Resultats



SelQ


Microorganismes tBlastn Exonerate t-coffee Secis Resultats
B.bovis No Hits No No No No SelQ
E.histolytica No Hits No No No No SelQ
E.terrapinae Hits No No No No SelQ
G.intestinalis Hits No No No No SelQ
M.brevicollis Hits No No No No SelQ
P.ramorum Hits No No No No SelQ
P.sojae Hits No* No No No SelQ
T.pseudonana Hits No No No No SelQ
T.parva Hits No No No No SelQ
T.annulata Hits No No No No SelQ
T.cruzi Hits No No No No SelQ
N.caninum Hits No No No No SelQ
T.gondii Hits Si Si Si SelQ


Discussió dels resultats obtinguts en SelQ


En realitzar un tblastn amb la selenoproteïna SelQ, descrita en T.gondii, no vam obtenir hits significatius en cap dels protistes donats, excepte un. L'únic organisme en el qual vam trobar un hit significatiu va ser T.gondii, és a dir, en el mateix protista del qual vam obtenir la seqüència de la SelQ. El següent pas, va ser realitzar tot el procediment descrit en materials i mètodes i esbrinar l'existència d'elements SECIS. El resultat és que sí que existeix un elements SECIS en T.gondii com el descrit en la literatura. Conclusió: la SelQ només es troba en T.gondii.

Tot i no haver trobat hits significatius a part de T.gondii, vam utilitzar el millor hit obtingut amb un E value de 0,5, corresponent al protista P.sojae. Vam seguir tot el procés descrit en materials i mètodes i en arribar al programa exonerate, no obtenim cap exó, és a dir, el document que ens dóna està en blanc*, tal i com era d'esperar. De totes maneres, vam comprovar-ho amb el programa Genewise. El resultat és que tan sols alinea 33 nucleòtids, com és un aliniament molt curt, descartarem que es tracti de la nostra proteïna.

Amb l'objectiu de corroborar que SelQ només es troba en T.gondii, es va fer un tBLASTn usant la seqüència de SelQ de T.gondii en l'organisme Neospora caninum, que és el més proper a T.gondii (on seria més possible trobar-la). El resultat fou que N.caninum no conté cap SelQ, fet que ja estava descrit en un article trobat.


torna cap a dalt

EhSEP2


Microorganismes tBlastn Exonérate t-coffee Secis Homòleg / EhSEP2
B.bovis Hits No No No Homòleg en Cys
E.histolytica Hits No No No Homòleg en Cys
E.terrapinae Hits No No No No EhSEP2
G.intestinalis Hits No No No Homòleg en Cys
M.brevicollis Hits Si Si No Homòleg en Cys
P.ramorum Hits No No No Homòleg en Cys
P.sojae Hits No No No Homòleg en Cys
T.pseudonana Hits Si Si Si EhSEP2
T.parva Hits No No No Homòleg en Cys
T.annulata Hits No No No Homòleg en Cys
T.cruzi Hits No No No Homòleg en Cys
E.huxleyi Hits Si Si Si EhSEP2

Discussió dels resultats obtinguts en EhSEP2


En realitzar un tBLASTn amb la selenoproteïna EhSEP2 descrita en Emiliania huxleyi contra els genomes dels protistes proporcionats, en els resultats s'observa com la majoria d'aliniaments amb la selenoproteïna corresponien a homòlegs en cisteïna, però també s'obtenen dos resultats interessants.

El primer resultat correspon a un hit signficatiu en l'organisme T.pseudonana. Això doncs, en el tBLASTn de EhSEP2 d'E.huxleyi amb T.pseudonana, vam aconseguir aliniar la nostra U de la query amb un codó stop * del subject. Així, es va realitzar tot el procediment explicat a materials i mètodes i vam trobar l'element SECIS, ja descrit en articles. Per tant, concloem que sí s'ha trobat EhSEP2 en T.pseudonana.

El segon resultat destacat correspon a un hit obtingut a partir d'un tBLASTn entre EhSEP2 de E.huxleyi i M.brevicollis. En el tBLASTn es va aliniar els aminoàcids anteriors a la posició de la nostra U (FLAPW) amb el subject al final. Això ens va fer pensar que el programa havia interpretat la nostra selenoproteïna com a codó stop. Així doncs, vam comprovar l’existència de la seleproteïna duent a terme el procediment anterior i no vam trobar cap exó, en conseqüència no hi ha cap selenoproteïna.

Tornant al cas de T.pseudonana, es va usar la seqüència EhSEP2 obtinguda després de fer tot el procediment, per aliniar-la de nou amb tots els protists. El resultat va ser que tan sols vam obtenir resultats significatius en T.pseudonana (òbviament) i en T.parva com podem observar en la taula que presentem a continuació.


Microorganismes tBlastn Exonerate t-coffee Secis Resultats
T.parva Hits Si Si Si *


En fer el tBLASTn, vam veure que en T.parva, un dels hits ens alineava un * de la query amb un * del subject. Per això vam continuar tot el procés fent exonerate i t-coffee. Però els resultats en aquests van ser contradictoris perquè obtenim un alineament diferent del tBLASTn i ens dóna com a resultat un homòleg en cisteïna. Hem deduït que això és possible en el cas que la proteïna fés un splicing alternatiu, és a dir, a vegades el codó UGA el codificaria com a stop i altres com a selenocisteïna. Per aquest motiu, hem buscat els elements SECIS per tal de saber si la nostra hipòtesi és vàlida. Al veure que sí hi ha elements SECIS, podem concloure que la nostra hipòtesi és possible.


torna cap a dalt