Estructura del tRNASec
En la síntesis de una selenoproteína, la selenocisteína (Sec) se incorpora a la cadena polipeptídica en formación mediante un RNA de transferencia específico: tRNASec. Tanto en procariotas como en eucariotas, el tRNASec presenta algunas particularidades estructurales respecto los RNAs de transferencia convencionales y sufre modificaciones post-transcripcionales específicas que son determinantes para su función.
Comparación de las estructuras secundarias de los tRNAs canónicos (los que permiten la incorporación de los 20 aminoácidos "estándar") con las de los tRNASecs de eubacterias y de eucariotas/arqueobacterias.
El programa tRNAscan-SE permite la búsqueda de las secuencias de tRNA que contienen el genoma de Dictyostelium purpureum. Sin embargo los resultados obtenidos mediante este programa no indican la presencia del tRNA de selenocisteína en nuestro genoma.
Resultado tRNAscan-SE
A pesar de no haber encontrado directamente el Sec-tRNASec utilizando tRNAscan-SE, no podemos descartar la presencia del tRNA ya que podrķa ser que el programa no lo hubise detectado por falta de sensibilidad a las diferencias estructurales del Sec-tRNASec debidas a la evolución.
Alternativamente, hemos continuado la búsqueda del Sec-tRNASec a partir de la secuencia genómica del Sec-tRNASec de Dictyostelium discoideum disponible en dictybase.org y con la que hemos podido realizar un BLASTn contra el genoma de Dictyostelium purpureum. Los resultados obtenidos del aliniamiento son satisfactorios, con un score de 109 y un e-value de 7e-23 en el Scaffold 154 que confirman la presencia del Sec-tRNASec y, por consiguiente, la posible síntesis de selenoproteínas en nuestro organismo de estudio.
Resultado BLASTn
