al selenio.
A partir de realizar el BLAST entre la secuencia de GPx7 de Marmoset contra el genoma de Cebus capucinus imitator hemos obtenido 11 Scaffolds, de los cuales hemos seleccionado el KV389640.1 por presentar el menor E-value (6e-52) respecto los demás. Esta región comprende un sentido positivo de la cadena ya que se encuentra entre las posiciones 3401213 y 3401488 en dirección creciente. Además presenta un % de matches de 95,65. Gracias al Exonerate y Genewise hemos podido predecir la presencia de 2 exones y 1 intrón. Con el T-Coffee hemos podido alinear la secuencia proteica introducida y la predicha de Cebus capucinus y se puede apreciar muchas similitudes entre ambas proteínas. Solo se distinguen en 4 posiciones de aminoácidos lo que nos sugiere que esta isoenzima se encuentra muy conservada entre ambas especies.
Mediante el Seblastian no hemos podido encontrar ningún elemento SECIS lo que significa que esta estructura no ha sido anotada aún en el caso de Cebus capucinus. Con el SECISearch3 hemos obtenido dos elemento SECIS de grado C y grado B, ambos con sentido negativo.
Con GPx8 volvemos a blastear con la secuencia correspondiente a esta proteína de Marmoset contra el genoma de Cebus capucinus imitator. En este caso hemos obtenido 10 Scaffolds y hemos seleccionado el primero de ellos, que presenta un E-value de 2e-49 - como siempre el más bajo - y es el que se encuentra a más próximo a la región inicial de la proteína ocupando el espacio hallado entre las posiciones 78266 y 78553. Además tiene un 90,62 % de matches. El Scaffold en cuestión, es el KV389639.1.
Se predicen 2 exones y 1 intrón mediante Genewise y Exonerate. Y gracias al T-Coffee obtenemos un alineamiento entre la proteína predicha de Cebus capucinus y la introducida al principio de Callithrix jacchus. Este alineamiento, que presenta un Score de 100, coinciden ambas secuencias completamente excepto una región de 14 aminoácidos del final donde ya difiere el contenido entre las dos especies.
No hemos hallado ningún elemento SECIS ni con Seblastian ni con SECISearch3 lo que quiere decir que no se ha anotado esta proteína en Cebus capucinus.
A partir de esta glutatión peroxidasa de Callithrix jacchus hemos hecho el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator obteniendo 12 Scaffolds. Entre estos, hemos elegido trabajar con el primero (KV389646.1) ya que era el que presentaba un E-value de 4e-56. Tiene un 84.07 % de matches y empieza en la posición 2937449 y su región finaliza en la posición 2937114 siguiendo un sentido negativo. Según Exonerate y Genewise la proteína predicha sólo contiene 1 exón, y gracias al alineamiento generado por T-Coffee se aprecia las similitudes entre la secuencia predicha de Cebus capucinus y Callithrix jacchus con un Score de 994.
Con el Seblastian comprobamos que esta selenoproteína ha sido anotada para Cebus capucinus imitator ya que hemos obtenido un elemento SECIS de grado A y cadena negativa. En cambio, por SECISearch3 no ha sido posible hallar ningún elemento para esta proteína en Cebus capucinus.
Después de blastear la secuencia de esta selenoproteína de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator obtenemos 11 Scaffolds posibles con los que trabajar. Como siempre, nuestro criterio principal de selección es el E-value, y fijándonos en el Scaffold con el valor más bajo elegimos el KV389646.1. Este Scaffold presenta un 79,52 % de matches y se encuentra al principio de la proteína en la región comprendida entre las posiciones 2937443 y 2937198. De nuevo, predecimos solo 1 exón mediante el Exonerate y Genewise. El alineamiento de T-Coffee presenta un Score de 993, y en general presenta algunas diferencias en algunos aminoácidos a lo largo de las secuencias cortas de la proteína predicha y la introducida al principio.
En este caso, hemos obtenido elementos SECIS con el Seblastian y con el SECISearch3. En Seblastian se encuentra anotado un elemento de grado A y cadena negativa. Y en SECISearch3 además hemos obtenido otro de grado B y también de cadena negativa.
A partir de esta selenoproteina de Callithrix jacchus hemos realizado un BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y hemos obtenido 13 Scaffolds, de los cuales hemos elegido el primero ya que era el que presentaba el valor más bajo del E-Value (2e-83). El Scaffold KV389617.1 se encuentra entre las posiciones 1479662 y 1479982, y presenta un % de matches de 93,46. De nuevo, se predice solo 1 exón en esta región mediante Exonerate y Genewise. Y con el T-Coffee resultamos en un alineamiento de un Score de 853 que nos muestra bastantes diferencias entre la proteína predicha en Cebus capucinus y la proteína introducida de Marmoset, ya que hay pocas coincidencias en general lo que sugiere que esta glutatión peroxidasa no se encuentra demasiado conservada entre ambos mamíferos.
Hemos hallado un elemento SECIS mediante SECISearch3 de grado B y cadena negativa. En cambio mediante Seblastian no hemos encontrado ningún elemento lo que significa que esta selenoproteína no ha sido aún anotada para esta especie.
A partir de esta glutatión peroxidasa de Callithrix jacchus hemos procedido a realizar un BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y hemos obtenido 12 Scaffolds, de los cuales hemos elegido el primero ya que era el que presentaba el valor más bajo del E-Value (1e-64). El Scaffold KV389646.1 se halla en la región que comprende entre las posiciones 2937443 y 2937024, y presenta un % de matches de 78,01. Se predice solo 1 exón en esta región mediante Exonerate y Genewise. Y con el T-Coffee resultamos en un alineamiento de un Score de 991 que nos muestra una comparación entre la proteína predicha en Cebus capucinus y la proteína introducida de Marmoset. Podemos apreciar la disimilitud entre ambas sobretodo al principio de la región analizada de ambas proteínas.
En este caso, hemos obtenido elementos SECIS con el Seblastian y con el SECISearch3. En Seblastian se encuentra anotado un elemento de grado A y cadena negativa. Y en SECISearch3 además hemos obtenido otro de grado B y también de cadena negativa.
Después de blastear la secuencia de esta selenoproteína de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator obtenemos 13 Scaffolds posibles con los que trabajar. Como siempre, nuestro criterio principal de selección es el E-value, y fijándonos en el Scaffold con el valor más bajo (2e-68) elegimos el KV389444.1. Este Scaffold presenta un 73,49 % de matches y se encuentra al principio de la proteína en la región comprendida entre las posiciones 9024087 y 9023590 teniendo un sentido negativo. Se ha predicho solo 1 exón mediante el Exonerate y Genewise. El alineamiento de T-Coffee presenta un Score de 1000, y en general presenta algunas diferencias en algunos aminoácidos a lo largo de las secuencias de la proteína predicha de Cebus capucinus y la introducida al principio.
No hemos hallado ningún elemento SECIS ni con Seblastian ni con SECISearch3 lo que quiere decir que no se ha anotado esta selenoproteina en Cebus capucinus.
Se blastea la secuencia correspondiente a esta proteína de Marmoset contra el genoma de Cebus capucinus imitator. En este caso hemos obtenido 12 Scaffolds y hemos seleccionado el primero de ellos, que presenta un E-value de 1e-82 que se encuentra entre las posiciones 2937443 y 2936976. Además tiene un 85,35 % de matches. El Scaffold en cuestión, es el KV389646.1.
Se predicen 1 exón mediante Genewise y Exonerate. Y gracias al T-Coffee obtenemos un alineamiento bastante óptimo entre la proteína predicha de Cebus capucinus y la introducida al principio de Callithrix jacchus. Este alineamiento, que presenta un Score de 995, coinciden bastante ambas secuencias a excepción de algunas posiciones donde difieren los aminoácidos.
Hemos hallado un elemento SECIS mediante Seblastian de grado A y cadena negativa. En cambio mediante SECISearch3 no hemos encontrado ningún elemento lo que significa que esta selenoproteína no ha sido aún anotada para esta especie.
Las iodotironina deiodinasas son una subfamília de enzimas deiodinasas importante en la activación e inactivación de las hormonas tiroideas. La tiroxina (T4), el precursor de la 3,5,3’-triiodotironina (T3), es transformado a T3 a través de la actividad deiodinasa. Este T3 influencia en la expresión de genes a través de la unión al receptor nuclear de la hormona tiroidea en prácticamente todas las células de los vertebrados.
Para predecir las iodotironina deiodinasas en Cebus capucinus imitator hemos partido de tres iodotironina deiodinasas del primate Callithrix jacchus, todas son selenoproteínas.
Esta enzima cataliza la activación y desactivación de la hormona tiroidea a través de la deiodinación del anillo externo e interno, respectivamente. La reacción de activación incluye la conversión de la prohormona tiroxina (3,5,3’,5’-tetraiodootironina, T4), secretada por la glándula tiroidea, a la hormona tiroidea bioactiva (3,5,3’-triiodootironina, T3) a través de la deiodinación en 5’. Esta proteína se expresa de forma predominante en el hígado y riñones y aporta la mayoría de la T3 circulante, la cual es esencial para el crecimiento, diferenciación y metabolismo basal en vertebrados. Se han hallado variantes transcripcionales derivadas de splicing alternativo para este gen.
A partir de realizar el BLAST entre esta selenoproteína de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator hemos obtenido 3 posibles Scaffolds con los que trabajar. Concretamente hemos seleccionado el que presenta un menor E-value, en este caso de 4e-68 que corresponde al Scaffold KV389748.1. Este Scaffold se encuentra entre las posiciones 1012971 y 1013312, y presenta un % de matches de 97,37.
Se han predicho 4 exones y 3 intrones mediante el Genewise y el Exonerate. El alineamiento entre la secuencia predicha de Cebus capucinus y la query introducida de Callithrix jacchus es muy óptimo con un Score de 1000. Ambas regiones de las secuencias son prácticamente idénticas exceptuando dos posiciones en que los aminoácidos varían entre una proteina de una especie y la homóloga de la otra. Esto nos sugiere que esta deionidasa se encuentra bastante conservada entre las dos especies.
Tanto por SECISearch3 como por Seblastian se ha obtenido un elemento SECIS de grado A de sentido positivo.
La selenoproteína DI2 cataliza la conversión de la prohormona tiroxina (T4) en la hormona tiroidea bioactiva (T3) a través de la deiodinación en 5’ de anillo externo. El gen que codifica para esta iodotironina deiodinasa se expresa de forma muy amplia en el organismo, incluyendo la tiroides, la placenta, la glándula pituitaria y el cerebro. Se cree que es reponsable de la producción “local”de T3, y por ello es importante a la hora de influenciar la acción de la hormona tiroidea en esos tejidos. También se ha visto que está altamente expresada en tiroides de pacientes con el síndrome de Graves, y en adenomas foliculares. La conversión intratiroidea de T4 a T3 por esta enzima puede contribuir significativamente a un incremento relativo en la producción de T3 en estos pacientes. Se han hallado variantes transcripcionales derivadas de splicing alternativo para este gen.
Hemos blasteado la secuencia proteica de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator y hemos vuelto a obtener 3 Scaffolds. Entre estos hemos elegido el Scaffold KV389771.1, que es el que presenta el E-value considerablemente más bajo (5e-119) respecto los otros. Además presenta el mayor % de matches siendo de 96.39. Se encuentra entre las posiciones 1084782 y 1084201. Se han predicho 2 exones y 1 intrón a través del Exonerate y Genewise, Respecto el alineamiento obtenido por T-Coffee podemos concluir que la selenoproteina predicha de Cebus capucinus guarda bastante similitud con la de Callithrix jacchus ya que solo difieren en 4 posiciones de aminoácidos, el resto es igual.
Mediante Seblastian no hemos podido obtener ningún elemento SECIS, lo que significa que ésta selenoproteina todavía no ha sido anotada para esta especie. Sin embargo, a través del SECISearch3 se ha obtenido dos elementos SECIS de grado A y B, con cadena negativa y positiva respectivamente.
Esta proteína codificada por un gen sin intrones cataliza la inactivación de la hormona tiroidea a través de la deiodinación del anillo interno de la prohormona tiroxina (T4) y la de la hormona bioactiva T3, obteniéndose los metabolitos inactivos 3,3’,5’ -triiodotironina (RT3) y 3,3’-diiodotironina (T2), respectivamente. Esta enzima predominantemente en úteros con un embarazo, en la placenta, y en los tejidos fetales y neonatales, y se cree que previene la exposición prematura de niveles de hormonas tiroideas, correspondientes a los de un adulto, a tejidos fetales en desarrollo. Regula la concentraciones de hormona tiroidea circulante en fetos, y por ello juega un papel crítico en el desarrollo de los mamíferos. El Knock Out de este gen en ratones ha mostrado anormalidades relacionadas al desarrollo y la reproducción, y un incremento de la actividad de esta enzima en infantes con hemangiomas causa hipotiroidismo severo.
Después de hacer un BLAST entre la selenoproteína de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator se ha obtenido 3 Scaffolds. El que presenta un E-value considerablemente más bajo que el resto (5e-178) ha sido seleccionado, siendo el Scaffold KV389478.1. Se halla entre las posiciones 1834596 y 1833742 y presenta el % de matches más elevado (98,60 %). Tanto el Exonerate como el Genewise han predicho un solo exón en la región estudiada. El alineamiento entre la secuencia de la deionidasa introducida de Marmoset y la predicha en Cebus Capucinus es muy óptimo. Se ha obtenido por T-Coffee y presenta un Score de 1000. Ambas secuencias solo difieren en 3 posiciones de aminoácidos, y el resto ha salido idéntico lo que vuelve a sugerirnos que esta selenoproteína se encuentra bastante conservada entre ambas especies.
Se han hallado un elemento SECIS mediante el Seblastian y SECISearch3 de grado A y cadena negativa. De modo que esta selenoproteína de Cebus capucinus ya se encontraba anotada.
El gen de la MsrA codifica una proteína ubicua y altamente conservada que lleva a cabo la reducción del sulfóxido de metionina a metionina. Los estudios con animales y humanos han demostrado los niveles más elevados de expresión en los tejidos nervioso y renal. La función de esta proteína es reparar las proteínas con daños oxidativos para restaurar la actividad biológica. Se han hallado variantes transcripcionales derivadas de splicing alternativo para este gen.
Hemos realizado un BLAST entre la secuencia proteica de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator obteniendo el Scaffold KV389551.1. Presenta un E-value de 5e-27, un 96,36 % de matches y empieza en la posición 3778965 y finaliza en la posición 3779129 siguiendo un sentido positivo de la cadena proteica. A través del Exonerate y Genewise se predice 1 exón; y mediante el T-Coffee se obtiene el alineamiento entre la proteína query de Marmoset y la predicha de Cebus capucinus con un Score de 998. En el alineamiento se observa una similitud entre ambas secuencias, pero la proteína predicha ha quedado un poco corta de longitud mientras que el scaffold de Callithrix jacchus es bastante largo así que cuesta apreciar el alineamiento. Pero a pesar de lo corta que es la proteína predicha hay mucha similitud y solo una diferencia de dos posiciones de aminoácidos. Aun así, debido al corto tamaño obtenido es complicado poder hacer una estimación real de lo conservada que se encuentra esta proteína entre las dos especies.
No hemos hallado ningún elemento SECIS ni con Seblastian ni con SECISearch3 lo que quiere decir que no se ha anotado esta selenoproteína en Cebus capucinus.
La fosforil-tRNA quinasa se encuentra altamente conservada en la evolución, y ello sugiere que juega un papel muy clave en la biosíntesis de selenoproteínas y/o en su regulación.
Despuès de realizar un BLAST entre la fosfoseril-tRNA quinasa de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator se ha obtenido 1 Scaffold (KV389661.1) con el bajo E-value y un % elevado de matches idénticos, siendo de 6e-38 y 93,42 % respectivamente. Este Scaffold se encuentra entre las posiciones 2245682 y 2245455 siguiendo una dirección negativa.
Tanto el Exonerate como el Genewise han predicho 5 exones y 4 intrones. Finalmente se ha obtenido por T-Coffee un alineamiento entre la secuencia introducida de la proteína Marmoset y la predicha de Cebus capucinus con un Score de 1000. Este alineamiento nos muestra mucha semejanza entre ambas proteínas ya que coinciden mucho los aminoácidos excepto en unas pocas posiciones. Todo ello nos sugiere una alta conservación de la proteína entre las dos especies.
Hemos hallado un elemento SECIS mediante SECISearch3 de grado B y cadena negativa. En cambio mediante Seblastian no hemos encontrado ningún elemento lo que significa que esta selenoproteína no ha sido aún anotada para esta especie.
El gen SBP2 codifica una proteína nuclear que funciona como una SECIS binding protein. Las mutaciones en este gen se han asociado con una reducción en la actividad de una tiroxina deiodinasa específica y de un metabolismo anormal de la hormona tiroidea. Se han hallado variantes transcripcionales derivadas de splicing alternativo para este gen.
A partir de realizar el BLAST entre esta proteína de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator hemos obtenido 2 posibles Scaffolds de los cuales hemos seleccionado el KV389435.1 que presenta un menor E-value, en este caso de 1e-86. Este Scaffold se encuentra entre las posiciones 7296006 y 7296674, y presenta un % de matches de 98,21.
Se han predicho 16 exones y 15 intrones mediante el Genewise y el Exonerate. El alineamiento entre la secuencia predicha de Cebus capucinus y la query introducida de Callithrix jacchus es muy óptimo con un Score de 1000. Es bastante largo (1083 aminoácidos) pero ambas secuencias han resultado ser prácticamente idénticas exceptuando 9 posiciones en que los aminoácidos varían entre una proteína de una especie y la homóloga de la otra. Esto nos sugiere que la SECIS binding protein 2 se encuentra bastante conservada entre las dos especies.
Mediante Seblastian no hemos obtenido ningún elemento SECIS lo cual significa que esta proteína no ha sido aún anotada para esta especie. Sin embargo a través del SECISearch3 hemos obtenido dos elementos de grado A y B, de cadena positiva y negativa respectivamente.
El aminoácido selenocisteína es el único aminoácido que no contiene su propia tRNA sintetasa. En cambio, este aminoácido es sintetizado a un tRNA similar en un proceso de tres etapas. La proteína codificada por el gen SecS cataliza el tercer paso del proceso, concretamente la conversión de O-fosfoseril-tRNA(Sec) a selenocisteinil-tRNA(Sec).
Hemos realizado un BLAST entre la secuencia de la Selenocisteína sintasa de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator obteniendo el Scaffold KV390105.1. Presenta un E-value de 8e-49, un 95.74 % de matches y empieza en la posición 139675 y finaliza en la posición 139394 siguiendo un sentido negativo de la cadena proteica. A través del Exonerate y Genewise se predicen 11 exones y 10 intrones; y mediante el T-Coffee se obtiene el alineamiento entre la proteína query de Marmoset y la predicha de Cebus capucinus con un Score de 1000. En el alineamiento se observa una gran similitud entre ambas secuencias y en que solo difieren en 5 posiciones lo que sugiere que la selenocisteína sintasa se halla bastante conservada entre Callithrix jacchus y Cebus capucinus imitator.
No hemos hallado ningún elemento SECIS con Seblastian lo que quiere decir que aún no se ha anotado esta selenoproteína en Cebus capucinus. Sin embargo, mediante SECISearch3 sí que obtenemos un elemento de grado B y en sentido negativo.
Esta enzima sintetiza selenofosfatos provenientes de selenio y ATP. Un selenofosfato es un donador de selenio que se utiliza para sintetizar selenocisteínas, las cuales son incorporadas co-traduccionalmente en selenoproteínas en codones UGA in-frame.
A partir de realizar el BLAST entre esta selenoproteína de Callithrix jacchus contra el genoma de Cebus capucinus imitator hemos obtenido 6 posibles Scaffolds de los cuales hemos seleccionado el KV389978.1 que presenta un menor E-value, en este caso de 4e-122. Este Scaffold se encuentra entre las posiciones 1177457 y 1178284, y presenta un % de matches de 82,98.
Se han predicho un único exón mediante el Genewise y el Exonerate. El alineamiento entre la secuencia predicha de Cebus capucinus y la query introducida de Callithrix jacchus es bastante óptimo con un Score de 995, aún así se aprecian algunos missmatches en éste.
Tanto por Seblastian como por SECISearch3 se identifica un elemento SECIS de grado A y sentido positivo. Además mediante SECISearch3 se identifica otro elemento de grado B también de cadena positiva. Todo esto nos indica que esta proteína ya se encontraba anotada para nuestra especie.
Se trata de una proteína nucleolar que pertenece a la familia SelWTH. Participa como una oxidoreductasa, y se ha visto que protege las neuronas frente al daño producido por los rayos UVB mediante la inhibición de vías apoptóticas, la promoción de la biogénesis y de la función mitocondriales, y la supresión de la senescencia celular. Además, esta proteína contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína.
A partir de la secuencia de aminoácidos de la proteína SelH de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 2 posibles Scaffolds, KV389679.1 y KV389712.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV389679.1, que comprende desde la posición 2603092 hasta la 2603238 con un e-value de 5e-35, además de un porcentaje de matches idénticos de un 97,96%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 3 exones y 2 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteína no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se han hallado dos elementos SECIS mediante el programa SECISearch3 uno de grado A en sentido negativo y el otro B en sentido positivo.
Proteína transmembrana de paso múltiple que pertenece a la familia de las CDP-alcohol fosfatidiltransferasa de clase I, por lo que cataliza la transferencia de la fosfoetanolamina desde la CDP-etanolamina hacia el diacilglicerol para producir fosfatidiletanolamina, que está implicada en la formación y el mantenimiento de las membranas vesiculares, la regulación del metabolismo lipídico y el plegamiento de las proteínas. Además, esta proteína, SelI, contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína.
A partir de la secuencia de aminoácidos de la proteína SelI de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 3 posibles Scaffolds, KV389606.1, KV389682.1 y KV389444.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389606.1, que comprende desde la posición 94514 hasta la 94786 con un E-value de 4e-35, además de un porcentaje de matches idénticos de un 96,70%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 9 exones y 8 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian se ha encontrado una selenoproteína descrita para esta especie y para esta región en concreto, de grado A, en sentido positiva y cuyo elemento SECIS se encuentra a una distancia de 1316 nucleótidos del codón de inicio de la traducción. Por otro lado, se han hallado dos elementos SECIS más mediante el programa SECISearch3, ambos de grado B pero uno de sentido positivo y el otro negativo.
Es una proteína localizada en el retículo endoplasmático, ya que se encarga de proteger a las células de la apoptosis inducida por estrés del retículo endoplasmático y está implicada en la degradación asociada al retículo endoplasmático (ERAD) de las proteínas glicosiladas solubles. Respecto a las células inmunitarias, esta proteína tiene un papel en la proliferación de las células T y en la migración de células T y neutrófilos. Se encuentra altamente expresada los cardiomiocitos, donde debe actuar como un antioxidante. Además, esta proteína, SelI, contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelK de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 13 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV390038.1, que comprende desde la posición 924322 hasta la 924561 con un E-value de 2e-44, además de un porcentaje de matches idénticos de un 97,50%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelK de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 10 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV389556.1, que comprende desde la posición 4332355 hasta la 4332567 con un e-value de 3e-31, además de un porcentaje de matches idénticos de un 87,32%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 988, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelK de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 13 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV390038.1, que comprende desde la posición 924322 hasta la 924564 con un e-value de 8e-35, además de un porcentaje de matches idénticos de un 98,77%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelK de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 12 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV390038.1, que comprende desde la posición 924322 hasta la 924564 con un e-value de 2e-22, además de un porcentaje de matches idénticos de un 92,59%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelK de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 13 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV390038.1, que comprende desde la posición 924322 hasta la 924564 con un e-value de 1e-45, además de un porcentaje de matches idénticos de un 97,53%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelK de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 12 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV390038.1, que comprende desde la posición 924322 hasta la 924564 con un e-value de 5e-30, además de un porcentaje de matches idénticos de un 72,53%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 981, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelK de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 12 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV390038.1, que comprende desde la posición 924322 hasta la 924564 con un e-value de 2e-18, además de un porcentaje de matches idénticos de un 89,36%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 978, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
Esta proteína actúa como una tiol-disulfuro oxidoreductasa que participa en la formación de puentes disulfuro y puede estar implicada en las respuestas calcémicas. Está altamente expresada en el cerebro y posee propiedades neuroprotectoras. Además, esta proteína contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelM de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se ha obtenido un único Scaffold, KV389684.1, que comprende desde la posición 1606918 hasta la 1607346 con un E-value de 8e-37, además de un porcentaje de matches idénticos de un 56,46%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 5 exones y 4 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian y el SECISearch3 se ha encontrado una selenoproteína descrita para esta especie y para esta región en concreto, de grado A y en sentido positiva. Además, el Seblastian nos dice que el elemento SECIS se encuentra a una distancia de 336 nucleótidos del codón de inicio de la traducción
Se trata de una proteína que se hipotetiza que tiene un dominio cinasa. Además, esta proteína contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína; de hecho, es la proteína más grande de entre las 25 selenoproteínas de los mamíferos.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelO de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 2 Scaffolds, KV389755.1 y KV390205.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV389755.1, que comprende desde la posición 2917310 hasta la 2917786 con un e-value de 1e-70, además de un porcentaje de matches idénticos de un 98,74%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 9 exones y 8 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 998, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian y el SECISearch3 se ha encontrado una selenoproteína descrita para esta especie y para esta región en concreto, de grado A y en sentido positiva. Además, el Seblastian nos dice que el elemento SECIS se encuentra a una distancia de 127 nucleótidos del codón de inicio de la traducción.
Es una glicoproteína extracelular que parece ser que está asociada con las células endoteliales y que actúa como antioxidante en el espacio extracelular. Además, esta proteína contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína; de hecho, presenta 10 selenocisteinas.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelP de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se ha obtenido un único Scaffold, KV389506.1, que comprende desde la posición 2257742 hasta la 2258293 con un E-value de 4e-75, además de un porcentaje de matches idénticos de un 90,22%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 4 exones y 3 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 992, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian y el SECISearch3 se han encontrado 2 selenoproteínas descritas para esta especie y para esta región en concreto: ambas de grado A, de sentido negativo pero que difieren en la distancia a la que se encuentra el elemento SECIS del codón de inicio de la traducción, una a 274 y la otra a 697.
Corresponde a la familia de las metionina-R-sulfóxido reductasas B (MsrB). Estas proteínas actúan como enzimas reparadoras que protegen a otras proteínas del estrés oxidativo al catalizar la reducción de los metionina-R-sulfóxidos a metioninas
Esta proteína presenta una elevada expresión en el hígado y en los riñones, y dentro de la célula se localiza tanto en el núcleo como en el citosol. Es es el único miembro de esta familia que contiene el aminoácido selenocisteína, por lo que se considera una selenoproteína. Gracias a esta selenocisteína en su sitio activo, esta proteína presenta la actividad reductasa metionina-R-sulfóxido más alta que el resto de miembros de la familia, que tienen una cisteína en lugar de una selenocisteína.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína MsrB1 de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 3 Scaffolds, KV389832.1, KV389870.1 y KV389732.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389832.1, que comprende desde la posición 2845568 hasta la 2845912 con un E-value de 1e-60, además de un porcentaje de matches idénticos de un 89,57%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón y 0 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian y el SECISearch3 se ha encontrado una selenoproteína descrita para esta especie y para esta región en concreto, de grado A y en sentido positiva. Además, el Seblastian nos dice que el elemento SECIS se encuentra a una distancia de 553 nucleótidos del codón de inicio de la traducción.
MsrB2 presenta una expresión baja en el cerebro pero alta en el músculo cardíaco y esquelético. A nivel celular, se encuentra en las mitocondrias y se encarga de proteger la integridad mitocondrial y la supervivencia celular mediante la eliminación de especies de oxígeno reactivo.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína MsrB2 de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 3 Scaffolds, KV389518.1, KV389988.1 y KV389832.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389518.1, que comprende desde la posición 12464892 hasta la 12465041 con un E-value de 7e-23, además de un porcentaje de matches idénticos de un 98,00%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 5 exones y 4 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 991, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteína no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se ha hallado un elemento SECIS mediante el programa SECISearch3, de grado B y de sentido positivo.
Esta enzima actúa como monómero y requiere zinc como cofactor. Una de las dos isoformas que se conocen se localiza en la mitocondria, mientras que la otra en el retículo endoplasmático. En ratones se ha visto una alta expresión de esta proteína en el músculo cardíaco y esquelético, en los testículos y en el oído interno. Concretamente, la isoforma que se encuentra en la mitocondria es esencial para el oído
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína MsrB3 de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 3 Scaffolds, KV389988.1, KV389832.1 y KV389518.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389988.1, que comprende desde la posición 149822 hasta la 150031 con un E-value de 3e-15, además de un porcentaje de matches idénticos de un 75,71%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 2 exones y 1 intrón. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 974, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
Se trata de una proteína que interviene en el control de la respuesta inflamatoria; varios estudios sugieren que podría regular la producción de citocinas. Por otro lado, también participa en la transferencia de proteínas mal plegadas desde el retículo endoplasmático hacia el citosol. Probablemente actúe como puente de unión entre DERL1, el cual media la retrotranslocación de proteínas mal plegadas hacia el citosol, y la ATPasa VCP, la cual media la translocación y la ubiquitinización. Además, esta proteína contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelS de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se ha obtenido un único Scaffold, KV389445.1, que comprende desde la posición 10795661 hasta la 10795750 con un E-value de 1e-14, además de un porcentaje de matches idénticos de un 90,00%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 5 exones y 4 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
Es una proteína que se localiza principalmente en el retículo endoplasmático y que participa activamente en la homeostasis del calcio intracelular. Algunos estudios sobre la distribución de esta proteína han encontrado que su expresión es baja en tejidos adultos pero alta durante la embriogénesis. Otros estudios muestran que se incrementa su expresión génica tras una lesión tisular, lo que sugiere que esta proteína podría tener un papel importante en la protección frente al estrés oxidativo. Además, esta proteína contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelT de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se ha obtenido un único Scaffold, KV389451.1, que comprende desde la posición 823759 hasta la 823890 con un E-value de 2e-19, además de un porcentaje de matches idénticos de un 100,00%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 5 exones y 4 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteína no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se han hallado tres elementos SECIS mediante el programa SECISearch3 uno de grado A en sentido positivo, otro de grado C en sentido positivo y otro de grado B en sentido negativo.
Família de proteínas altamente distribuida entre los eucariotas. Está presente como selenoproteína, ya que contiene el aminoácido selenocisteína, en peces, pájaros, equinodermos, algas verdes y diatomeas; mientras que en mamíferos, plantas terrestres, artrópodos, gusanos, anfibios, tunicados y mohos mucilaginosos esta selenocisteína ha sido reemplazada por una cisteína. Se cree que podría regular una variedad de procesos biológicos gracias a su actividad redox
Aún no está muy clara su función, pero su dominio Prx-like2 implica que pertenece a la superfamilia de las tiorredoxinas, por lo que debe su función debe estar relacionada con el mantenimiento del equilibrio redox celular a través del intercambio tiol/disulfuro con otras proteínas.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelU1 de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 4 posibles Scaffolds, KV389628.1, KV389446.1, KV389933.1 y KV389455.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un E-value menor, en este caso KV389628.1, que comprende desde la posición 1971457 hasta la 1972179 con un e-value de 1e-115, además de un porcentaje de matches idénticos de un 92,12%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón y 0 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteína no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se ha hallado un elemento SECIS mediante el programa SECISearch3, de grado B en sentido positivo.
Los homólogos de esta proteína normalmente hacen referencia a las prostamidas/prostaglandinas F sintasas en muchas especies, las cuales catalizan la reducción de la prostaglandina-etanolamida H2 (prostamida H2) a prostaglandina F2α.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelU3 de Homo sapiens, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 3 posibles Scaffolds, KV389571.1, KV389628.1 y KV389446.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389571.1, que comprende desde la posición 4700514 hasta la 4700597 con un E-value de 4e-07, además de un porcentaje de matches idénticos de un 89,29%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 5 exones y 4 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 934, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra algo conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.
Se trata de una proteína globular que se ha visto expresada en los túbulos seminíferos de los testículos y en algunas células caliciformes de la mucosa gastrointestinal. Podría estar implicada en procesos redox. Además, esta proteína contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelV de Homo sapiens, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 6 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389732.1, que comprende desde la posición 2093714 hasta la 2094127 con un E-value de 8e-26, además de un porcentaje de matches idénticos de un 70,71%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 5 exones y 4 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 798, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra algo conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteína no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se ha hallado un elemento SECIS mediante el programa SECISearch3, de grado A en sentido positivo.
Esta proteína se encuentra altamente expresada en el músculo esquelético y cardíaco, en el bazo y en el cerebro. Varios estudios sugieren que podría actuar como antioxidante, en la respuesta al estrés, en la inmunidad celular, como diana específica del metilmercurio y como tiorredoxina. Además, esta proteína contiene el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se considera una selenoproteína.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelW de
Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 7 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389451.1, que comprende desde la posición 3101134 hasta la 3101346 con un E-value de 1e-24, además de un porcentaje de matches idénticos de un 90,14%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón y 0 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian y el SECISearch3 se ha encontrado una selenoproteína descrita para esta especie y para esta región en concreto, de grado A y en sentido negativo. Además, el Seblastian nos dice que el elemento SECIS se encuentra a una distancia de 262 nucleótidos del codón de inicio de la traducción. Por otro lado, el SECISearch3 también ha encontrado otra selenoproteína, de grado B y sentido positivo.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SelW de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator imitator y se han obtenido 7 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389477.1, que comprende desde la posición 8671488 hasta la 8671664 con un E-value de 3e-23, además de un porcentaje de matches idénticos de un 84,75%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se ha predicho 1 exón y 0 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian no se ha encontrado ninguna proteína para esta región en concreto, por lo que esta selenoproteína no debe de estar anotada para esta especie. Sin embargo, sí que se ha hallado un elemento SECIS mediante el programa SECISearch3, de grado A en sentido negativo.
Es una familia de oxidorreductasas que catalizan la reducción dependiente de NADH de la proteína redox tiorredoxina, así como de otros compuestos endógenos y exógenos. También tienen un papel clave en la protección frente al daño oxidativo, el crecimiento y la transformación celular, y el reciclaje del ascorbato proveniente de su forma oxidada. Además, estas proteínas contienen el aminoácido selenocisteína (Sec), por lo que se consideran selenoproteínas.
Tiorredoxina reductasa 1 (TXNRD1)
Esta proteína reduce las tiorredoxinas a otros sustratos y está implicada en el metabolismo del selenio y en la protección frente al estrés oxidativo. Se cree que para que sea funcional, forma homodímeros y utiliza el FAD (dinucleótido de flavina y adenina) como cofactor. Cada subunidad contiene un residuo de selenocisteína, necesario para su actividad catalítica.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína TXNRD1 de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 4 posibles Scaffolds: KV389434.1, KV389994.1, KV389887.1 y KV389431.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389434.1, que comprende desde la posición 1383459 hasta la 1383695 con un E-value de 2e-38, además de un porcentaje de matches idénticos de un 96,20%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 14 exones y 13 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 999, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian y el SECISearch3 se ha encontrado una selenoproteína descrita para esta especie y para esta región en concreto, de grado A y en sentido positiva. Además, el Seblastian nos dice que el elemento SECIS se encuentra a una distancia de 222 nucleótidos del codón de inicio de la traducción.
Tiorredoxina reductasa 2 (TXNRD2)
Flavoproteína que contiene el aminoácido selenocisteína, por lo que se considera una selenoproteína, que reduce las tiorredoxinas, por lo que está implicada en la regulación del ambiente redox celular. Se encuentra en la mitocondria, donde juega un papel importante la eliminación de las especies de oxígeno reactivo.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína TXNRD2 de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 4 posibles Scaffolds: KV389887.1, KV389434.1, KV389994.1 y KV389431.1. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389887.1, que comprende desde la posición 439251 hasta la 439460 con un E-value de 3e-28, además de un porcentaje de matches idénticos de un 87,14%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 14 exones y 13 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 999, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian y el SECISearch3 se ha encontrado una selenoproteína descrita para esta especie y para esta región en concreto, de grado A y en sentido positivo. Además, el Seblastian nos dice que el elemento SECIS se encuentra a una distancia de 1436 nucleótidos del codón de inicio de la traducción. Por otro lado, el SECISearch3 también ha encontrado otra selenoproteína, de grado C y sentido positivo.
Tiorredoxina reductasa 3 (TXNRD3)
Esta proteína cataliza la reducción de la tiorredoxina y está implicada en la defensa frente al estrés oxidativo. Contiene un residuo de selenocisteína, esencial para su actividad catalítica, por lo que se considera una selenoproteína. Promueve la formación de puentes disulfuro entre GPx4 y varias proteínas del esperma. Podría ser que tuviera un papel en la maduración del esperma promoviendo la formación de componentes estructurales del esperma.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína TXNRD3 de Homo sapiens, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se han obtenido 6 posibles Scaffolds. De estos Scaffolds, se ha seleccionado el que presenta un e-value menor, en este caso KV389994.1, que comprende desde la posición 542455 hasta la 542700 con un E-value de 9e-37, además de un porcentaje de matches idénticos de un 91,46%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 17 exones y 16 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 1000, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Mediante el Seblastian y el SECISearch3 se ha encontrado una selenoproteína descrita para esta especie y para esta región en concreto, de grado A y en sentido positivo. Además, el Seblastian nos dice que el elemento SECIS se encuentra a una distancia de 215 nucleótidos del codón de inicio de la traducción.
Localizada tanto en el citoplasma como en el núcleo, siendo más abundante en este último compartimento, presenta dos dominios de reconocimiento del RNA. Está implicada en las primeras etapas de la biosíntesis de las selenocisteínas y del cambio del tRNA, y en las últimas etapas de la incorporación cotranslacional de las selenocisteínas en las selenoproteínas. Posiblemente también participe en la metilación del tRNA.
A partir de la secuencia de aminoácidos de esta proteína SECp43 de Callithrix jacchus, se ha realizado el BLAST contra el genoma de Cebus capucinus imitator y se ha obtenido un único Scaffold, KV389513.1, que comprende desde la posición 6368282 hasta la 6368446 con un E-value de 2e-14, además de un porcentaje de matches idénticos de un 65,52%.
Tanto con el Exonerate como con el Genewise se han predicho 4 exones y 3 intrones. Con el T-Coffee se puede apreciar un muy buen alineamiento a simple vista entre la secuencia introducida con la predicha, con una SCORE de 953, por lo que se puede deducir que esta proteína se encuentra bastante conservada en esta especie.
Sin embargo, ni el Seblastian ni el SECISearch3 han podido encontrar ninguna selenoproteína para esta región en concreto, lo que significa que esta proteína no ha sido anotada aún para esta especie.