Cerca de noves selenoproteïnes
Durant la cerca de noves selenoproteïnes en P. berghei es va seguir el següent protocol:
Cerca d'elements SECIS
Per tal de buscar els elements SECIS en el nostre genoma complert es va utilitzar el programa SECISearch.pl proporcionat per Marco Mariotti. Utilitzant el patró de cerca estàndard es van obtenir 15 elements SECIS potencials. Després de descartar l'únic element SECIS ja detectat pertanyent a Sel1, es va procedir a analitzar la resta de resultats.
Detecció de gens
A partir dels elements SECIS detectats, es va procedir a analitzar els contigs que els contenien. Es va prendre una seqüència circumdant al contig d'interes d'uns 500 nucleòtids i es va traduir en tots els seus possibles marcs de lectura gràcies al programa ExPASy. En el cas de trobar una seqüència proteica potencial que, a més, contingués el codó TGA, es va procedir a allargar-la tant com fos possible. Un cop fet això, es va provar de trobar homòlegs d'aquesta proteïna detectada mitjançant un pBLAST contra la base de dades del NCBI. En el cas de trobar homologia, es va comprovar que la seqüència proteica trobada pertanyés a P. berghei i que no estigués ja caracteritzada com a selenoproteïna. El següent pas va ser intentar trobar les seqüències homòlogues a la nostra en la base de dades PlasmoDB. Les seqüències obtingudes van ser alineades amb el programa T-Coffee per a observar si la seqüència estava conservada, si existia homologia després del codó TGA detectat i si el possible element SECIS es mantenia. Finalment, es va realitzar un nou alineament, aquest cop traduint les seqüències detectades amb l'ExPASy per veure si la seqüència proteica estava també conservada
.