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| Resumen | Introducción | Materiales y Métodos | Resultados | Discusión | Conclusiones | Referencias | Agradecimientos |
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Discusión SelenoproteínasDI1La proteína DI1 se encuentra entre las posiciones 420389 y 425977 del scaffold KN323949.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 65%, un valor e de 3x10-34 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha contiene 4 exones y 3 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 2. Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 427398 y 427461 de la cadena positiva. DI2La proteína DI2 se encuentra entre las posiciones 21508 y 33230 del scaffold KN327708.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 90%, un valor e de 10-112 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha contiene 2 exones y 1 intrón y hemos localizado un residuo Sec en el exón 2. Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Finalmente, hemos podido localizar un elemento SECIS de grado A en las posiciones 38338 y 38410 de la cadena positiva. DI3La proteína DI3 se encuentra entre las posiciones 37015 y 102707 del scaffold KN334575. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 60%, un valor e de No hemos podido predecir completamente la proteína porqué, tal y como podemos observar, empieza por leucina en lugar de metionina. Sin embargo, la proteína predicha contiene 6 exones y 5 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 6. Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 102782 y 102861 de la cadena positiva. GPx1La proteína GPx1 se encuentra entre las posiciones 24515 y 30340 del scaffold KN325303.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 62%, un valor e de No hemos podido predecir completamente la proteína porqué, tal y como podemos observar, empieza por alanina en lugar de metionina. Sin embargo, la proteína predicha contiene 2 exones y 1 intrón y hemos localizado un residuo Sec en el exón 1. Este residuo se ha conservado en humano y gavial pero no hay datos de esta selenoproteína para el pollo. Asumiendo que esta proteína o el residuo de selenocisteína se ha perdido durante la evolución, es posible que el ancestro común del pollo y gavial tuviera la selenoproteína pero sólo se ha conservado en gavial y no en pollo. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 24285 y 24352 de la cadena negativa. GPx2La proteína GPx2 se encuentra entre las posiciones 34981 y 37 356 del scaffold KN332733.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 72%, un valor e de La proteína predicha contiene 2 exones y 1 intrón y hemos localizado un residuo Sec en el exón 1. Este residuo se ha conservado en humano y gavial pero no hay datos de esta selenoproteína para el pollo. Asumiendo que esta GPx2 o el residuo de selenocisteína de esta proteína se ha perdido durante la evolución, es posible que el ancestro común del pollo y gavial tuviera la selenoproteína pero sólo se ha conservado en gavial y no en pollo. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 37484 y 37551 de la cadena positiva. GPx3La proteína GPx3 se encuentra entre las posiciones 11948 y 38921 del scaffold KN325192.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 53%, un valor e de La proteína predicha contiene 5 exones y 4 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 2. Este residuo se ha conservado en pollo, humano y gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A en las posiciones 39910 y 39981 de la cadena positiva. Sel15La proteína Sel15 se encuentra entre las posiciones 83143 y 130918 del scaffold KN331551.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 82%, un valor e de No hemos sido capaces de predecir la proteína completa porqué observamos que el alineamiento en T-coffee no es completo y no comienza por metionina. Posiblemente se deba a que el scaffold dónde se encuentra la proteína termina antes de poder obtener la proteína completa. Sin embargo, la proteína predicha contiene 4 exones y 3 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 2. Este residuo se ha conservado en humano, pollo y gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 82467 y 82514 de la cadena negativa. SelHLa proteína SelH se encuentra entre las posiciones 17064 y 18112 del scaffold KN331620.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 63%, un valor e de La proteína predicha contiene 4 exones y 3 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 3. Este residuo se ha conservado en humano y gavial pero en pollo la selenocisteína se ha sustituido por una cisteína. Es posible que el ancestro común de entre el pollo y el gavial tuviera este residuo de selenocisteína pero se ha perdido en el pollo. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A en las posiciones 15872 y 15951 de la cadena negativa. SelILa proteína SelI se encuentra entre las posiciones 5267 y 17947 del scaffold KN340711.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 64%, un valor e de 2x10-37 y lo encontramos en la cadena positiva. No hemos podido predecir completamente la proteína porqué el alineamiento en T-coffee no es completo y no comienza por metionina. Probablemente se deba a que el scaffold comienza después del inicio de la proteína de modo que ésta queda recortada y no podemos predecir el principio. Sin embargo, la proteína predicha contiene 7 exones y 6 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 7. Este residuo se ha conservado en humano, pollo y gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 19240 y 19316 en la cadena positiva. SelKLa proteína SelK se encuentra entre las posiciones 2714 y 5998 del scaffold KN339408.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 80%, un valor e de 4x10-6 y lo encontramos en la cadena negativa. La proteína predicha contiene 4 exones y 3 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 4. Este residuo se ha conservado en humanos, pollo y gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 1088 y 1166 de la cadena negativa. SelMLa proteína SelM se encuentra entre las posiciones 208 y 5648 del scaffold KN331620.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 73%, un valor e de 4x10-13 y lo encontramos en la cadena positiva. Como hemos podido observar no hemos podido predecir la proteína completa porqué el alineamiento del T-coffee no es completo y la proteína predicha no comienza por metionina. Sin embargo, la proteína predicha contiene 5 exones y 4 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 2. Este residuo se ha conservado en humano y gavial pero no hay datos para dicha selenoproteína en el genoma de pollo en SelenoDB y no la hemos podido encontrar en UniProt. Asumiendo que la proteína se ha perdido durante la evolución en el pollo es posible que el ancestro común para éste y el gavial fuese poseedor de SelM pero sólo se haya conservado en el cocodrilo. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 6376 y 6449 de la cadena positiva. SelNLa proteína SelN se encuentra entre las posiciones 93464 y 108939 del scaffold KN340252.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 86%, un valor e de 7x10-33 y lo encontramos en la cadena negativa. A pesar de que no hemos podido predecir completamente la proteína, ésta no comienza con un residuo metionina, lo que sí que hemos podido predecir es que contiene 12 exones y 11 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 1 y otro en exón 9. El residuo del exón 9 está conservado en el pollo, el humano y el gavial, mientras que el residuo del exón 1 sólo se encuentra en gavial y humano. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 39807 y 39877 de la cadena negativa. SelOLa proteína SelO se encuentra entre las posiciones 189095 y 198355 del scaffold KN323317.1.El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 62%, un valor y de 1x10-28 y lo encontramos en la cadena negativa. A pesar de que no hemos podido predecir completamente la proteína, ésta no comienza con un residuo metionina, lo que si que hemos podido predecir es que contiene 8 exones y 7 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 8. Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado B entre las posiciones 73885 y 73931 de la cadena negativa. SelPLa proteína SelP se encuentra entre las posiciones 30419 y 37131 del scaffold KN331503.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con G. gallus, tiene una identidad de 80%, un valor y de 2x10-28 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha contiene 4 exones y 3 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 1. Este residuo se ha conservado en el pollo y el gavial. El humano, además de éste, presenta entre 1 y 9 residuos Sec más repartidos por la proteína (según la isoforma), siendo muy posible que hayan aparecido después de la separación de los mamíferos de la rama de los reptiles. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 37898 y 37973 de la cadena positiva. SelR1La proteína SelR1 se encuentra entre las posiciones 9859 y 54028 del scaffold KN328135.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 62%, un valor y de 2x10-41 y lo encontramos en la cadena negativa. A pesar de que no hemos podido predecir completamente la proteína, ésta no comienza con un residuo metionina, lo que si que hemos podido predecir es que contiene 8 exones y 7 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 3. Puede ser también posible que esta proteína utilice el codón de la Valina como codón de inicio (V en G.gangeticus está alineado con M en G.gallus 1 y 2). Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado B entre las 48563 y 48635 de la cadena negativa. SelSLa proteína SelS se encuentra entre las posiciones 174094 y 180838 del scaffold KN343631.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 53%, un valor y de 1x10-7 y lo encontramos en la cadena negativa. A pesar de que no hemos podido predecir completamente la proteína, ésta no comienza con un residuo metionina, lo que sí que hemos podido predecir es que contiene 6 exones y 5 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 6. Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A en las posiciones 45391 y 45479 de la cadena negativa. SelTLa proteína SelT se encuentra entre las posiciones 25580 y 33162 del scaffold KN332697.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 87%, un valor y de 8x10-21 y lo encontramos en la cadena positiva. A pesar de que no hemos podido predecir completamente la proteína, ésta no comienza con un residuo metionina, lo que si que hemos podido predecir es que contiene 5 exones y 4 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 2. Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 37946 y 38027 de la cadena positiva. SelU1La proteína SelU1 se encuentra entre las posiciones 84072 y 92083 del scaffold KN328551.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 75%, un valor y de 9x10-20 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha contiene 5 exones y 4 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 2. Este residuo se ha conservado en el pollo y el gavial, pero no en el humano, siendo muy posible que hayan desaparecido después de la separación de los mamíferos de la rama de los reptiles. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 58215 y 58282 de la cadena positiva. SPS2La proteína SPS2 se encuentra entre las posiciones 4433 y 26094 del scaffold KN325147.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 85%, un valor y 2x10-31 y lo encontramos en la cadena positiva. A pesar de que no hemos podido predecir completamente la proteína, ésta no comienza con un residuo metionina, lo que si que hemos podido predecir es que contiene 9 exones y 8 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 2. Este residuo se ha conservado en el humano y el gavial, pero no en pollo. Es muy posible que el último antepasado común entre el gallo y el gavial tuviera el residuo Sec. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 26555 y 26632 de la cadena positiva. TR1La proteína TR1 se encuentra entre las posiciones 102597 y 152094 del scaffold KN333725.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido a partir de la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 70%, un valor e de 2x10-17 y lo encontramos en la cadena negativa. No hemos podido predecir la proteína completa, tal como podemos ver en el alineamiento de T-coffee, ya que el comienzo del alineamiento es corto para la proteína predicha. Esto se debe a que el scaffold en el que se encuentra la proteína no es lo suficientemente largo para contener toda la proteína. Es decir, como se encuentra en la cadena negativa y el scaffold es corto, el fragmento de genoma en el que trabajamos se termina antes de que la proteína. Sin embargo, la proteína predicha contiene 18 exones y 17 intrones y hemos localizado un residuo Sec alineado con el residuo Sec de humano en el exón 18 y un residuo Sec no alineado con uno humano en el exón 2. La selenocisteína del exón 18 se mantiene en humano y gavial pero no tenemos datos para TR1 en pollo. Suponiendo que la proteína se ha perdido en el pollo durante la evolución puede que el ancestro común entre pollo y gavial tuviera esta proteína pero sólo se conservara en gavial. Finalmente, hemos podido localizar un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 99394 y 99468 de la cadena negativa. TR2La proteína TR2 se encuentra entre las posiciones 4231 y 54706 del scaffold KN346354.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 63%, un valor y de 2x10-23 y lo encontramos en la cadena positiva. A pesar de que no hemos podido predecir completamente la proteína, ésta no comienza con un residuo metionina, lo que si que hemos podido predecir es que contiene 14 exones y 13 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 14. Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 3903 y 3978 de la cadena negativa. TR3La proteína TR3 se encuentra entre las posiciones 57360 y 89451 del scaffold KN347796.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad de 67%, un valor y de 2x10-54 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha contiene 16 exones y 15 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 16. Este residuo se ha conservado en el pollo, el humano y el gavial. Por último, hemos localizado un elemento SECIS de grado A entre las posiciones 82314 y 82388 de la cadena positiva. 
Discusión MaquinariaeEFSecLa proteína eEFsec se encuentra entre las posiciones 1657 y 50943 del scaffold KN328583.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad del 89%, un valor e de 10-127 y lo encontramos en la cadena positiva. No hemos podido predecir completamente la proteína porqué, como podemos observar empieza por serina en lugar de metionina. La proteína predicha contiene 4 exones y 3 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la eEFsec, al igual que en el pollo, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. EIF4A3La proteína EIF4A3 se encuentra entre las posiciones 9377 y 23227 del scaffold KN353580.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 97%, un valor e de 10-36 y lo encontramos en la cadena positiva. No hemos podido predecir completamente la proteína porqué, como podemos observar empieza por serina en lugar de metionina. La proteína predicha contiene 12 exones y 11 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la EIF4A3, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. MsrALa proteína MsrA se encuentra entre las posiciones 43319 y 75367 del scaffold KN339230.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad del 87%, un valor e de 2x10-27 y lo encontramos en la cadena negativa. No hemos podido predecir completamente la proteína porqué, como podemos observar empieza por lisina en lugar de metionina. La proteína predicha contiene 2 exones y 1 intrón y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la MsrA, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. PSTKLa proteína PTSK se encuentra entre las posiciones 25987 y 30084 del scaffold KN326215.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad del 57%, un valor e de 6x10-16 y lo encontramos en la cadena positiva. No hemos podido predecir completamente La proteína porqué, como podemos observar empieza por serina en lugar de metionina. La proteína predicha contiene 8 exones y 7 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la PTSK, al igual que en el pollo, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. RPL30La proteína RPL30 se encuentra entre las posiciones 9571 y 10617 del scaffold KN359763.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 100%, un valor e de 3x10-23 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha contiene 2 exones y 1 intrón, no hemos localitzado nungún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la RPL30, al igual que en el pollo y humano, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. SARS2La proteína SARS2 se encuentra entre las posiciones 3729 y 18387 del scaffold KN325240.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 87%, un valor e de 7x10-11 y lo encontramos en la cadena positiva. No hemos podido predecir completamente La proteína porqué, como podemos observar empieza por cisteína en lugar de metionina. La proteína predicha contiene 18 exones y 17 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la SARS2, al igual que en el pollo, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. SBP2La proteína SBP2 se encuentra entre las posiciones 2 y 24332 del scaffold KN340409.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad del 67%, un valor e de 2x10-76 y lo encontramos en la cadena positiva. No hemos podido predecir completamente La proteína porqué, como podemos observar empieza por treonina en lugar de metionina. La proteína predicha contiene 16 exones y 15 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la SBP2, al igual que en el pollo, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. SECp43La proteína SECp43 se encuentra entre las posiciones 9110 y 85237 del scaffold KN351604.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 73%, un valor e de 2x10-9 y lo encontramos en la cadena positiva. No hemos podido predecir completamente La proteína porqué, como podemos observar empieza por leucina en lugar de metionina. La proteína predicha contiene 13 exones y 12 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la SECp43, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. SecSLa proteína SecS se encuentra entre las posiciones 10684 y 59440 del scaffold KN341850.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad del 98%, un valor e de 2x10-42 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha contiene 11 exones y 10 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la SecS, al igual que en el pollo, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. SEPSECSLa proteína SEPSECS se encuentra entre las posiciones 10486 y 59440 del scaffold KN341850.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 94%, un valor e de 6x10-41 y lo encontramos en la cadena negativa. La proteína predicha contiene 11 exones y 10 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la SEPSECS, al igual que en el pollo, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas. SPS1La proteína SPS1 se encuentra entre las posiciones 172655 y 201393 del scaffold KN331553.1. El hit dado por tblastn ha sido obtenido con la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad del 98%, un valor e de 5x10-38 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha contiene 7 exones y 6 intrones y no hemos localizado ningún residuo Sec. Tampoco observamos ningún elemento SECIS. Con estos resultados podemos concluir que la SPS1, al igual que en el pollo, no es una selenoproteína y forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoproteínas.
Discusión Homólogos en CysCELF1La proteína CELF1 se encuentra entre las posiciones 67322 y 148262 del scaffold KN326986.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 78%, un valor e de La proteína predicha tiene 7 intrones y 8 exones sin residuos Sec en su secuencia. A pesar de que la proteína empieza por metionina, no la hemos podido predecir completamente ya que observamos que el alineamiento en el T-coffee es corto y presenta gaps al final. Finalmente, encontramos un elemento SECIS de grado B entre las posiciones 81401 y 81469. ELAVL1La proteína ELAVL1 se encuentra entre las posiciones 2324 y 100675 del scaffold KN326208.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 100%, un valor e de 2x10-66 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha tiene 4 intrones y 5 exones sin residuos Sec en su secuencia. Empieza con metionina, pero en el alineamiento con T-coffee, se observa que la secuencia query presenta gaps tanto en el inicio como en el final. Por lo tanto, el alineamiento no es completo. Finalmente, encontramos un elemento SECIS de grado B entre las posiciones 81923 y 82006. G6PDLa proteína G6PD se encuentra entre las posiciones 29 y 3675 del scaffold KN354991.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 83%, un valor e de 6x10-56 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha tiene 8 intrones y 9 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Aún así, no hemos sido capaces de predecir la proteína completa ya que el alineamiento con T-coffee no es completo, y la proteína tampoco empieza por metionina. Posiblemente se deba a que el scaffold dónde se encuentra la proteína termina antes de poder obtener la proteína completa. Finalmente, no se ha encontrado ningún elemento SECIS en la región 3’-UTR. GPx4La proteína GPx4 se encuentra entre las posiciones 167048 y 178702 del scaffold KN350882.1. El hit dado por el tblastn ha sido obtenido con la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad de 72%, un valor e de 4x10-18 y lo encontramos en la cadena negativa. No hemos podido predecir la proteína completamente ya que observamos que empieza por arginina en lugar de metionina. Sin embargo, la proteína predicha contiene 7 exones y 6 intrones y hemos localizado un residuo Sec en el exón 3. Este residuo se ha conservado en humano y gavial pero no hay datos de esta selenoproteína en el pollo. Asumiendo que esta GPx4 o el residuo de selenocisteína de esta proteína se ha perdido durante la evolución, es posible que el ancestro común del pollo y gavial la tuviera pero sólo se ha conservado en gavial y no en pollo. Por último, no hemos podido localizar un elemento SECIS para esta proteína. En consecuencia no podemos considerar que sea una selenoproteína. Por ende, la incluimos como homólogo de cisteína ya que sin elemento SECIS no se puede integrar la selenocisteína a la proteína durante la traducción. Aún así, es posible que el problema esté en que el programa Seblastian no consiga encontrar dicha estructura. GPx7La proteína GPx7 se encuentra entre las posiciones 4518 y 8341 del scaffold KN343115.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad del 87%, un valor de e de 1x10-41 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha tiene 2 intrones y 3 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Aún así, no hemos sido capaces de predecir la proteína completa ya que el alineamiento con T-coffee no es completo, y la proteína tampoco empieza por metionina. Posiblemente se deba a que el scaffold dónde se encuentra la proteína termina antes de poder obtener la proteína completa. Finalmente, no se ha encontrado ningún elemento SECIS en la región 3’-UTR. GPx8La proteína GPx8 se encuentra entre las posiciones 105789 y 108921 del scaffold KN325713.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Gallus gallus, tiene una identidad del 90%, un valor e de 4x10-48 y lo encontramos en la cadena positiva. La proteína predicha tiene 2 intrones y 3 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Esta empieza por metionina y está bien alineada con el T-coffee. Por lo tanto, consideramos que la tenemos toda. Finalmente, encontramos un elemento SECIS de grado B entre las posiciones 67963 y 68029. SCLYLa proteína SCLY se encuentra entre las posiciones 55102 y 71706 del scaffold KN338129.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 60%, un valor e de La proteína predicha tiene 11 intrones y 12 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Aún así, no hemos sido capaces de predecir la proteína completa ya que el alineamiento con T-coffee no es completo, y la proteína tampoco empieza por metionina. Posiblemente se deba a que el scaffold dónde se encuentra la proteína termina antes de poder obtener la proteína completa. Finalmente, encontramos un elemento SECIS de grado B entre las posiciones 28530 y 28605. SelR2La proteína SelR2 se encuentra entre las posiciones 27975 y 56239 del scaffold KN335858.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 67%, un valor e de La proteína predicha tiene 8 intrones y 9 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Aún así, no hemos sido capaces de predecir la proteína completa ya que el alineamiento con T-coffee no es completo, y la proteína tampoco empieza por metionina. Posiblemente se deba a que el scaffold dónde se encuentra la proteína termina antes de poder obtener la proteína completa. Finalmente, no se ha encontrado ningún elemento SECIS en la región 3’-UTR. SelR3La proteína SelR3 se encuentra entre las posiciones 18890 y 54034 del scaffold KN328135.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 58%, un valor e de La proteína predicha tiene 3 intrones y 4 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Esta no empieza por metionina y en el alineamiento con T-coffee observamos la presencia de gaps en la query respecto a la predicha. Finalmente, encontramos un elemento SECIS de grado B entre las posiciones 51581 y 51653. SelU2La proteína SelU2 se encuentra entre las posiciones 15913 y 20632 del scaffold KN342762.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 73%, un valor e de La proteína predicha tiene 5 intrones y 6 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Esta no empieza por metionina debido a que la predicción de la proteína tiene un nucleótido extra. Si eliminásemos la primera alanina de la secuencia predicha, el alineamiento con T-coffee nos dejaría las metioninas alineadas y, habría presencia de un gap en otra posición. Finalmente, no se ha encontrado ningún elemento SECIS en la región 3’-UTR. SelU3La proteína SelU3 se encuentra entre las posiciones 177079 y 233872 del scaffold KN328749.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 52%, un valor e de La proteína predicha tiene 8 intrones y 9 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Aún así, como la proteína predicha no empieza por metionina, no la hemos podido predecir toda. Finalmente, no se ha encontrado ningún elemento SECIS en la región 3’-UTR. TTPALa proteína TTPA se encuentra entre las posiciones 193583 y 200940 del scaffold KN350030.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 46%, un valor e de La proteína predicha tiene 4 intrones y 5 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Aún así, como la proteína predicha no empieza por metionina, no la hemos podido predecir toda. Finalmente, no se ha encontrado ningún elemento SECIS en la región 3’-UTR. XPO1La proteína XPO1 se encuentra entre las posiciones 72686 y 123403 del scaffold KN325182.1. El hit dado por tblastn se obtiene mediante la comparación con Homo sapiens, tiene una identidad del 67%, un valor e de La proteína predicha tiene 23 intrones y 24 exones sin residuos de Sec en su secuencia. Esta empieza por metionina y está bien alineada con el T-coffee. Por lo tanto, consideramos que la tenemos toda. Finalmente, no se ha encontrado ningún elemento SECIS en la región 3’-UTR.
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