SelU és una família de selenoproteïnes àmpliament distribuïda al llarg de tot el regne eucariota, ja sigui en forma de selenoproteïna, o bé en forma de proteïna homòloga amb cisteïna. Estudis d'expressió determinen que es troba a gairebé tots els teixits humans, indicant que té una funció bàsica per la supervivència de la cèl·lula, encara per determinar
SelU 1
Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.
A partir d'aquí el blast alinea ambdues querys amb dues regions, de les quals s'ha seleccionat l'scaffold gi|385726840|gb|JH655888.1|, amb un E-value de 1e-22 en l'alineament realitzat amb la query de Mus musculus, i de 1e-24 en l'alineament realitzat amb la query d'Homo sapiens. El t-coffee per altra banda, realitza un alineament amb un score de 99 en el cas de la query de Mus musculus, i de 100 amb la query d'Homo sapiens. Així es pot concloure la presència d'aquesta proteïna a la regió predita pel blast, a la cadena antisense (-), entre les posicions 55720 i 46863.
A més a més l'exonerate dóna com a resultat una proteïna amb quatre introns i cinc exons, amb ambdues querys.
Per altra banda, ni la query de Mus musculus ni la d'Homo sapiens presenten una selenocisteïna, i als alineaments aconseguits no hi ha cap de les cisteïnes presents a les querys que quedi alineada amb un codó de stop. Així es pot concloure que a Condylura cristata la selenoproteïna predita no ha conservat la selenocisteïna.
Per últim, tant SECISearch com Seblastian han predit l'existència de dos elements SECIs. El primer d'ells, de grau B, es troba a 49173 pb de l'extrem 3' de la proteïna. L'altre SECI, de grau C, es troba a 10316 pb de l'extrem 3' de la proteïna. S'ha seleccionat el de grau B per ser representat a l'esquema.
Així l'esquema de la proteïna predita seria:
SelU 2
Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.
A partir d'aquí el blast alinea ambdues querys amb una sol scaffold, el gi|385726834|gb|JH655894.1|, amb un E-value de 1e-20 en l'alineament realitzat amb la query de Mus musculus, i de 2e-20 amb la query d'Homo sapiens. El t-coffe per altra cantó dóna com a resultat alineaments amb un score de 99 en ambdós casos. Així es pot concloure que SelU 2 es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena sense (+), entre els nucleòtids 44561 i 52362.
L'exonerate prediu una proteïna de cinc introns i sis exons en l'anàlisi realitzat amb ambdues querys.
Per altra banda, ni la query de Mus musculus ni la d'Homo sapiens presenten una selenocisteïna, i als alineaments aconseguits no hi ha cap de les cisteïnes presents a les querys que quedi alineada amb un codó de stop. Així es pot concloure que a Condylura cristata la selenoproteïna predita no ha conservat la selenocisteïna.
A part, es pot dir que la proteïna no presenta cap element SECI, ja que cap dels dos programes utilitzats per identificar-los dóna lloc a resultats.
SelU 3
Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en tan sols els alineaments resultants de la query de ratolí, ja que al realitzar el blast amb la query d'humà no es van obtenir resultats.
Amb la query de Mus musculus el blast realitza l'alineament amb un sol scaffold, el gi|385726793|gb|JH655935.1|, amb un E-value de 1e-07, i un score al t-coffee de 99. Així la proteïna, segons els resultats obtinguts, es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena antisense (+), entre els nucleòtids 139818 i 49759.
Per altra banda, l'exonerate prediu una proteïna amb sis introns i set exons.
A més a més, ni la query de Mus musculus ni la d'Homo sapiens presenten una selenocisteïna, i als alineaments aconseguits no hi ha cap de les cisteïnes presents a les querys que quedi alineada amb un codó de stop. Així es pot concloure que a Condylura cristata la selenoproteïna predita no ha conservat la selenocisteïna.
A part, es pot dir que la proteïna no presenta cap element SECI, ja que cap dels dos programes utilitzats per identificar-los dóna lloc a resultats.
