Pertany a la família de les proteïnes Msr, sent la única selenoproteïna de la família, ja que té un residu de selenocisteïna en comptes de Cys al seu lloc actiu. Es troba a molts teixits, i els nivells més alts d’aquesta es troben al fetge i ronyons. Es creu que el seu paper en humans és el de protecció davant la neurodegeneració, prolongant viabilitat de les cèl·lules de la lent i protegint del dany oxidatiu durant la vellesa.
SelR 1
Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.
A partir d'aquí, el blast alinea la query de Mus musculus amb un únic scaffold, el gi|385726819|gb|JH655909.1|, igual que el blast realitzat amb la query d'Homo sapiens, dada que indica la presència de SelR 1 en aquesta regió del genoma de Condylura cristata, a la cadena sense (+) entre les posicions 48777 i 51294. Els E-values dels alineaments són: en Mus musculus 6e-24 i en Homo sapiens 2e-26. Per altra banda, els scores dels t-coffee són en ambdós casos de 99.
A més a més, l'exonerate prediu una proteïna en aquesta regió amb tres introns i quatre exons, tant amb la query de Mus musculus com amb la d'Homo sapiens. A part, aquesta presenta un codó de stop (TGA) en la mateixa posició en que a les querys es troba una selenocisteïna (aminoàcid 95). D'aquesta manera es dedueix que la selenoproteïna es troba conservada tant en Mus musculus com en Homo sapiens, i al genoma de l'espècie analitzada, Condylura cristata.
La búsqueda d'elements SECIs s'ha realitzat a través dels programes SECISearch i Seblastian, i ambdós han predit un element SECI, 228 bp del final de la proteïna, en posició 3'.
Així l'esquema de la proteïna predita seria:
SelR 2
Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.
A partir d'aquí el blast alinea ambdues querys amb dues regions, de les quals s'han seleccionat el scaffold gi|385726821|gb|JH655907.1|, degut que el seu E-value és el més reduït (2e-19 a l'alineament de Mus musculus, 4e-21 a l'alineament d'Homo sapiens), i el seu t-coffee presenta un score de 100 amb la query de Mus musculus, i de 96 amb la query de Homo sapiens. D'aquesta manera es pot concloure la presència d'aquesta proteïna a la regió predita pel blast, a la cadena sense (+), entre les posicions 37202 i 51484.
Els resultats de l'exonerate prediuen, a partir de la query d'Homo sapiens, una proteïna en aquesta regió amb quatre introns i cinc exons. Per altra banda, amb la query de Mus musculus la proteïna predita presenta tres introns i quatre exons. La predicció seleccionada és l'aconseguida a partir de la query d'Homo sapiens, ja que presenta un raw score superior, i prediu una proteïna que s'inicia amb Met, a diferència de l'aconseguida amb la query d'Mus musculus, que comença per Leu.
Per altra banda, ni la query de Mus musculus ni la d'Homo sapiens presenten una selenocisteïna, i als alineaments aconseguits no hi ha cap de les cisteïnes presents a les querys que quedi alineada amb un codó de stop. Així es pot concloure que a Condylura cristata la selenoproteïna predita no ha conservat la selenocisteïna.
La predicció d'elements SECIs ha donat dos resultats, però cap dels dos pot ser considerat vàlid, ja que es troben en posicions intermèdies de la proteïna.
Així l'esquema de la proteïna predita seria:
SelR 3
Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata l'anàlisi s'ha basat en dues querys, provinents de Mus musculus i d'Homo sapiens.
A partir d'aquí el blast alinea ambdues querys amb dues regions, de les quals s'ha seleccionat el scaffold gi|385726847|gb|JH655881.1|, degut que el seu E-value és el més reduït (9e-21 a l'alineament de Mus musculus, 1e-24 a l'alineament d'Homo sapiens), i el seu t-coffee presenta amb ambdues querys un score de 99. D'aquesta manera es pot concloure la presència d'aquesta proteïna a la regió predita pel blast, a la cadena antisense (-), entre les posicions 149504 i 49999.
A més a més, l'exonerate ha predit una proteïna en aquesta regió amb cinc introns i sis exons, tant amb la query de Mus musculus com amb la d'Homo sapiens.
Per altra banda, ni la query de Mus musculus ni la d'Homo sapiens presenten una selenocisteïna, i als alineaments aconseguits no hi ha cap de les cisteïnes presents a les querys que quedi alineada amb un codó de stop. Així es pot concloure que a Condylura cristata la selenoproteïna predita no ha conservat la selenocisteïna.
La predicció d'elements SECIs ha donat un sol resultat a 1752 bp del final de la proteïna.
Així, l'esquema de la proteïna predita seria:
