Materials i mètodes per trobar la maquinària de síntesi
Ja que no seria possible l'obtenció de selenoproteïnes sense la maquinària específica que precisen. S'ha dut a terme un estudi de la presencia d'aquestes.
Aquestes proteïnes són enzims i, en molts casos, solament podem comprovar l'existència dels dominis catalítics; doncs les regions que no estan sota la pressió selectiva, que exerceix la necessitat de dur a terme una funció, poden haver canviat de manera significativa. Aquest fet dificulta la seva identificació.
Per buscar-les, es va procedir d'una manera sistemàtica seguint el següent esquema:
- Cerca de les proteïnes de síntesi en bases de dades tipus NCBI genome browser i UCSC genome browser. Tot i que en el primer moment es va intentar utilitzar les proteïnes humanes però en el cas que no fos possible, es van utilitzar altres animals.
- Una vegada aconseguida la seqüencia, es va assajar contra el nostre genoma amb un tBLASTn.
- En el cas que els valors d'E-value fossin satisfactoris, es va procedir a l'estracció del contig on es localitzava la proteïna. En el cas que els valors no fossin gaire satisfactoris, es va procedir de la mateixa manera però utilitzant un altre animal.
- A continuació, es va fer servir el programa exonerate per anotar les proteïnes. En aquest cas, algunes de les proteïnes que havien tingut resultats satisfacoris, donaven uns resultats no esperats. En aquest cas, l'anotació s'intentava fer des del genewise. Finalment es van anotar de manera satisfactòria totes les proteïnes de la maquinaria trobades.