Tablas GPX

En la tabla siguiente se pueden observar los resultados del análisis del genoma de Thalassiosira pseudonana.

Thalassiosira pseudonana
		Hits	E-value	GFF	cDNA	Proteína	T coffee	Secis		Secuencia secis
GPX1	TBlastN	NO
GPX2	TBlastN	Hit 1	2e-21
GPX3	TBlastN	Hit 1	5e-23
GPX4	TBlastN	Hit 1	1e-26
GPX5	TBlastN	Hit 1	1e-20
GPX6	TBlastN	Hit 1	7e-20
GPX7	TBlastN	8e-18
GPX8	TBlastN	Hit 1	1e-20
		Hit 2	6e-16

Discusión

Una vez realizado los alineamientos con todas las GPX humanas en Thalassiosira pseudonana encontramos solamente un hit significativo en GPX2, GPX3, GPX4, GPX5, GPX6 y GPX7. En GPX8 encontramos dos hits significativos. Nuestra conclusión es que en Thalassiosira pseudonana tiene solamente dos GPX. Una GPX corresponde a todos los hit 1, alineados con todas las GPX humanas en la misma región dentro del mismo contig (gi|209487125|gb|AAFD02000036.1|). Por tanto llegamos a la conclusión que toda la família GPX de humanos corresponde a un ortólogo en este protista.

La otra GPX que encontramos en Thalassiosira pseudonana corresponde al hit2, que solamente hemos podido alinear con la GPX8 humana. Esta GPX se encuentra en otro contig distinto (gi|209487156|gb|AAFD02000005.1|) y su secuencia no coincide con la del hit1. Por tanto concluimos que se trata de otra selenoproteína distinta.

Cuanto a los elementos Secis podemos observar que en todos los casos encontramos la misma secuencia o muy parecida ya que usa como patrón el mismo fragmento de genoma de Thalassiosira pseudonana.

Hemos visto que este mismo fenómeno se daba en Leishmania mexicana, usando como datos los proporcionados por el trabajo realizado el pasado año.