El objetivo de este trabajo ha sido predecir y anotar todas las selenoproteínas en el genoma de Cebus capucinus imitator a partir de una aproximación computacional. La base de esta aproximación recae en el alto grado de homología entre las diferentes famílias de selenoproteínas de especies próximas al Cebus capucinus imitator. Así pues, a partir de las selenoproteínas anotadas en especies cercanas se pueden identificar selenoproteínas en organismos para los cuales aún no han sido anotadas.
En nuestro caso, hemos complementado el análisis con un elemento de predicción SECIS usando como referencia a las selenoproteínas anotadas en Homo Sapiens y en Callitrix jacchus. Esto es porque ambas especies se encuentran cercanas evolutivamente a Cebus capucinus imitator. La especie más cercana cuya anotación está realizada es Callitrix jacchus, sin embargo, hemos usado también las proteínas humanas ya que éstas se encuentran mejor anotadas.
Hemos partido del análisis de 65 selenoproteínas de Callitrix jacchus y 38 humanas para poder hallar las selenoproteínas en Cebus capucinus imitator. Se han encontrado diversas predicciones de selenoproteínas aunque hay ciertos Scaffolds de los que no se puede concluir claramente si se trata de una selenoproteína.
Aún así, generalmente podemos concluir que Cebus capucinus imitator tiene las siguientes candidatas a selenoproteínas:
Sel15, GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, GPx6 (y otras isoenzimas de la família de las GPx), DI1, DI2, DI3, SEPHS, SelenoH, SelenoI, SelenoK (y otras isoenzimas de la família de las SelenoK), SelenoM, SelenoO, SelenoP, MSRB1, SelsS, SelT, SelV, SelenoW, TXNRD1, TXNRD2 y TXNRD3.
Y los siguientes homólogos en cisteína o proteínas de la maquinaria:
eEFsec, GPx5, GPx7, GPx8, MsrA, PSTK2, SBP2, SecS, MSRB2, MSRB3, SELENOU1, SELENOU3 y SECp43.
Se puede observar la clasificación de estas proteínas en el apartado de resultados y su posterior análisis en el apartado de discusión.
Respecto los elementos SECIS, tal y como nos esperábamos, se han hallado en aquellas secuencias correspondientes a selenoproteínas. Sin embargo, hemos de mencionar que no hemos hallado elementos SECIS correspondientes a la mayoría de las proteínas pertenecientes a la família de la selenoproteína K. Podría ser que Cebus capucinus imitator hubiese perdido el elemento SECIS, perdiendo la selenoproteína su función y pasando a ser un pseudogén que podría haberse generado por splicing alternativo al presentar, esta proteína, muchos codones STOP. También podría ser fruto a algún error nuestro a nivel experimental a la hora de hacer la búsqueda, en que no hemos hallado estos elementos SECIS a pesar de que se encontrasen en la secuencia, o por otro lado, puede ser que en algunos casos no hayamos tenido en cuenta una región del Scaffold lo suficientemente grande para que incluyera el elemento SECIS.
La realización de este proyecto aquí expuesto nos ha permitido tener una visión general del procedimiento para ejecutar la anotación de un genoma. Para ello hemos adquirido conocimientos relacionados con la programación en Perl, y del lenguaje HTML a la hora de realizar esta página web. Con todo ello se ha podido obtener una caracterización de las selenoproteínas de Cebus capucinus imitator, que hasta ahora no existía.