SPS2

Hyaloperonospora arabidopsidis


Queries BLAST
estés		 BLAST -m9 Hits
(filtre e-)		 Hits
(filtre u)		 Exonerate GeneWise GFF cDNA Proteïna TCoffee BLASTp Secis
A.gambiae veure veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
D.melanogaster veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
H.sapiens veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per això, seguim realitzant la resta de passos amb només tres hits: gi|199611001|gb|ABWE01000811.1| per la query de A. gambiae (E-value=5e-71), gi|199611001|gb|ABWE01000811.1| per la query de D. melanogaster (E-value=3e-62) i gi|199611001|gb|ABWE01000811.1| per la query de H. sapiens (E-value=9e-75). Com es pot observar, els identificadors dels hits són els mateixos, però no descartem cap dels hits per poder comprovar que els resultats finals es corresponguin i no hi hagi errors durant l’execució.

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i amb Genewise tenen scores diferents. En l’alineament del hit que prové d’A. gambiae hi ha una diferència important entre els dos alineaments: en el cas de l’alineament que utilitza la proteïna obtinguda per Exonerate, la selenocisteïna de la query no es troba dins de l’alineament; mentre que en l’alineament de la proteïna obtinguda per Genewise, sí. Per això, escollim la proteïna que s’obté de Genewise per al hit procedent de la query d’A. gambiae i de H. sapiens (té un millor score que amb Exonerate); mentre que escollim la proteïna obtinguda per Exonerate per al hit procedent de les query de D. melanogaster.

En els tres casos l’homologia és molt elevada i es produeix un alineament de la selenocisteïna (X) de la query amb una cisteïna de la proteïna obtinguda del genoma de H. arabidopsidis. Per tant, aquests resultats indiquen que l’espècie H. arabidopsidis conté una regió amb alta homologia amb Sps2 i presenta un homòleg en cisteïna de la selenoproteïna Sps2 en el seu genoma.

S’ha realitzat un BLASTp de la proteïna predita contra la base de dades no redundant i el millor resultat mostra un alineament amb selenide water dikinase, de manera que la proteïna predita es correspon amb la família Sps2 que estàvem buscant.

No s’ha detectat cap element SECIS en la regió 3’ de la proteïna predita.

Torna a dalt
Torna a resultats