La família GPx està formada per un grup de vuit enzims amb activitat peroxidasa i funció protectora contra el dany oxidatiu. La seva activitat bioquímica es basa en reduir els radicals lliures formats per lípids.

GPx 1

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.

Amb ambdues espècies el blast alinea la query amb vuit regions genòmiques, de les quals s'ha escollit el scaffold gi|385726847|gb|JH655881.1|, pel fet de presentar el menor E-value. Aquest és de 2e-62 en l'alineament realitzat amb la query de Mus musculus, i de 1e-66 amb la d'Homo sapiens. Els scores del t-coffee són de 99 i 98, en Mus musculus i Homo sapiens, respectivament. Així la proteïna, segons els resultats obtinguts, es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena sense (+), entre els nucleòtids 49999 i 50858

Al seu torn, l'exonerate prediu una proteïna amb un sol intró separant dues regions exòniques, en l'anàlisi realitzat amb les dues querys. A part, aquesta proteïna presenta un codó de stop (TGA) en la mateixa posició en que a les querys trobem una selenocisteïna (aminoàcid 47). D'aquesta manera es dedueix que la selenoproteïna es troba conservada tant en Mus musculus com en Homo sapiens, i al genoma de l'espècie que analitzem, Condylura cristata.

La predicció d'elements SECIs dóna lloc a un únic resultat, però en posicions diferents segons si l'anàlisi s'ha realitzat a partir de la query de Mus musculus o la d'Homo sapiens. Ara bé, el SECI predit amb la query de Mus musculus ha sigut descartat pel fet de trobar-se en posicions intermèdies a la proteïna, per tant, el SECI més probable és l'aconseguit a partir de la query d'Homo sapiens. Aquest, de grau A, es troba a 52 bp de l'extrem de la proteïna.

Així l'esquema de la proteïna predita seria:

GPx 2

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.

A partir de la query de Mus musculus el blast troba homologia de seqüència amb set regions genòmiques, mentre que amb la d'Homo sapiens tan sols amb sis. Així la regió no coincident ha sigut descartada com a possible zona on es troba la seqüència codificant, i a partir d'això, el scaffold seleccionat ha sigut el gi|385726838|gb|JH655890.1|, per presentar el menor E-value (de 1e-66 amb la query de Mus musculus, i de 1e-69 amb la d'Homo sapiens) i un score de 99 al t-coffee. Així la proteïna, segons els resultats obtinguts, es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena sense (+), entre els nucleòtids 47720 i 50473

Al seu torn, l'exonerate prediu una proteïna amb un sol intró separant dues regions exòniques, en l'anàlisi realitzat amb les dues querys. A part, aquesta proteïna presenta un codó de stop (TGA) en la mateixa posició en que a les querys trobem una selenocisteïna (aminoàcid 40). D'aquesta manera es dedueix que la selenoproteïna es troba conservada tant en Mus musculus com en Homo sapiens, i al genoma de l'espècie que analitzem, Condylura cristata.

La predicció d'elements SECIs dóna lloc a un únic resultat, en la mateixa posició en ambdues querys. Aquest, de grau A, es troba a 174 bp de l'extrem 3' de la proteïna.

Així l'esquema de la proteïna predita seria:

GPx 3

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.

Amb ambdues espècies el blast alinea la query amb set regions genòmiques, de les quals s'ha escollit el scaffold gi|385726789|gb|JH655939.1|, per ser l'únic amb un bon E-value (de 1e-16 en la query de Mus musculus, i de 1e-17 amb Homo sapiens) que no coincidia amb altres proteïnes. Els scores del t-coffee són de 99 i 98, en Mus musculus i Homo sapiens, respectivament. Així la proteïna, segons els resultats obtinguts, es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena sense (+), entre els nucleòtids 47650 i 148151.

Al seu torn, l'exonerate prediu una proteïna amb set introns i vuit exons quan s'introdueix la query de Mus musculus, però de tan sols sis introns i set exons quan s'introdueix la query d'Homo sapiens. Aquesta última predicció ha sigut la considerada vàlida pel fet de presentar un raw score major. A part, aquesta proteïna presenta un codó de stop (TGA) en la mateixa posició en que a la query (d'Homo sapiens) trobem una selenocisteïna (aminoàcid 74). D'aquesta manera es dedueix que la selenoproteïna es troba conservada tant en humà, i al genoma de l'espècie que analitzem, Condylura cristata.

La predicció d'elements SECIs dóna lloc a un únic resultat, però en una posició intermèdia a la seqüència, motiu pel qual no ha sigut representat a l'esquema. Tot i això, cal tenir en compte que GPx3 és una selenoproteïna, i com a tal ha de presentar a la seva seqüència algun element SECI perquè el codó stop no sigui reconegut com a tal, sinó com a codificant per selenocisteïna.

Així l'esquema de la proteïna predita seria:

GPx 4

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.

Amb ambdues espècies el blast alinea la query amb cinc regions genòmiques, de les quals s'ha escollit el scaffold gi|385726826|gb|JH655902.1|, per ser l'únic amb un bon E-value (de 1e-55 en la query de Mus musculus, i de 4e-58 amb Homo sapiens) que no coincidia amb altres proteïnes. Els scores del t-coffee són de 99 en ambdues querys analitzades. Així la proteïna, segons els resultats obtinguts, es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena antisense (-), entre els nucleòtids 52199 i 49652.

Al seu torn, l'exonerate prediu una proteïna amb sis introns i set exons quan s'introdueix la query d'Homo sapiens, però amb un intró i exó més quan s'introdueix la query de Mus musculus. La primera predicció ha sigut la considerada vàlida pel fet de presentar un raw score major. A part, aquesta proteïna presenta un codó de stop (TGA) en la mateixa posició en que a la query (d'Homo sapiens) trobem una selenocisteïna (aminoàcid 73). D'aquesta manera es dedueix que la selenoproteïna es troba conservada tant en ratolí com en humà, i al genoma de l'espècie que analitzem, Condylura cristata.

La predicció d'elements SECIs dóna lloc a un únic resultat, però en una posició intermèdia a la seqüència, motiu pel qual no ha sigut representat a l'esquema. Tot i això, cal tenir en compte que GPx4 és una selenoproteïna, i com a tal ha de presentar a la seva seqüència algun element SECI perquè el codó stop no sigui reconegut com a tal, sinó com a codificant per selenocisteïna.

Així l'esquema de la proteïna predita seria:

GPx 5

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.

Amb ambdues espècies el blast alinea la query amb set regions genòmiques, de les quals s'ha escollit el scaffold gi|385726838|gb|JH655890.1|, per ser l'únic amb un bon e-value (de 2e-22 en la query de ratolí, i de 3e-25 amb humà) que no coincidia amb altres proteïnes. Els scores del t-coffee són de 96 i 98, en ratolí i humà, respectivament. Així la proteïna, segons els resultats obtinguts, es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena sense (+), entre els nucleòtids 28663 i 50350.

Al seu torn, l'exonerate prediu una proteïna amb cinc introns i sis exons quan s'introdueix la query d'Homo sapiens, però de tan sols un intró i dos exons quan s'introdueix la query de Mus musculus. La primera predicció ha sigut la considerada vàlida pel fet de presentar un raw score major. Tot i això, a l'hora d'analitzar els alineaments, ambdues querys presentaven una cisteïna alineada amb un codó stop del genoma de Condylura cristata, a la posició 73. D'això es pot extreure la conclusió que GPx5 en l'espècie analitzada és una selenoproteïna amb la selenocisteïna conservada, mentre que tant en Mus musculus com en Homo sapiens aquest aminoàcid ha estat substituït per una cisteïna.

A partir d'aquí, per finalitzar l'anàlisi amb la busca d'elements SECIs, la query utilitzada ha sigut la d'Homo sapiens, on tan sols s'ha trobat un element SECI, a 183 bp en posició 3' del final de la seqüència proteica.

Així l'esquema de la proteïna predita seria:

GPx 6

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.

A partir de la query de ratolí el blast troba homologia de seqüència amb set regions genòmiques, mentre que amb la d'humà tan sols amb sis. Així la regió no coincident ha sigut descartada com a possible zona on es troba la seqüència codificant, i a partir d'això, el scaffold seleccionat ha sigut el gi|385726788|gb|JH655940.1|, per presentar el menor e-value (de 2e-28 amb la query de ratolí, i de 2e-33 amb la d'humà) i un score de 97 al t-coffee. Així la proteïna, segons els resultats obtinguts, es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena sense (+), entre els nucleòtids 47362 i 71309.

Al seu torn, l'exonerate prediu una proteïna amb cinc introns i sis exons amb ambdues querys. A l'hora d'analitzar els alineaments es pot veure com la query d'humà presenta una selenocisteïna alineada amb un codó codificant per cisteïna del genoma de Condylura cristata, en la posició 73. Per altra banda, la query de ratolí no presenta cap selenocisteïna, i en la posició 73 presenta una cisteïna. Per aquest motiu, les conclusions extretes són que GPx6 en humà és una selenoproteïna amb la selenocisteïna conservada, mentre que ratolí i Condylura cristata presenten selenoproteïnes homòlogues amb cisteïnes.

A partir d'aquí per finalitzar l'anàlisi amb la busca d'elements SECIs, ambdues querys han donat lloc a dos resultats, un dels quals descartat pel fet de trobar-se en posicions intermèdies de la seqüència proteica. L'altre, de grau A, es troba a 75903 bp de l'extrem 3' de la seqüència proteica.

Així l'esquema de la proteïna predita seria:

GPx 7

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens. La query de ratolí alinea amb tres regions genòmiques, i la d'humà amb quatre, de les quals s'ha escollit el scaffold gi|385726843|gb|JH655885.1| entre els nucleòtids 49999 i 51688 en ratolí; i entre els nucleòtids 47529 i 51712 en el cas d'humà, ambdós de la cadena sense (+). Els e values dels alineaments són 4e-55 en Mus musculus i 8e-53 en Homo sapiens. Els scores dels t-coffee són: 99 en ratolí i 100 en humà.

A més, l'exonerate ha predit un intró en Mus musculus i dos introns en Homo sapiens. Per altra banda, no s'ha trobat cap selenocisteïna en cap de les querys, ni cap cisteïna present a les querys queda alineada amb un codó stop. Així es pot concloure que a Condylura cristata la selenoproteïna predita no ha conservat la selenocisteïna.

La búsqueda d'elements SECIs no en prediu cap.

Així l'esquema de la proteïna predita seria:

GPx 8

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.

A partir de la query de Mus musculus el blast troba homologia de seqüència amb dues regions, mentre que amb la query d'Homo sapiens ho fa amb quatre. Les dues regions no coincidents han sigut descartades, i a partir d'aquí s'ha escollit el scaffold gi|385726844|gb|JH655884.1|, pel fet de presentar un e-value menor (de 3e-35 amb la query de Mus musculus, i de 9e-47 amb la d'Homo sapiens). Els scores del t-coffee són de 100 amb ambdues querys. Així la proteïna, segons els resultats obtinguts, es troba codificada en el genoma de Condylura cristata a la regió predita pel blast, a la cadena antisense (-), entre els nucleòtids 51044 i 46959.

A partir d'aquí l'anàlisi s'ha basat tan sols en els resultats obtinguts amb la query d'humà, ja que el raw score aconseguit en l'exonerate de la query de ratolí és molt reduït. Així la proteïna predita presenta dos introns i tres exons, sense cap selenocisteïna.

A partir d'aquí, la busca d'elements SECIs ha donat lloc a tres resultats, d'entre els quals s'ha escollit el de grau A, situat a 5068 bp a l'extrem 3' de la proteïna. La resta, però, no poden ser descartats com a funcionals, ja que també es troben en posició 3' en relació a la seqüència proteica, tot i que a molta distància.

Així l'esquema de la proteïna predita seria: