SPS1

Thecamonas trahens


Queries BLAST
estés		 BLAST -m9 Hits
(filtre e-)		 Hits
(filtre u)		 Exonerate GeneWise GFF cDNA Proteïna TCoffee BLASTp Secis
A.gambiae veure veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
D.melanogaster veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
H.sapiens veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un que compleixin els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem tots els hits: D. Melanogaster gi|298517539|gb|GL349435.1| (E-value=7e-89); A. gambiae gi|298517539|gb|GL349435.1| (E-value=3e-63); H. sapiens gi|298517539|gb|GL349435.1| (E.value=2e-68).

Les proteïnes obtingudes per Genewise i Exonerate són similars però amb Exonerate s'alinea més seqüència i l'arginina o treonina de la query estan alineades amb una selenocisteïna (UGA).

Posteriorment fem BLASTp de la proteïna obtinguda del genoma contra la base de dades no redundant de BLAST i un SECISearch. En el resultat d'aquest BLAST es pot observar que la primeres proteïna és Sps i no hem trobat elements SECIS.

Torna a dalt
Torna a resultats