Programes utilitzats en la realització del treball
BLAST
Aquest programa, el Basic Local Alignment Search Tool, ens permet trobar regions de similiaritat local entre seqüències, ja siguin proteiques o nucleotídiques. El programa compara la seqüència problema amb les que contenen diverses bases de dades i calcula la significància estadística dels diferents emparellaments. En el nostre cas, hem utilitzat fonamentalment el tblastn, que busca seqüències nucleotídiques a partir de la nostra proteïna problema, el pblast, que compara la nostra proteïna amb bases de dades proteiques, i el nblast, que compara seqüències de nucleòtids.
Exonerate
Aquesta és una eina per a la comparació de seqüències que pot utilitzar tant la programació dinàmica exhaustiva com una varietat d'heurística. En el nostre treball, aquest programa s'ha utilitzat per tal de definir les regions codificants de les seqüències detectades mitjançant el blast.
Genewise
Aquest programa compara seqüències proteiques amb altres de DNA en les que volem anotar una proteïna discriminant entre les regions intròniques i exòniques d'una forma molt acurada. Contitueix una alternativa al programa Exonerate.
ExPASy
Del Expert Protein Analysis Sistem server, pertanyent al Swiss Institute of Bioinformatics, s'ha utilitzat, fonamentalment, l'eina de traducció de proteïnes que permet analitzar seqüències tant de RNA com de DNA. El procés de traducció es realitza per a els tres possibles marcs de lectura tant en forward com en reverse.
SECISearch
Programa de predicció d'elements SECIS que es basa en el programa PatScan, capaç de detectar diferents tipus de patrons en seqüències tant de proteïnes com nucleotídiques, i en el Vienna RNA Package, un programa que prediu estructures secundàries de RNA. Aquest programa es va utilitzar per tal de predir l'estructura i la robustesa dels nostres elements SECIS potencials. A més d'aquest programa, es va utilitzar una variació d'aquest, SECISearch.pl, proporcionada per Marco Mariotti, que va ser d'especial utilitat tenint el compte el caràcter fragmentat del nostre genoma.
GeneSplicer
Aquest programa prediu regions de splicing en seqüències de DNA. Vam utilitzar aquesta eina perquè era capaç de detectar els llocs de splicing en una espècie molt propera a la nostra: Plasmodium falciparum.
InterProScan
Aquest programa cerca dominis proteics a partir de la nostra seqüència problema comparant-la amb les bases de dades membres de InterPro (PROSITE, PRINTS, Pfam, etc.). S'ha utilitzat, sobretot, en l'anàlisi de proteïnes homòlogues amb altres espècies.
ClustalW
Permet aliniar seqüències protèiques i nucleotídiques donant un varem d'identitat, semblança i diferència entre les seqüències assajades.
T-Coffee
Aquest programa s'ha utilitzat per analitzar, a l'igual que l'anterior, seqüències aminoacídiques i per determinar el grau de semblança entre la proteïna de referència i la regió on es trobava l'estudiada. Aquesta aplicació funciona de manera molt similar a l'anterior, doncs n'és una evolució.