Sel K

La selenoproteína K, o SelK, es una enzima encargada de la reducción de las formas reactivas del oxígeno localizada en el retículo endoplasmático. Este enzima resulta necesaria para el correcto desarrollo del organismo (experimentos realizados en eucariotas pluricelulares). La incorporación de la selenocisteína depende del mRNA 3' UTR de SelK; así mismo, la proteína SBP2 (en caso de que la haya) es capaz de unirse al elemento SECIS de SelK para promover la adición de la selenocisteína en la secuencia de esta.

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Caracterización del gen SelK en Dictyostelium purpureum:

El alineamiento realizado mediante el tBLASTn de la proteina SelK de D.disocideum (organismo con el genoma analizado mas cercano filogenéticamete al nuestro) reveló un resultado de elevado Score y E-value en el scaffold 142. Debido a la proximidad de la selenocisteína con el final de la secuencia, esta no fue alineada en el tBLASTn.

Resultados tBLASTn

Una vez realizado el primer alineamiento, procedimos a efectuar el análisis de la secuencia utilizando el programa Exonerate. Nuevamente, el alineamiento de la secuencia se detenia antes de alcanzar la selenocisteína. Con el fin de forzar al programa a realizar el alineamiento completo de la secuencia, se introdujo un peptido de veinte isoleucinas downstream. Una vez efectuada esta amplificación de la proteina, el resultado del Exonerate fue plenamente satisfactorio, mostrando un alineamiento de un codón UAG a tres aminoácidos del final de la proteína.

Resultados iniciales Exonerate

Resultado Exonerate Ix20

Con el fin de acotar la localización de nuestra proteína en el genoma de D.purpureum se utilizó la erramienta webExpasy tools. El resultado mostró una proteína de 109 aminoácidos interrumpidos por un intrón, situada entre los nucleótidos 60304 y 59781. la orientación de la proteína es reversa y esta codificada por la cadena complementaria.

Scaffold 124: 60304 / 59781

exones omitidos

secuencia cDNA

secuencia proteica



Por último, la búsqueda de elementos SECISs mediante el programa SECISearch reveló un elemento SECIS en el scaffold 142 entre las posiciones 59505 y 59410, es decir, a 276 nucleótidos, con un score de 32,44.

El conjuto de resultados mostrado nos indica que es muy posible que D.purpureum presente, efectivamente, la selenoproteína K.