SPS2

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per això, només seguim realitzant la resta de passos amb aquests hits: gi|284795325|gb|GL290995.1| per la query de A. gambiae (E-value=2e-68) i gi|284795325|gb|GL290995.1| per la query de D. melanogaster (E-value=1e-61). En el cas de la query de H. sapiens hem trobat un hit amb un E-value significatiu però sense incorporar la selenocisteïna de la query a l’alineament, per això hem descartat aquest hit.

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i Genewise tenen un score molt similar, de manera que per defecte escollim aquells alineaments obtinguts a partir de l’Exonerate. Per això, les proteïnes predites que es mostren a la taula provenen del programa Exonerate i l’alineament amb T_coffee és el que es realitza amb aquestes proteïnes.

En els dos casos l’homologia és molt elevada (score ~90/95), però la selenocisteïna de la query (X) es troba fora de l’alineament amb la proteïna, concretament abans de l’inici d’aquesta proteïna. Aquests resultats indiquen que l’espècie P. pallidum no conté la selenocisteïna Sps2 ni cap homòleg en cisteïna d’aquesta selenoproteïna, però que sí que té un domini conservat que és el que ha donat homologia al llarg d’aquesta cerca i que proporciona un score de T_coffee bastant elevat.

S’ha realitzat un BLASTp de la proteïna predita i el resultat que s’observa és la selenide water dikinase, que és el mateix que Sps. Per tant, això indica que la proteïna que hem obtingut és molt similar a la selenoproteïna Sps, però que no conté la selenocisteïna.

No s’ha detectat cap element SECIS en la regió 3’ de la proteïna predita.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS2

Polysphondylium pallidum