Conclusions

L’objectiu d’aquest treball ha estat la predicció i anotació de totes les selenoproteïnes existents al genoma de Gavialis gangeticus fent una aproximació computacional. Els nostres resultats s'han basat en la homologia obtinguda a partir de comparar selenoproteïnes ja descrites en espècies properes al gavial. Això, juntament amb predicció d'elements SECIS ha permès delimitar la cerca d'aquestes selenoproteïnes.

S’han caracteritzat un total de 22 selenoproteïnes al genoma de Gavialis gangeticus amb el seu corresponent element SECIS. S'han anotat 11 proteïnes que formen part de la maquinària de síntesi i finalment, s’han determinat 13 proteïnes homòlogues en cisteïna. Es pot veure la classificació de cada una en l'apartat discussió.

Gallus gallus és l'espècie més propera al gavial amb selenoproteïnes anotades. S’ha pogut comprovar que la majoria de selenoproteïnes trobades en pollastre estan conservades en gavial, tret d'algunes excepcions. Les selenoproteïnes GPx1, GPx2, SelM, SelO i SPS2 s’han pogut trobar en gavial, tot i que en pollastre no contenen residu Sec. En aquest cas han estat comparades amb proteïnes homòlogues d'Homo sapiens, ja que és l'espècie més ben descrita. Altres, DI3, GPx3, TR1, SelU1, SelO, SelH i Sel15, també han estat comparades amb humà perquè l'anotació en Gallus gallus no era completa.

És important però, remarcar que el treball realitzat es basa en la comparació entre proteïnes de genomes propers al gavial i el genoma problema. Això suposa una limitació ja que, possibles selenoproteïnes del nostre genoma problema no s'hauran pogut localitzar si no existeixen o no estan anotades en els genomes amb que s'ha comparat. A més, com ja s'ha comentat als resultats, hi ha algunes proteïnes en que faltaven regions inicials o finals de la seqüència, de manera que no s'ha pogut predir l'alineament complet. Aquest problema es pot solucionar millorant l'ensamblatge del genoma de Gavialis gangeticus proporcionat. També es podria millorar la predicció del gavial tenint una millor anotació del genoma de pollastre, on hem pogut veure que hi ha proteïnes incompletes.

D'altra banda, hem observat que algunes de les proteïnes truncades començaven l'alineament amb valina (GUG), i es coneix que aquest codó pot ser un codó d'inici alternatiu mitocondrial, per tant, podria ser que aquesta proteïna no fos truncada sinó que formés part de les proteïnes mitocondrials o tingués un codó d'inici alternatiu.

Finalment, tot i aquestes limitacions, aquest treball permet una millor caracterització de les selenoporteïnes presents en aquesta espècie, que fins al moment no existia. Representant així un avanç en l'estudi de selenoproteïnes, ja que aporta nou coneixement sobre espècies que encara no s'havien descrit.