SPS1
Queries | BLAST estés |
BLAST -m9 | Hits (filtre e-) |
Hits (filtre u) |
Exonerate | GeneWise | GFF | cDNA | Proteïna | TCoffee | BLASTp | Secis |
A.gambiae | veure | veure | veure | veure | veure | veure | veure | veure | veure | html/txt | veure | - |
D.melanogaster | veure | veure | veure | veure | veure | veure | veure | veure | html/txt | veure | - | |
H.sapiens | veure | veure | veure | veure | veure | veure | veure | veure | html/txt | veure | - | |
L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un que compleixin els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem els tres hits: D. melanogaster gi|284795325|gb|GL290995.1| (E-value=1e-61); A. gambiae gi|284795325|gb|GL290995.1| (E-value=2e-82); H. sapiens gi|284795325|gb|GL290995.1| (E.value=1e-85).
Les proteïnes obtingudes per Genewise i Exonerate són lleugerament diferents. Ens hem quedat amb la predicció de Genewise perquè alinea més fragment de la nostra query. Al fer anar el T-coffee, observem que l’homologia és bastant elevada però l'arginina i treonina de la query queden fora de l'alineament.
Posteriorment fem BLASTp de la proteïna obtinguda del genoma contra la base de dades no redundant de BLAST i un SECISearch. En el resultat d'aquest BLAST es pot obesrvar que les primeres proteïnes són Sps i no hem trobat elements SECIS.