Taules GPX

En Phytophthora sojae podemos concluir que hay cinco genes que codifican para homólogos de selenoproteínas en cisteína. Estos se encuentran en cinco scaffolds diferentes del genoma analizado, gi|113926650|gb|AAQY01000098.1|, gi|113926249|gb|AAQY01000499.1|, gi|113926248|gb|AAQY01000500.1|, gi|113925586|gb|AAQY01001162.1| y gi|113926199|gb|AAQY01000549.1|.

Phytophthora sojae
		Hits	E-value	GFF	cDNA	Proteína	Tcoffee	Secis
GPX1	TBlastN	Hit 1	6e-41
		Hit 2	5e-25
		Hit 3	2e-24
GPX2	TBlastN	Hit 1	1e-39
		Hit 2	4e-28
		Hit 3	1e-24
GPX3	TBlastN	Hit 1	7e-23
		Hit 2	3e-21
		Hit 3	1e-17
		Hit 5	4e-09
GPX4	TBlastN	Hit 1	6e-37
		Hit 2	6e-36
		Hit 5	3e-11
GPX5	TBlastN	Hit 1	5e-25
		Hit 2	7e-23
		Hit 3	2e-21
		Hit 5	8e-09
GPX6	TBlastN	Hit 1	2e-21
		Hit 2	1e-20
		Hit 3	5e-20
		Hit 5	4e-09
GPX7	TBlastN	Hit 1	3e-25
		Hit 2	2e-22
		Hit 3	1e-21
		Hit 4	7e-12
		Hit 5	7e-08
GPX8	TBlastN	Hit 1	7e-25
		Hit 2	7e-25
		Hit 4	9e-07

Discusión

Tras todo este análisis hemos concluido que, usando como queries las diferentes GPX humanas, encontramos siempre los mismos genes en el protista, debido a la alta homología que presentan los miembros de la familia de las GPX.

Por lo que se refiere a los Secis, hemos intentado buscarlos en nuestros homólogos en cisteína. Efectivamente, si la proteína ya no contiene la selenocisteína no necesitará el elemento Secis. Aún y así, los hemos buscado ya que puede ser que la proteína haya perdido la selenocisteína pero no haya pasado el suficiente tiempo para que también haya cambiado su estructura 3D en esa región. En la mayoría de los casos hemos conseguido encontrar los Secis mediante el programa SECISearch, pero hemos de tener en cuenta que muchos de estos solamente los vemos si usamos como pattern loose (canonical and not canonical) , con unas energías de -3.7 en el core y -12.6 overall. Usando este pattern es fácil que aparezcan muchos falsos positivos.

Las secuencias de los diferentes scaffolds las hemos traducido y hemos obtenido proteínas de diferentes longitudes. Tras comprobar que secuencias obtenidas desde los mismos scaffolds daban lugar a fragmentos de una misma proteína, hemos escogido las más largas para cada uno de ellos. A partir de estas, hemos realizado un Tcoffe final comparando las cinco GPX de Phytophthora sojae con las ocho de humano. Tcoffee fasta Tcoffee html

Así podemos ver claramente que las GPX del protista presentan un alto grado de homología con las de humano, aún siendo especies muy lejanas filogenéticamente. Lo que no somos capaces de deducir a partir de esto son los procesos de duplicación o delección que sufrieron las diferentes GPX para acabar dando los 8 submiembros de humano. Para esto, necesitaríamos un estudio más exhaustivo a nivel evolutivo.