MSP

La abreviación MSP corresponde a Membrane Selenoprotein Protein. Esta proteína de función desconocida, únicamente ha sido descrita en eucariotas unicelulares como Dictyostelium, chlamydomonas, votox o ostreococcus. Presenta cuatro dominios transmembrana y dos selenocisteínas en las posiciones 21 y 91.

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Caracterización del gen MSP en Dictyostelium purpureum:

La selenoproteína MSP fue inicialmente localizada en D.discoideum, el organismo con las proteínas caracterizadas mas cercano a D. prupureum. El resultado del tBLASTn de esta proteína contra nuestro genoma dió como resultado un alineamiento con elevado score y E-value en el scaffold 17. Ambas selenocisteínas fueron marcadas con un asterisco, lo cual nos indicaba que nuestro organismo podría, efectivamente, poseer este aminoácido.

Resultados tBLASTn

El posterior análisis realizado con el programa Exonerate nos permitió predecir la estructura del gen MSP en D. purpureum, así como identificar los codones marcados con asteriscos en el tBLASTn como UAG (potenciales selenocisteínas).

Resultados Exonerate

A continuación y con ayuda del programa Expasy tools tools se realizó la anotación definitiva del genoma y predicción de la secuencia proteica de MSP en D. purpureum.

Scaffold 17: 39195 / 39995

exones omitidos

secuencia cDNA

secuencia proteica



Finalmente, y con el fin de verificar la existencia de nuestra selenoproteína, procedimos a la búsqueda de elementos SECISs en el scaffold 17. El resultado obtenido mostraba dos potenciales SECISs. El primero de ellos situado a 1482 nucleótidos con un score de 24,63, y el segundo a 704 nucleótidos con un score de 4,68; ambos situados upstream de nuestra selenoproteína.

1^er Secis

2^o Secis