Resultats i Discussió de C. fasciculata
| tBLASTn | Hits | Fastasubseq | Estructura exònica | cDNA | Proteïna | tCoffee | Selenoproteïna | SeCIS |
 |
1 | |
 |
|
|
|
Homòleg en cisteïna |  |
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |||||
| 2 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
| 3 | |
 |
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
| 4 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
El tBlastn de la query EhSEP2 d'Emiliania huxleyi amb la base de dades genòmica de C.fasciculata s'obtenen 4 hits estadísticament significatius (E-vaue < 1ยท10-4).
Hit 1
L'anàlisi d'aquest scaffold amb Exonerate troba dos possibles alineaments mentre que Genewise sols detecta el primer.
- El primer és un alineament revers que prediu un gen d'un sol exó en el qual la selenocisteïna s'alinea amb una cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo i fent un Blastp de la proteïna predita amb la base de dades proteica no redundant de NCBI es retornen proteïnes de la Família de la Tioredoxina-Disulfit Isomerases (TDI).
- El segon alineament prediu un gen d'un sol exó a la cadena reversa que també alinea la selenocisteïna amb una cisteïna. El Tcoffee obtingut és bastant bo ja que presenta una regió d'alta similitud, i el Blastp amb NCBI retorna altres proteïnes de la família de les TDI.
No s'ha trobat elements SeCIS en la recerca amb el programa SECISearch.
Els dos alineaments predits no se solapen entre ells, de manera que els dos gens predits molt probablement són homòlegs d'EhSEP2 amb cisteïna.
Hit 2
Exonerate prediu un alineament revers molt més llarg que Genewise. L'estructura del gen consisteix en 4 exons i 3 introns, i al segon exó s'hi observa el canvi de la selenocisteïna per una cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo i quan s'usa la proteïna obtinguda per fer el Blastp amb NCBI altres proteïnes de la família de les TDI són identificades. SECISearch no ha trobat cap element SeCIS.
Es pot concloure que, molt probablement, en aquest scaffold hi ha un gen homòleg a EhSEP2 en el que s'ha canviat la selenocisteïna per una cisteïna.
Hit 3
Tant Exonerate com Genewise prediuen el mateix alineament, però s'ha emprat els resultats del segon perquè té una llargada major. El gen obtingut es troba a la cadena directa i consta d'un sol exó en el qual la selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo, i la proteïna predita retorna hits de proteïnes TDI amb el Blastp. No s'ha trobat elements SeCIS amb el programa SECISearch.
Els resultats indiquen que el gen predit en aquest scaffold és molt probablement un homòleg d'EhSEP2 amb cisteïna.
Hit 4
L'anàlisi d'aquest scaffold tant amb Exonerate com amb Genewise prediuen el mateix gen a la cadena directa format per un sol exó. En aquest cas, sembla que s'hagi trobat un homòleg d'EhSEP2 en que la seleonisteïna alinea amb una Serina. El Tcoffee obtingut és bastant dolent al voltant de la posició que ens interessa estudiar (la de l'alineament de la U amb la S). En fer un Blastp a l'NCBI amb la proteïna predita, es retornen TDI a partir de %d'identitat del 36% (la primera TDI que trobem és de T.congolense). SECISearch no ha trobat elements SeCIS.
Malgrat la seqüència consens no està gaire conservada, dues regions d'alta similitud indiquen que podria ser possible que el gen predit un en aquest scaffold sigui un homòleg d'EhSEP2 amb serina.
Conclusió
En resum, l'organisme C.fasciculata no presenta cap gen EhSEP2 com a selenoproteïna, sinó que tots els casos descrits són homòlegs amb cisteïna. Exactament, s'ha pogut predir la presència de 5 homòlegs d'EhSEP2 amb cisteïna repartits entre quatre scaffolds del seu genoma.
