SPS1

Polysphondylium pallidum


Queries BLAST
estés		 BLAST -m9 Hits
(filtre e-)		 Hits
(filtre u)		 Exonerate GeneWise GFF cDNA Proteïna TCoffee BLASTp Secis
A.gambiae veure veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
D.melanogaster veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -
H.sapiens veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure -

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma dóna un hit per cada un que compleixin els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per tant, en els següents passos utilitzarem els tres hits: D. melanogaster gi|284795325|gb|GL290995.1| (E-value=1e-61); A. gambiae gi|284795325|gb|GL290995.1| (E-value=2e-82); H. sapiens gi|284795325|gb|GL290995.1| (E.value=1e-85).

Les proteïnes obtingudes per Genewise i Exonerate són lleugerament diferents. Ens hem quedat amb la predicció de Genewise perquè alinea més fragment de la nostra query. Al fer anar el T-coffee, observem que l’homologia és bastant elevada però l'arginina i treonina de la query queden fora de l'alineament.

Posteriorment fem BLASTp de la proteïna obtinguda del genoma contra la base de dades no redundant de BLAST i un SECISearch. En el resultat d'aquest BLAST es pot obesrvar que les primeres proteïnes són Sps i no hem trobat elements SECIS.

Torna a dalt
Torna a resultats