SPS2

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Tenint en compte això, només seguim realitzant la resta de passos amb el hit procedent de A. gambiae: gi|217404767|gb|CM000622.1| (E-value=1e-16). En el cas de la queries de H. sapiens i de D. melanogaster hem trobat un hit amb un E-value significatiu però sense incorporar la selenocisteïna de la query a l’alineament. Això ens ha portat a descartar aquests hits.

Els alineaments realitzats amb la proteïna obtinguda amb Exonerate i Genewise tenen un score molt similar, de manera que per defecte escollim aquells alineaments obtinguts a partir de l’Exonerate. Per això, la proteïna predita del genoma que es mostra a la taula superior prové del programa Exonerate i l’alineament amb T-coffee que es mostra és el que es realitza amb aquesta proteïna.

La similitud d’aquest alineament no és molt elevada (score ~80) i la selenocisteïna de la query (X) es troba fora de l’alineament amb la proteïna. Concretament, la proteïna predita només s’alinea amb una regió de la query i aquesta regió no inclou a la selenocisteïna.

Al realitzar un BLASTp de la proteïna predita observem que el primer resultat és per a Sps. Això indica que la proteïna predita forma part de la família Sps, però no presenta homologia amb la regió on es troba la selenocisteïna de la query utilitzada.

No s’ha detectat cap element SECIS en la regió 3’ de la proteïna predita.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS2

Phaeodactylum tricornutum