SPS1

L’alineament de les queries de A. Gambiae amb el genoma dóna dos hits que compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes), el de la query de D. Melanogaster i H. sapiens també dóna dos hits.

Els identificadors dels hits per a la query de A. gambiae són gi|284094290|gb|GG738852.1| (E-value=3e-27) i gi|284088094|gb|GG738883.1| (E value=2e-23); els identificadors dels hits per a la query de D. melanogaster són gi|284094290|gb|GG738852.1| (E-value=5e-28) i gi|284088094|gb|GG738883.1| (E-value=5e-24); els identificadors dels hits per a la query de H. sapiens són gi|284094290|gb|GG738852.1| (E-value=4e-26) i gi|284088094|gb|GG738883.1| (E-value=1e-22). Com es pot observar cada hit és una regió del genoma diferent (l’identificador del hit és diferent), de manera que es tractaran per separat.

Per a fer la predicció de gens utilitzem els programes Exonerate i Genewise. Per a cada un d’aquests programes obtenim una proteïna i realitzem T_coffee amb la query corresponent. En el cas del primer hit d'H. sapiens és millor l'alineament amb la proteïna predita per Genewise, mentre que per tots els altres el resultat entre Exonerate i Genewise són molt similars, de manera que ens quedem amb la proteïna predita amb Exonerate.

A l'observar el T_coffee només hi ha alineament amb la treonina de la query en el cas del primer hit obtingut amb la query de H. sapiens; a la resta de casos la posició d'interès de la query es troba prèvia a l'inici de la proteïna predita. Per tant, considerem que en la predicció de gens no s'ha considerat que la regió que conté l'arginina o la treonina de la query està suficient conservada amb aquesta regió del genoma. En un dels sis casos la treonina es troba alineada amb una cisteïna, de manera que N. gruberi té un homòleg en cisteïna per a sps1.

A continuació s'ha realitzat un BLASTp i s'ha obtingut que la proteïna predita s'alinea amb un score i un E-value molt bons amb selenofosfat sintasa i selenide water dikinase (altre nom per Sps). Per tant, la proteïna obtinguda es correspon amb allò que estàvem buscant.

No hem obtingut elements SECIS a la regió 3' UTR en cap dels casos.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS1

Naegleria gruberi