Organismes
A.taiwanensis
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
En A.taiwanensis observem tan sols una proteïna de maquinària de síntesi de selenoproteïnes. Es tracta de SecS. Així mateix, també presenta el tRNA específic de selenocisteïna.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
B.hominis
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
Aquest protist presenta la majoria de les proteïnes que s'engloben en el grup de Sel-Machinery: eEF-Sec, Pstk, Sec p43, SecS i Sps2. Aquesta última presenta l'aminoàcid selenocisteïna, i per tant és una selenoproteïna. Malgrat aquests resultats, no s'observa presència de Sbp2 ni de tRNA-Sec.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
C.merolae
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
En C.merolae trobem cinc proteïnes de maquinària de síntesi de selenoproteïnes: eEF-Sec, Sbp2, Sec p43, SecS i Sps2 (selenoproteïna en aquest organisme). En canvi, no determinem l'existència ni de Pstk ni de tRNA-Sec.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
C.muris
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
Observem que en aquest cas les proteïnes de maquinària són eEF-Sec, Sbp2 i Sec p43.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
C.owczarzaki
Sel H
En el resultat de TBLASTN per a l'estudi de SelH, observem un bon hit d'e-value 8e -04 en el seu alineament amb la query de Danio rerio. Tot i el fet que la regió alineada és molt curta, de només 30 aminoàcids, el fet que presenti un e-value inferior al nostre filtre (0,001) ens porta a prosseguir amb el seu estudi.
Quan extraiem la regió genòmica en qüestió i l'analitzem amb l'exonerate, el resultat és positiu i ens mostra una possible proteïna de quatre exons. La seqüència d'aminoàcids que s'obté és relativament curta, però conserva els dominis propis d'aquesta família de selenoproteïnes quan l'analitzem amb BLASTP.
Finalment, procedim a alinear amb TCOFFEE la proteïna obtinguda amb les queries. Podem observar com la regió aminoacídica trobada conté un codó STOP (substituït en l'alineament per una X) que es correspon, en tots els casos, amb les selenocisteïnes.
En la cerca canònica d'elements SECIS, trobem una estructura amb un score de 8,32.
Tornar a la taula de resultats de Sel H
Sel V
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
El TBLASTN de l'estudi de Sel W en C.owczarzaki mostra tres hits en el seu alineament amb Artemia franciscana, Homo sapiens i Mus musculus. El millor de aquest tres hits és el què presenta un e-value de 2e -08 (en l'alineament amb la query d'Artemia franciscana). La regió alineada és curta, 54 aminoàcids, però continuem el seu estudi.
Quan extraiem la regió genòmica en qüestió i l'analitzem amb l'exonerate, el resultat és positiu i ens mostra una possible proteïna de 4 exons.
Obtenim una seqüència amb 92 aminoàcids sense codons STOP i l'alineem amb un TCOFFEE contra les queries. Si ens fixem en el resultat, podem observar que la C (cisteïna) de la seqüència s'alinea amb les selenocisteïnes. Per tant podem dir que es tracta una homòloga en cisteïna.
Per tal de demostrar que la nostra proteïna conserva els dominis propis de SelW, realitzem un BLASTP que ens confirma el resultat.
D'altra banda, busquem els possibles elements SECIS en la regió extreta de C.owczarzaki i obtenim una estructura amb un score de 11.91 utilitzant la cerca canònica. La presència d'aquest element SECIS crea una certa controvèrsia, donat que es tracta d'una homòloga en cisteïna, però podríem considerar que es tracta d'una estructura que es manté en el genoma tot i la pèrdua de la selenocisteïna.
Tornar a la taula de resultats de Sel W
Sel-Machinery
C.owczarzaki presenta la majoria de proteïnes de Sel-Machinery. En concret eEF-Sec, Sbp2, Sec p43, SecS i Sps2.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
C.parvum
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
El genoma del protist en qüestió conté les seqüències de tres proteïnes de maquinària: eEF-Sec, Sbp2 i Sec p43.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
E.siliculosus
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
El TBLASTN mostra un hit d'e-value 8e-43. La regió alineada presenta una longitud de 84 aminoàcids que inclouen el codó STOP alineat amb selenocisteïna. Continuem amb el protocol i observem que el resultat de l'exonerate ens mostra el nombre de exons de la nostre proteïna, en aquest cas 3.
Un cop obtenim la seqüència de la proteïna fem un TCOFFEE d'aquesta contra les queries i analitzem l'alineament. Observem que el codó STOP alinea amb les selenocisteïnes i amb les cisteïnes de les proteïnes homòloges; per tant, podem afirmar que la nostra proteïna és una selenoproteïna. A més, la cerca amb BLASTP ens confirma el nostra resultat, mostrant els dominis característics de SelW.
Pel què fa a la cerca d'elements SECIS en la regió on es troba la selenocisteïna, obtenim un resultat positiu amb la cerca estricta, amb un score de 21.16.
Tornar a la taula de resultats de Sel W
Sel-Machinery
Aquest organisme presenta tres proteïnes de les analitzades en l'apartat de Sel-Machinery: eEF-Sec, Sec p43 i SecS.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
H.arabidopsidis
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
Observem en aquest cas quatre proteïnes de maquinària de síntesi de selenoproteïnes: eEF-Sec, Sec p43, SecS i Sps2. En aquesta última, una selenoproteïna en la majoria d'organismes, és una proteïna homòloga en cisteïna.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
N.gruberi
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
Per a N.gruberi s'observen totes les proteïnes de maquinària, a excepció del tRNA específic per a selenocisteïna. Cal esmentar que el resultat que s'obté per a Sps2 indica que es tracta d'una homòloga en cisteïna.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
P.pallidum
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
Observem, per a aquest protist, la presència en el seu genoma de quatre de les proteïnes de maquinària analitzades: Sbp2, Sec p43, SecS i Sps2. L'última, en aquest cas, conté una selenocisteïna i podem afirmar, doncs, que es tracta d'una selenoproteïna.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
P.tricornutum
SelH
En el TBLASTN de l'estudi de SelH observem com a millor alineament, un hit d'e-value 8e -20 que comprèn 80 aminoàcids, entre els quals, un codó STOP que alinea amb la selenocisteïna de la query. és, doncs, un molt bon candidat per esdevenir una possible selenoproteïna i per això procedim a estudiar-lo.
En l'exonerate obtingut, veiem com es tracta d'una seqüència aminoacídica d'un sol exó i que, efectivament, el codó STOP de l'organisme alinea amb la U de la query. La cadena proteica obtinguda és de 114 aminoàcids i l'anàlisi amb BLASTP, tot i no mostrar-nos cap domini conservat, sí que indica similitud amb proteïnes SelH d'altres organismes.
El TCOFFEE confirma els resultats anteriors, alineant el codó STOP obtingut en la suposada proteïna (substituït per una X) amb les selenocisteïnes de les queries.
La cerca d'elements SECIS permet l'obtenció d'un resultat positiu en la cerca canònica, amb un score de 6,54.
Tornar a la taula de resultats de Sel H
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
Referint-nos a SelW, el TBLASTN mostra un hit amb un e-value de 7e -04. La regió alineada presenta una longitud de 35 aminoàcids. Es tracta d'un fragment molt curt, però degut al seu bon e-value, continuem amb la cerca de la selenoproteïna en aquest organisme.
A l'exonerate, el resultat ens mostra que la nostra possible proteïna té 2 exons, i observem que presenta 2 codons STOP codificats per UGA. Un cop n'hem obtingut la seqüència, fem un TCOFFEE contra les queries. Observem que en l'alineament de la proteïna, un dels codons STOP alinea amb les C i l'altra amb les U (selenocisteïnes). Per a una explicació més detallada d'aquesta situació, consulteu l'apartat de discussió.
Quan analitzem la proteïna obringuda amb BLASTP, no mostra dominis conservats, però sí indica la similitud amb Selenoproteïna W d'altres organismes.
Tornar a la taula de resultats de Sel W
Sel-Machinery
P.tricornutum presenta totes les proteïnes de maquinària de síntesi analitzades a excepció del tRNA-Sec.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
P.ultimum
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
Pel què fa a la maquinària de síntesi de selenoproteïnes, P.ultimum presenta totes les proteïnes analitzades a excepció de Sbp2 i del tRNA-Sec. Cal esmentar que en aquest organisme, Sps2 es presenta com a homòleg en cisteïna.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
S.parasitica
SelH
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel H.
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel W.
Sel-Machinery
Referint-nos a la presència de maquinària de síntesi de selenoproteïnes en el genoma de S.parasitica, hi trobem totes les proteïnes analitzades, incloent-hi Sps2 com a selenoproteïna i el tRNA específic de selenocisteïna.
Tornar a la taula de resultats de Sel M
T.trahens
SelH
La cerca de SelH en T.trahens s'inicia amb el TBLASTN, en el qual s'observa un hit de 87 aminoàcids de longitud, d'e-value de 5e -11 i que a més conté l'alineament de la selenocisteïna de la query amb un codó STOP.
Tot i aquest bon punt de partida, exonerate no ens mostra cap possible estructura proteica, i per aquest motiu utilitzem GeneWise. Si observem el resultat i el comparem amb el hit del TBLASTN, es veu com GeneWise només ens proporciona la seqüència que es troba immediatament després del codó STOP, és a dir, de la suposada selenocisteïna. Donat que el hit inclou tant la seqüència extreta com els aminoàcids immediatament abans d'aquesta i que l'alineament d'aquests és bo, procedim a unir els dos fragments, obtenint com a resultat la seqüència aminoacídica de la possible proteïna. A més, el resultat de BLASTP indica la conservació dels dominis característics d'aquesta família de selenoproteïnes.
El posterior alineament amb TCOFFEE ens permet confirmar, per una banda, que la proteïna trobada conté selenocisteïna, i, per l'altra, que la regió afegida des del TBLASTN també alinea perfectament amb les queries, fet que justifica el procediment seguit en aquest cas.
Si ens referim als elements SECIS presents a la regió 3' de la proteïna, obtenim un resultat positiu, d'score 5,53 amb la cerca canònica.
Tornar a la taula de resultats de Sel H
SelV
En aquest organisme no s'han trobat homòlegs en Sel V.
SelW
El TBLASTN d'aquest estudi ens mostra un hit amb un e-value de 1e -05. La regió alineada presenta una longitud de 47 aminoàcids. Es tracta d'un fragment molt curt, però el seu e-value i el fet que s'alinea el codó STOP amb la selenocisteïna de la query ens porta a continuar el procés de cerca de la selenoproteïna.
Quan fem l'exonerate no obtenim cap resultat, tot i el bon hit que hem obtingut amb el TBLASTN. Per això utilitzem el Genewise. La seqüència d'aminoàcids obtinguda en aquest cas s'inicia immediatament després del codó STOP que alinea amb la selenocisteïna en el TBLASTN. Com que el hit del qual partim és bo i alinea la selenocisteïna considerem oportú unir els dos fragments per així obtenir la seqüència de la nostra proteïna.
La possible proteïna obtinguda s'alinea amb les queries mitjançant TCOFFEE, i s'observa, per una banda, que la selenocisteïna alinea amb les de les queries i per l'altra, que la unió dels dos fragments aminoacídics trobats és perfectament vàlida.
L'anàlisi amb BLASTP ens mostra la conservació dels dominis característics de les proteïnes Sel W i confirma el nostre mètode emprat i el resultat.
En aquest cas no trobem cap element SECIS en la regió genòmica adjacent a la proteïna.
Tornar a la taula de resultats de Sel W
Sel-Machinery
Finalment, referint-nos a la presència de maquinària de síntesi de selenoproteïnes en T.trahens, s'identifiquen eEF-Sec, Pstk, Sbp2, Sec p43, SecS i Sps2 (aquesta última com a selenoproteïna).
Tornar a la taula de resultats de Sel M