SPS1

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un que compleixin els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem els tres hits: D. melanogaster gi|217404767|gb|CM000622.1 (E-value=9e-16); A. gambiae gi|217404767|gb|CM000622.1 |(E-value=8e-14); H. sapiens gi|217404767|gb|CM000622.1 (E.value=2e-09).

Les proteïnes obtingudes per Genewise i Exonerate són bastant diferents. Ens hem quedat amb la predicció d'Exonerate perquè alinea més fragment de la nostra query, en ambdós casos però, l'alineament no era gaire bo. Al fer anar el T-coffee observem que l'alineament no és gaire bo i que l'arginina queda fora de la proteïna excepte en el cas de la query d'humà que la T està alineada amb una C. Per tant, la query de H. sapiens és més informativa i ens permet dir que el protist P.tricornutum té un homòleg en cisteïna a Sps1.

Després en el BLASTp de la proteïna obtinguda del genoma contra la base de dades no redundant de BLAST s'observa que la primera proteïna és una proteïna sense anomenar del genoma de P. tricornutum. En concret és una proteïna que es troba a la regió de SelD (homològa de Sps en procariotes) amb una longitud superior a la proteïna que hem obtingut del genoma. Per tant, això ens indica que la proteïna obtinguda del genoma B.hominis es correspon a la família Sps.

No hem trobat elements SECIS.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS1

Phaeodactylum tricornutum