Abstract
Les selenoproteïnes es troben presents en els 3 dominis de la vida: archaea, eukarya i eubacteria. Aquesta gran conservació dóna una visió de la seva gran importància. Les selenoproteïnes es caracteritzen per substituir un àtom de seleni per un de sofre en l’aminoàcid cisteïna (Cys), que provocarà el seu canvi a selenocisteïna (Sec). Quan van ser descobertes, fa més de 20 anys, van suposar una fita molt important, i des d’aleshores, molts grups d’arreu del món s’han dedicat a buscar-les en els diversos genomes que s’han anat seqüenciant. La bioinformàtica, juntament amb les noves tècniques d’ultraseqüenciació, ens permet fer aquesta cerca amb una eficiència que abans era impensable.
El nostre treball es centra en la cerca de selenoproteïnes de tres famílies diferents, Leishmania major selenoproteïna 1 (Lmsel1), Selenoproteïna 4 (Sel4) i Selenoproteïna T (SelT) en 13 genomes de protists seqüenciats a principis de l’any 2011. Per dur a terme aquesta tasca hem utilitzat el programa d’alineament local BLAST, que ens ha permés identificar selenoproteïnes de les 3 famílies a estudiar, en els genomes dels 13 protists d’interès.
Selenoproteins are found in the 3 domains of life: archaea, eukarya and eubacteria. This high conservation shows its outstanding relevance. Selenoproteins are characterized by incorporating a selenium atom instead of a sulfur residue in the cisteine (Cys) aminoacid, changing it into a selenocistein (Sec).
When they were discovered 20 years ago, selenoproteins represented a thrilling challenge, and since that moment countless research groups from all over the world have been looking for them in already sequenced genomes. Bioinformatics, as well as novel sequencing techniques, allow us to do this search in a very efficient way, which was unthinkable years ago.
Our aim is to analize wether three selenoprotein families, Leishmania major selenoprotein 1 (Lmsel1), Selenoprotein 4 (Sel4) i Selenoprotein T (SelT), are present in 13 protists genomes, which have been sequenced recently in 2011. In order to carry out this task, we have used BLAST, a local alignment program, which has allowed us to identify selenoproteïns, from 3 diferent families, in the genomes of the 13 protists of interest.