Resultados y discusión
| SelO | Sel2 |
SelO-Resultados
En este apartado, mostramos los resultados obtenidos después de seguir el protocolo expuesto en Materiales y métodos.
La información se encuentra organizada en la tabla del siguiente modo. En la primera columna vemos el listado de especies sobre las cuales hemos realizado la búsqueda de selenoproteínas, y en la columna contigua, la especie a la que pertenece la selenoproteína utilizada como referencia. La siguente columna, nos permite visualizar rápidamente en qué especies hemos sido capaces de identificar selenoproteínas pertenecientes a la familia SelO. Los e-vaulues elegidos para cada una de las especies están en la siguiente columna así como la posibilidad de consultar los tblastn de cada protista al clicar sobre la imagen. Las columnas pertenecientes a Exonerate, Genewise o T-coffee muestran una imgen que enlaza con el archivo resultante al realizar exonerate, genewise y t-coffee para aquellas especies en las que se ha obtenido con éxito.
SelO-Discusión
La secuencia proteica para las selenoproteínas de la familia Sel2 es conocida para H.sapiens y para S.Cerevisiae. Por ello, como vemos en la tabla, el organismo de referencia varía, ya que hemos hemos elegido el que nos proporcionaba un mejor E-value después de realizar el tBLASTn con ambas secuencias. De esta forma, mediante la utilización de la dos query hemos obtenido resultados para el tBLASTn en todos los protistas a analizar.
El E-value es un parámetro que describe el número de veces que esperas obtener el mismo alineamiento por azar. Por lo tanto, hemos considerado como E-values significativos aquellos menores que 10-4. A pesar de que algunos valores eran superiores a este umbral, hemos decidido seguir con el protocolo para todas las especies que nos tocaba analizar este año. Hemos descartado, únicamente, aquellos protistas de años anteriores con E-value superior al umbral. Dependiendo de los resultados que hemos ido obteniendo hemos actuado de un modo distinto para cada uno de los protistas.
P. ramorum, T. parva, T. annulata, B. bovis, E. histolytica, T. cruzi, G. intestinalis
Para estas especies no hemos obtenido resultado al realizar el exonerate. Además, los resultados del genewise no son probabilísticamente significativos y muestra unos alineamientos muy cortos. Estos resultados se correlacionan con los valores de E-value obtenidos, ya que todos son superiores a 10-4 (ver tabla). Por ello no hemos podido seguir con el protocolo en ninguna de estas especies, y tampoco podemos asegurar la existencia de una selenoproteína selO en ninguna de ellas.
E. terrapinae
El genoma disponible de esta especie está formado por contigs de corta longitud, y por ello no hemos podido analizar la región contigua al alineamiento del tBLASTn como en los otros casos. En este caso, hemos utilizado, para realizar el exonerate, la secuencia completa del contig alineado por el tBLASTn. Después de utilizar este software, no hemos obtenido resultados, así como tampoco tras hacer el genewise. Por estos resultados, no podemos confirmar la existencia de una selenoproteína de la familia selO.
T. pseudonana, P. sojae, M. brevicolis, P. marinus, A. anophagefferens, P. infestans, P. tetraurelia
Para estas especies, sí hemos obtenido un alineamiento con exonerate. Aunque en ninguno de los casos este alineamiento ha llegado hasta la posición 667, posición en la que se encuentra la selenocisteína. Por este motivo tuvimos que recurrir a una nueva estrategia, para ampliar la secuencia proteica por la parte final y compararla mediante T-coffee con la query. Estos pasos los hemos descrito en el punto número 6 de materiales y métodos.
Queremos señalar que la primera parte de la proteína tampoco es predecida por el exonerate, aunque como sabemos que la selenocisteína de la query se encuentra en la antepenúltima posición, no ampliamos la secuencia proteica por la parte inicial.
T. pseudonana, M. brevicolis, A. anophagefferens, P. marinus
Las conclusiones que podemos abstraer al observar los resultados del T-coffee son las mismas para estos protistas. Como podemos ver en el archivo adjunto, hay un gran número de gaps con una extensión considerable y pocas coincidencias y similitudes entre ambas secuencias. Además, la selenocisteína de la query no se corresponde con ningún aminoácido de la secuencia protista. Para asegurarnos de que realmente no existía un alineamiento, substituimos la selenocisteína de la query por una cisteína, y los resultados fueron los mismos.
Todo esto nos lleva a pensar que el exonerate inicial era correcto y que, por lo tanto, en estas especies no hay ni selenocisteína ni proteína homóloga. Otra opción sería que el fragmento de la selenoproteína que contiene la selenocisteína se encontrase en otro exón situado a suficiente distancia como para que el exonerate no lo pudiera predecir como parte de la misma proteína.
P. sojae, P. infestans, P.tetraurelia
Por el contrario, en el caso de estas especies los resultados del T-coffee nos llevaron a pensar que sí tenían proteínas homólogas. En este caso, como vemos en el archivo, el número de gaps es mucho menor, y además hay un gran número de similitudes y coincidencias. Si nos fijamos en las últimas posiciones, vemos como la selenocisteína (X) se alinea con una cisteína de los protistas.
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Las proteínas que no incorporan selenio en su estructura, no necesitan el elemento SECIS. Por ello, no esperaremos encontrarlo en nuestras secuencias. Sin embargo, para comprobarlo hemos utilizado SECISearch. Los resultados son los esperados, y para ninguna especie protista de las que hemos analizado (T. pseudonana, P. sojae, M. brevicolis, P. marinus, A. anophagefferens, P. infestans, P. tetraurelia), hemos encontrado elemento SECIS.