Conclusiones

En este proyecto, hemos hecho una búsqueda en el genoma de Vipera berus de las selenoproteínas, de las proteínas homólogas en cisteína y de la maquinaria necesaria para su síntesis. Hemos predecido de manera automática sus genes, utilizando de referencia las proteínas de Anolis carolinensis (especie de SelenoDB más cercana filogenéticamente a Vipera berus). Además, hemos predecido elementos SECIs en la región 3'-UTR de los genes de las selenoproteínas y de las homólogas en cisteína mediante el programa SeciSearch3.

Nuestros resultados sugieren que la Vipera berus contiene las siguientes proteínas:

- Selenoproteínas: DI1 (3 parálogos), DI2, GPx, GPx2, GPx3, SelP1, SelP2, TR3, Sel15, SelH, SelI, SelN, SelR1, SeleT, SelU1, SPS.

- Homólogas en cisteína: GPx4, GPx8, SelR2, SelR3, Sel0.

- Maquinaria: SPS1 (2 parálogos), eEFsec (2 parálogos), SBP2 (2 parálogos), SecS, PSTK, Secp43.

No hemos encontrado las siguientes proteínes: TR, SelK, SelM, SelS, SelU2, SelW.

Por último, queremos remarcar las principales limitaciones de nuestros resultados. El genoma de la Vipera berus está fragmentado en diferentes contigs, lo que dificulta la predicción de selenoproteínas y no se puede asegurar que los intrones y exones esten organizados correctamente en la predicción de los genes. Además, nuestras queries de referencia son las proteínas de Anolis carolinensis y este genoma podría contener errores de anotación. Nuestro proyecto se basa en la homología entre el genoma de Anolis carolinensis y Vipera berus, sin tener en cuenta que éste último puede contener otras selenoproteínes no presentes en el genoma de la especie de referencia.