SPS2

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per això, només seguim realitzant la resta de passos amb el hit procedent de H. sapiens: gi|298517539|gb|GL349435.1| (E-value=3e-04). En el cas de la queries de A. gambiae i de D. melanogaster hem trobat un hit amb un E-value significatiu però sense incorporar la selenocisteïna de la query a l’alineament. Això ens ha portat a descartar aquests hits.

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i Genewise tenen un score molt similar, però als alineaments obtinguts per Genewise la selenocisteïna de la query es troba alineada amb gaps, mentre que amb l’alineament realitzat per la proteïna obtinguda de l’Exonerate, no. Per això ens quedem amb la proteïna obtinguda per Exonerate.

La similitud d’aquest alineament és molt elevada (score ~90) i la selenocisteïna de la query es troba alineada amb una selenocisteïna de la proteïna predita en el genoma de T. trahens. Per tant, aquests resultats indiquen que l’espècie T. trahens conté una regió amb alta similitud amb Sps2 i presenta una selenocisteïna en aquesta regió. És a dir, considerem que conté la selenoproteïna Sps2.

S’ha realitzat un BLASTp per la proteïna predita i s’ha obtingut que s’alinea amb la selenide water dikinase. Això indica que la proteïna que hem obtingut és la proteïna que estàvem buscant i que hem trobat la família Sps en aquest genoma.

No s’ha detectat cap element SECIS en la regió 3’ de la proteïna predita.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS2

Thecamonas trahens