Selenoproteines

Tal i com hem exposat en altres apartats de la pàgina web, el nostre objectiu és determinar si els 13 genomes donats contenen o no les selenoproteïnes Lmsel1, Sel4 i SelT. Per fer-ho hem hagut de seguir uns passos determinats els quals hem especificat a l'apartat de metodologia, a continuació us presentem els resultats obtinguts en cada pas i la corresponent discussió.

Llegenda:

• Selenoproteïna: SP

• Homòleg amb citeïna: HC

• Resultat negatiu: X

• Resultat no obtinguts: -

NOTA: en cada link podreu trobar els fitxers corresponents a cada cas.

En la següent taula hem representat els resultats finals obtinguts, és a dir, en quins genomes hem trobat les nostres selenoproteïnes i en quins hem trobat els homòlegs amb cisteïna:

RESUM DELS RESULTATS

P.tricornutum

H.arabidopsidis

P.ultimum

S.parasitica

E.siliculosus

C.muris

C.parvum

A.taiwanesis

C.owczarzaki

P.pallidum

C.merolae

T.trahens

N.gruberi

Lmsel1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Sel4

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

SelT

SP

-

-

SP

SP

HC

HC

-

-

-

-

SP

-

eEFSec

OK

-

-

OK

OK

X

OK

-

-

-

-

OK

-

SPS2

X

-

-

OK

X

X

X

-

-

-

-

OK

-

SecS

OK

-

-

OK

OK

X

X

-

-

-

-

OK

-

PSTK

OK

-

-

OK

X

X

X

-

-

-

-

X

-

SECIS

OK

-

-

OK

OK

X

X

-

-

-

-

OK

-

Tornar a l' inici

A continuació podreu veure com hem pogut arribar als resultats presentats:

tBLASTn

P.tricornutum

H.arabidopsidis

P.ultimum

S.parasitica

E.siliculosus

C.muris

C.parvum

A.taiwanesis

C.owczarzaki

P.pallidum

C.merolae

T.trahens

N.gruberi

Lmsel1

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

Sel4

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

SelT

H.sapiens

OK

X

X

OK

OK

X

OK

X

X

X

X

OK

X

M.musculus

OK

X

X

OK

OK

X

OK

X

X

X

X

OK

X

A.gambiae

OK

X

X

X

X

X

X

X

X

X

X

OK

X

D.melanogaster

OK

X

X

X

OK

OK

OK

X

X

X

X

OK

X

C.elegans3B

OK

X

X

OK

OK

OK

OK

X

X

X

X

OK

X

C.elegans4B

OK

X

X

OK

OK

X

OK

X

X

X

X

OK

X

eEFSec

OK

OK

OK

OK

OK

OK

OK

OK

OK

OK

OK

OK

OK

SPS2

OK

OK

OK

OK

X

X

X

X

OK

OK

OK

OK

OK

SecS

OK

OK

OK

OK

OK

X

X

OK

OK

OK

OK

OK

OK

PSTK

OK

X

OK

X

X

X

X

OK

OK

OK

X

X

X

NOTA: hem considerat com a bons aquells hits amb un e-value superior a 0,001.

Tornar a l' inici

EXONERATE

P.tricornutum

H.arabidopsidis

P.ultimum

S.parasitica

E.siliculosus

C.muris

C.parvum

A.taiwanesis

C.owczarzaki

P.pallidum

C.merolae

T.trahens

N.gruberi

Lmsel1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Sel4

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

SelT

H.sapiens

OK

-

-

X

X

-

X

-

-

-

-

X

-

M.musculus

OK

-

-

X

X

-

X

-

-

-

-

OK

-

A.gambiae

X

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

X

-

D.melanogaster

X

-

-

-

X

X

X

-

-

-

-

OK

-

C.elegans3B

X

-

-

OK

X

X

X

-

-

-

-

OK

-

C.elegans4B

OK

-

-

OK

OK

-

X

-

-

-

-

OK

-

eEFSec

OK

-

-

OK

OK

OK

OK

-

-

-

-

OK

-

SPS2

X

-

-

X

-

-

-

-

-

-

-

X

-

SecS

OK

-

-

OK

OK

-

-

-

-

-

-

OK

-

PSTK

X

-

-

OK

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Tornar a l' inici

GENEWISE

P.tricornutum

H.arabidopsidis

P.ultimum

S.parasitica

E.siliculosus

C.muris

C.parvum

A.taiwanesis

C.owczarzaki

P.pallidum

C.merolae

T.trahens

N.gruberi

Lmsel1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Sel4

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

SelT

H.sapiens

OK

-

-

OK

OK

-

OK

-

-

-

-

OK

-

M.musculus

OK

-

-

OK

OK

-

OK

-

-

-

-

OK

-

A.gambiae

OK

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

OK

-

D.melanogaster

OK

-

-

-

OK

OK

OK

-

-

-

-

OK

-

C.elegans3B

OK

-

-

OK

OK

OK

OK

-

-

-

-

OK

-

C.elegans4B

OK

-

-

OK

OK

-

OK

-

-

-

-

OK

-

eEFSec

OK

-

-

OK

OK

OK

OK

-

-

-

-

OK

-

SPS2

OK

-

-

OK

-

-

-

-

-

-

-

OK

-

SecS

OK

-

-

OK

OK

-

-

-

-

-

-

OK

-

PSTK

OK

-

-

OK

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Tornar a l' inici

OK

TCOFFEE

P.tricornutum

H.arabidopsidis

P.ultimum

S.parasitica

E.siliculosus

C.muris

C.parvum

A.taiwanesis

C.owczarzaki

P.pallidum

C.merolae

T.trahens

N.gruberi

Lmsel1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Sel4

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

SelT

H.sapiens

OK

-

-

X

OK

-

OK

-

-

-

-

OK

-

M.musculus

OK

-

-

X

OK

-

OK

-

-

-

-

OK

-

A.gambiae

OK

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

OK

-

D.melanogaster

OK

-

-

-

OK

OK

-

-

-

-

OK

-

C.elegans3B

OK

-

-

OK

OK

OK

OK

-

-

-

-

OK

-

C.elegans4B

OK

-

-

OK

OK

-

OK

-

-

-

-

OK

-

eEFSec

OK

-

-

OK

OK

OK

OK

-

-

-

-

OK

-

SPS2

X

-

-

OK

-

-

-

-

-

-

-

OK

-

SecS

OK

-

-

OK

OK

-

-

-

-

-

-

OK

-

PSTK

OK

-

-

OK

-

-

-

-

-

-

-

-

-

NOTA: En aquest quadre hem linkat tots els TCOFFEEs obtinguts però hem considerat com a resultats positius (OK) aquells que ens fan pensar en la presència d'una selenoproteïna o proteïna homòloga amb cisteïna en aquell genoma, i amb els quals farem blastp contra NCBI. En el cas de la maquinària, els resultats positius són els que hem vist que tenien un bon score i per tant, seran aquests els casos amb els quals farem blastp contra NCBI.

Tornar a l' inici

BLASTP CONTRA NCBI

P.tricornutum

H.arabidopsidis

P.ultimum

S.parasitica

E.siliculosus

C.muris

C.parvum

A.taiwanesis

C.owczarzaki

P.pallidum

C.merolae

T.trahens

N.gruberi

Lmsel1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Sel4

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

SelT

OK

-

-

OK

OK

OK

OK

-

-

-

-

OK

-

eEFSec

OK

-

-

OK

OK

X

X

-

-

-

-

OK

-

SPS2

-

-

-

OK

-

-

-

-

-

-

-

OK

-

SecS

OK

-

-

OK

OK

-

-

-

-

-

-

OK

-

PSTK

OK

-

-

OK

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Tornar a l' inici

ELEMENTS SECIS

P.tricornutum

H.arabidopsidis

P.ultimum

S.parasitica

E.siliculosus

C.muris

C.parvum

A.taiwanesis

C.owczarzaki

P.pallidum

C.merolae

T.trahens

N.gruberi

Lmsel1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Sel4

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

SelT

OK

-

-

OK

OK

X

X

-

-

-

-

OK

-

Tornar a l' inici