Conclusiones

El objetivo de este trabajo ha sido la predicción y anotación de todas las selenoproteínas existentes en el genoma de Gavialis gangeticus a partir de una aproximación computacional. Nuestros resultados se basan en la homología obtenida de la comparación de selenoproteínas anteriormente descritas en los genomas de especies próximas al gavial. Junto a esto, se han predicho los elementos SECIS, lo que ha permitido delimitar la busqueda de éstas selenoproteínas.

Se ha analizado un total de 22 selenoproteínas en el genoma de Gavialis gangeticus con su correspondiente elemento SECIS. Se han anotado 11 proteínas que forman parte de la maquinaria de síntesis y finalmente, se han determinao 13 proteínas homólogas en cisteína. Se puede ver la clasificación en el apartado de discusión.

Gallus gallus es la especie más próxima al gavial que tiene anotación de selenoproteínas. Se ha podido comprobar que la mayoría de selenoproteínas encontradas en el pollo están conservadas en gavial, excepto algunas excepciones. Las selenoproteínas GPx1, GPx2, SelM, SelO y SPS2 se han encontrado en gavial mientras en pollo no contienen el residuo Sec, en este caso, fueron comparadas con proteínas homólogas de Homo sapiens ya que es la especie mejor descrita. Otras, DI3, GPx3, TR1, SelU1, SelO, SelH y Sel15, tambien fueron comparadas con humano porque la anotación en Gallus gallus no era completa.

Es importante remarcar que el trabajo se basa en la comparación entre proteínas de genomas próximos al genoma de gavial y nuestro genoma problema. Esto representa una limitación dado que posibles selenoproteínas del genoma problema no se pueden caracterizar si no existen en los genomas con los que se ha comparado. Ademas, como se ha comentado en los resultados, hay algunas proteínas en que no encontramos las regiones inicial o final, por lo que no se ha podido predecir el alineamiento completo. Este problema se puede solucionar mejorando el ensamblaje del genoma de Gavialis gangeticus proporcionado. Tambien se podría mejorar la predicción del gavial si tuviésemos una mejor anotación del genoma de pollo, donde hemos podido ver que hay proteínas incompletas.

Por otro lado, hemos visto que algunas proteínas truncadas empezaban el alineamiento en valina (GUG), y se conoce que este codón puede ser un codón de inicio alternativo mitocondrial, así, es posible que esta proteína no estuviese truncada y formase parte de las proteínas mitocondriales o tuviese un codón inicial alernativo.

Finalmente, a pesar de estas limitaciones, este trabajo permite una mejor caracterización de las selenoproteínas presentes en esta especie, que hasta el momento no existía. Representa pues un avance en el estudio de selenoproteínas ya que aporta nuevo conocimiento sobre especies que no habian sido descritas hasta el momento.